| 摘要 | 第4-6页 |
| Summary | 第6-8页 |
| 缩略语表 | 第12-13页 |
| 前言 | 第13-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-34页 |
| 1.1 仔猪腹泻概述 | 第15页 |
| 1.2 影响仔猪腹泻的因素 | 第15-19页 |
| 1.2.1 环境因素 | 第16-18页 |
| 1.2.2 遗传因素 | 第18-19页 |
| 1.3 仔猪腹泻的防治措施 | 第19-21页 |
| 1.3.1 预防措施 | 第19-20页 |
| 1.3.2 治疗措施 | 第20-21页 |
| 1.4 猪的肠道菌群概况 | 第21-28页 |
| 1.4.1 肠道菌群的种类和功能 | 第21-23页 |
| 1.4.2 肠道菌群失调与炎性疾病研究进展 | 第23-24页 |
| 1.4.3 猪的肠道菌群研究进展 | 第24-28页 |
| 1.5 分子生物技术在猪肠道菌群研究中的应用 | 第28-33页 |
| 1.5.1 DNA指纹图谱技术 | 第29页 |
| 1.5.2 FISH技术 | 第29-30页 |
| 1.5.3 Real-time定量PCR技术 | 第30-31页 |
| 1.5.4 16S rRNA基因扩增子测序技术 | 第31-32页 |
| 1.5.5 宏基因组测序技术 | 第32-33页 |
| 1.6 本研究的内容和意义 | 第33-34页 |
| 第二章 腹泻仔猪粪便微生物菌群结构和多样性研究 | 第34-73页 |
| 2.1 试验动物与饲养管理 | 第35页 |
| 2.2 试验设计 | 第35-36页 |
| 2.3 材料与方法 | 第36-42页 |
| 2.3.1 样品采集 | 第36页 |
| 2.3.2 主要仪器设备和试剂 | 第36-37页 |
| 2.3.3 粪便细菌总DNA提取与检测 | 第37-38页 |
| 2.3.4 PCR扩增及产物纯化 | 第38页 |
| 2.3.5 文库构建和 16S rRNA基因测序 | 第38页 |
| 2.3.6 测序数据处理及分析 | 第38-39页 |
| 2.3.7 主要种属的qPCR验证 | 第39-42页 |
| 2.3.8 Spearman’s相关性分析 | 第42页 |
| 2.4 结果与分析 | 第42-66页 |
| 2.4.1 粪便样本细菌 16S rRNA基因PCR扩增结果 | 第42-43页 |
| 2.4.2 粪便样本 16S rRNA基因Illumina HiSeq测序结果 | 第43页 |
| 2.4.3 OTU分析和物种注释 | 第43-46页 |
| 2.4.4 仔猪粪便微生物菌群结构组成 | 第46-47页 |
| 2.4.5 仔猪粪便菌群复杂度分析 | 第47-50页 |
| 2.4.6 仔猪粪便样品菌群beta多样性 | 第50-53页 |
| 2.4.7 健康仔猪粪便菌群结构随周龄的动态变化 | 第53-55页 |
| 2.4.8 腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群组成差异 | 第55-60页 |
| 2.4.9 主要种属丰度qPCR验证结果 | 第60-62页 |
| 2.4.10 差异细菌属Spearman’s相关性分析 | 第62-66页 |
| 2.5 讨论 | 第66-71页 |
| 2.5.1 健康仔猪粪便菌群组成和多样性随周龄的动态变化 | 第66-67页 |
| 2.5.2 腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群组成和多样性差异 | 第67-71页 |
| 2.6 小结 | 第71-73页 |
| 第三章 新生腹泻仔猪粪便微生物功能研究 | 第73-94页 |
| 3.1 试验动物与饲养管理 | 第73页 |
| 3.2 试验设计 | 第73-74页 |
| 3.3 材料与方法 | 第74-76页 |
| 3.3.1 样品采集 | 第74页 |
| 3.3.2 粪便细菌总DNA提取与检测 | 第74页 |
| 3.3.3 宏基因组测序 | 第74-76页 |
| 3.4 结果与分析 | 第76-89页 |
| 3.4.1 宏基因组测序数据质量分析 | 第76页 |
| 3.4.2 宏基因组数据组装结果 | 第76-78页 |
| 3.4.3 基因预测结果 | 第78-79页 |
| 3.4.4 物种注释结果 | 第79-81页 |
| 3.4.5 微生物功能注释结果 | 第81-84页 |
| 3.4.6 腹泻仔猪与健康仔猪粪便微生物功能差异分析 | 第84-86页 |
| 3.4.7 细菌核糖体基因的物种注释 | 第86-87页 |
| 3.4.8 细菌III分泌系统和双因子调控系统基因的物种注释 | 第87-89页 |
| 3.5 讨论 | 第89-93页 |
| 3.6 小结 | 第93-94页 |
| 第四章 SLA-DQA基因与新生仔猪粪便菌群的相关性研究 | 第94-108页 |
| 4.1 试验动物与饲养管理 | 第94页 |
| 4.2 试验设计 | 第94-95页 |
| 4.3 材料与方法 | 第95-98页 |
| 4.3.1 样品采集 | 第95页 |
| 4.3.2 主要仪器设备和试剂 | 第95页 |
| 4.3.3 粪便样品细菌 16S rRNA基因测序 | 第95页 |
| 4.3.4 耳组织样品基因组DNA的提取和检测 | 第95-96页 |
| 4.3.5 SLA-DQA基因PCR扩增和产物检测 | 第96-97页 |
| 4.3.6 SLA-DQA基因克隆测序 | 第97页 |
| 4.3.7 主要种属的qPCR验证 | 第97-98页 |
| 4.3.8 数据统计分析 | 第98页 |
| 4.4 结果与分析 | 第98-105页 |
| 4.4.1 SLA-DQA基因外显子 2 PCR扩增结果 | 第98页 |
| 4.4.2 SLA-DQA基因克隆测序结果 | 第98-100页 |
| 4.4.3 仔猪粪便微生物 16S rRNA测序结果 | 第100-101页 |
| 4.4.4 SLA-DQA基因与粪便菌群的相关性分析 | 第101-103页 |
| 4.4.5 主要种属差异qPCR验证结果 | 第103-104页 |
| 4.4.6 差异细菌属Spearman’s相关性分析结果 | 第104-105页 |
| 4.5 讨论 | 第105-107页 |
| 4.6 小结 | 第107-108页 |
| 第五章 结论 | 第108-109页 |
| 创新点 | 第109-110页 |
| 参考文献 | 第110-126页 |
| 附录 | 第126-142页 |
| 致谢 | 第142-143页 |
| 作者简介 | 第143-145页 |
| 导师简介 | 第145-146页 |
