| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第1章 绪论 | 第17-34页 |
| 1.1 课题背景及研究的目的和意义 | 第17-19页 |
| 1.1.1 课题背景 | 第17-18页 |
| 1.1.2 研究的目的和意义 | 第18-19页 |
| 1.2 lincRNAs的研究进展 | 第19-22页 |
| 1.2.1 lnc RNAs定义 | 第19页 |
| 1.2.2 lnc RNAs的分类 | 第19-21页 |
| 1.2.3 lincRNAs的基因组特征 | 第21页 |
| 1.2.4 lincRNAs的表达特征 | 第21-22页 |
| 1.2.5 lincRNAs调控基因表达 | 第22页 |
| 1.3 lincRNAs在发育中的功能 | 第22-24页 |
| 1.3.1 lincRNAs在胚胎发育中的调控作用 | 第23页 |
| 1.3.2 lincRNAs在ES细胞中的调控作用 | 第23-24页 |
| 1.4 lincRNAs的识别 | 第24-28页 |
| 1.4.1 lincRNAs的识别方法 | 第24-25页 |
| 1.4.2 基于RNA-Seq识别lincRNAs的流程 | 第25-26页 |
| 1.4.3 基于RNA-Seq识别lincRNAs的缺陷 | 第26-28页 |
| 1.5 增强子lincRNAs的研究进展 | 第28-32页 |
| 1.5.1 增强子lincRNAs的定义 | 第29页 |
| 1.5.2 增强子lincRNAs的特征 | 第29-30页 |
| 1.5.3 增强子lincRNAs的功能 | 第30-31页 |
| 1.5.4 增强子与启动子互作的识别 | 第31-32页 |
| 1.6 本文的主要研究内容及技术路线 | 第32-34页 |
| 1.6.1 主要研究内容 | 第32-33页 |
| 1.6.2 技术路线 | 第33-34页 |
| 第2章 实验材料和方法 | 第34-54页 |
| 2.1 实验材料 | 第34-36页 |
| 2.1.1 高通量测序数据 | 第34页 |
| 2.1.2 基因组注释数据 | 第34-35页 |
| 2.1.3 功能注释数据 | 第35页 |
| 2.1.4 实验材料和实验试剂 | 第35-36页 |
| 2.2 生物信息学方法 | 第36-48页 |
| 2.2.1 转录组数据的处理分析 | 第36-37页 |
| 2.2.2 ChIP-Seq数据与DNase-Seq数据的处理分析 | 第37-39页 |
| 2.2.3 BS-Seq数据的处理分析 | 第39-40页 |
| 2.2.4 ChIA-PET数据的处理分析 | 第40-41页 |
| 2.2.5 预测lincRNA转录本TSS区域的模型 | 第41页 |
| 2.2.6 预测增强子lincRNAs与启动子lincRNAs的模型 | 第41-43页 |
| 2.2.7 机器学习模型的评价 | 第43-44页 |
| 2.2.8 网络拓扑特征分析 | 第44-47页 |
| 2.2.9 基于隐马尔可夫模型的网络模型聚类 | 第47-48页 |
| 2.3 生物信息网站和软件 | 第48-49页 |
| 2.4 实验方法 | 第49-53页 |
| 2.4.1 总RNA的提取 | 第49页 |
| 2.4.2 RT-PCR | 第49-50页 |
| 2.4.3 RACE | 第50-53页 |
| 2.5 本章小结 | 第53-54页 |
| 第3章 小鼠ES细胞高置信度新lincRNAs的预测 | 第54-77页 |
| 3.1 引言 | 第54页 |
| 3.2 整合RNA-Seq数据识别小鼠ES细胞表达的lincRNAs | 第54-57页 |
| 3.3 小鼠ES细胞表达的新lincRNAs转录本完整性的评价 | 第57-61页 |
| 3.3.1 已知转录本RNA-Seq数据覆盖深度分析 | 第57-60页 |
| 3.3.2 小鼠ES细胞新lincRNA转录本完整性分析 | 第60-61页 |
| 3.4 比较分析已知lincRNAs与蛋白质编码转录本的TSS区域 | 第61-66页 |
| 3.4.1 已知lincRNAs与编码转录本TSS区域的基因组特征分析 | 第61-65页 |
| 3.4.2 已知lincRNAs与编码转录本TSS区域的表观基因组特征分析 | 第65-66页 |
| 3.5 lincRNA转录本TSS区域的特征筛选 | 第66-71页 |
| 3.5.1 lincRNA转录本TSS区域基因组特征的筛选 | 第66-69页 |
| 3.5.2 lincRNA转录本TSS区域表观遗传特征的筛选 | 第69-71页 |
| 3.6 全基因组lincRNA转录本TSS区域的预测 | 第71-73页 |
| 3.7 lincRNA转录本TSS的修正及转录本完整性评估 | 第73-76页 |
| 3.8 本章小结 | 第76-77页 |
| 第4章 小鼠ES细胞新lincRNA的表征及实验验证 | 第77-91页 |
| 4.1 引言 | 第77页 |
| 4.2 小鼠ES细胞中表达的新lincRNAs基因组分布分析 | 第77-79页 |
| 4.2.1 小鼠基因组ES细胞lincRNAs分布 | 第77-78页 |
| 4.2.2 小鼠基因组ES细胞lincRNAs各染色体组分分析 | 第78-79页 |
| 4.3 小鼠ES细胞新lincRNAs的基因组表征 | 第79-84页 |
| 4.3.1 小鼠ES细胞新lincRNAs的转录本特征分析 | 第79-82页 |
| 4.3.2 小鼠ES细胞新lincRNAs的序列特征分析 | 第82-84页 |
| 4.4 小鼠ES细胞新lincRNAs的表观基因组表征 | 第84-86页 |
| 4.5 新lincRNAs的实验验证及序列分析 | 第86-90页 |
| 4.6 本章小结 | 第90-91页 |
| 第5章 小鼠ES细胞增强子lincRNAs与启动子lincRNAs的识别 | 第91-116页 |
| 5.1 引言 | 第91页 |
| 5.2 增强子lincRNAs与启动子lincRNAs的识别 | 第91-100页 |
| 5.2.1 lincRNAs与蛋白质编码转录本的组蛋白修饰特征比较 | 第92-94页 |
| 5.2.2 lincRNAs表达水平与组蛋白修饰的分析 | 第94-95页 |
| 5.2.3 增强子lincRNAs和启动子lincRNAs高置信度集合的识别 | 第95-98页 |
| 5.2.4 增强子lincRNAs和启动子lincRNAs高置信度集合的评估 | 第98-100页 |
| 5.3 调控增强子lincRNAs与启动子lincRNAs特征的识别 | 第100-103页 |
| 5.3.1 增强子lincRNAs和启动子lincRNAs特征调控元件的识别 | 第100-101页 |
| 5.3.2 增强子lincRNAs和启动子lincRNAs差异特征的评价 | 第101-102页 |
| 5.3.3 DNA甲基化与增强子lincRNAs和启动子lincRNAs表达的分析 | 第102-103页 |
| 5.4 基于回归模型的增强子lincRNAs和启动子lincRNAs的分类 | 第103-107页 |
| 5.5 增强子lincRNAs和启动子lincRNAs特征的表征 | 第107-115页 |
| 5.5.1 增强子lincRNAs和启动子lincRNAs转录本特征的表征 | 第108-112页 |
| 5.5.2 增强子lincRNAs和启动子lincRNAs序列特征的表征 | 第112-114页 |
| 5.5.3 增强子lincRNAs和启动子lincRNAs染色质修饰特征的表征 | 第114-115页 |
| 5.6 本章小结 | 第115-116页 |
| 第6章 小鼠ES细胞增强子lincRNAs与启动子互作关系的识别 | 第116-138页 |
| 6.1 引言 | 第116页 |
| 6.2 基于无监督学习方法预测增强子lincRNAs与启动子互作 | 第116-121页 |
| 6.2.1 增强子lincRNAs与启动子区域的组蛋白修饰相关性的研究 | 第116-118页 |
| 6.2.2 增强子lincRNAs与启动子区域的转录因子的相关性的研究 | 第118-119页 |
| 6.2.3 基于相关性的增强子lincRNAs与启动子互作关系的识别 | 第119-121页 |
| 6.3 染色质构象捕获数据识别增强子lincRNAs与启动子互作 | 第121-130页 |
| 6.3.1 基于Ch IA-PET数据的增强子lincRNAs与启动子互作的识别 | 第121-124页 |
| 6.3.2 基于公共数据库的增强子lincRNAs与启动子互作的识别 | 第124-126页 |
| 6.3.3 增强子lincRNAs与启动子互作关系高置信度集合的建立 | 第126-128页 |
| 6.3.4 基于相关性预测的增强子lincRNAs与启动子互作的评估 | 第128-130页 |
| 6.4 增强子lincRNAs与启动子互作网络构建及拓扑特征分析 | 第130-134页 |
| 6.4.1 基于高置信度的互作网络构建及拓扑特征分析 | 第130-132页 |
| 6.4.2 增强子lincRNAs与启动子互作子网络构建及拓扑特征分析 | 第132-134页 |
| 6.5 增强子lincRNAs与启动子互作网络模块识别及功能分析 | 第134-137页 |
| 6.5.1 增强子lincRNAs与启动子互作子网络的模块识别 | 第134-135页 |
| 6.5.2 增强子lincRNAs与启动子互作子网络模块的功能富集分析 | 第135-137页 |
| 6.6 本章小结 | 第137-138页 |
| 结论 | 第138-140页 |
| 参考文献 | 第140-152页 |
| 附录Ⅰ | 第152-155页 |
| 附录Ⅱ | 第155-156页 |
| 附录Ⅲ | 第156-159页 |
| 附录Ⅳ | 第159-161页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文及其它成果 | 第161-163页 |
| 致谢 | 第163-164页 |
| 个人简历 | 第164页 |
