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分子对接软件DOCK中的小球生成程序的并行化实现

中文摘要第3-4页
Abstract第4-5页
第一章 绪论第8-12页
    1.1 研究背景及意义第8-9页
    1.2 研究现状第9-10页
        1.2.1 并行计算研究现状第9-10页
        1.2.2 Sphgen程序的发展现状第10页
    1.3 本文主要内容第10-11页
    1.4 小结第11-12页
第二章 并行计算以及串行Sphgen程序介绍第12-23页
    2.1 四种常用的并行计算机系统第12-15页
        2.1.1 共享内存系统第12-13页
        2.1.2 分布式内存系统第13页
        2.1.3 混合系统第13-14页
        2.1.4 GPU并行计算设备第14-15页
    2.2 并行程序编程接口第15-18页
        2.2.1 多线程应用程序编程接口—OpenMP第15页
        2.2.2 消息传递接口(MPI)第15-16页
        2.2.3 混合系统编程接口—MPI+OpenMP第16页
        2.2.4 GPU并行计算设备的软件体系架构—CUDA第16-18页
    2.3 并行程序加速比第18-19页
    2.4 并行程序设计第19-20页
    2.5 生成小球的串行Sphgen程序第20-22页
    2.6 小结第22-23页
第三章 基于Pthreads的并行Sphgen程序的三种改进方法第23-33页
    3.1 原有的并行Sphgen程序的负载均衡问题第23-25页
    3.2 三种改进的并行Sphgen程序第25-32页
        3.2.1 去除零原子第25-27页
        3.2.2 非均匀划分法第27-30页
        3.2.3 动态调度第30-32页
    3.3 小结第32-33页
第四章 基于MPI+OpenMP的并行Sphgen程序第33-40页
    4.1 MPI传递C++对象的三种方法第33-39页
        4.1.1 手动方式第33-34页
        4.1.2 对象序列化第34-37页
        4.1.3 MPI_Send_Object和MPI_Recv_Object函数第37-39页
    4.2 实验第39页
    4.3 小结第39-40页
第五章 基于CUDA的并行Sphgen程序第40-43页
    5.1 并行Sphgen程序开发过程第40-41页
    5.2 实验第41页
    5.3 三种并行Sphgen方法的计算时间比较第41-42页
    5.4 小结第42-43页
第六章 总结与展望第43-45页
参考文献第45-48页
致谢第48页

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