| 致谢 | 第5-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 专业词汇中英文对照表 | 第11-15页 |
| 第一章 研究背景 | 第15-27页 |
| 1 真核生物的基因转录调控与染色质结构 | 第15-18页 |
| 1.1 真核生物的转录调控机制 | 第15-17页 |
| 1.1.1 转录调控元件 | 第15-16页 |
| 1.1.2 转录调控模型 | 第16-17页 |
| 1.2 染色质结构与核小体排布 | 第17-18页 |
| 1.2.1 染色质的主要结构层次 | 第17页 |
| 1.2.2 核小体在基因组上的分布 | 第17-18页 |
| 2 染色质三维结构研究方法 | 第18-24页 |
| 2.1 基于光学显微镜的图像方法 | 第19-20页 |
| 2.2 基于染色质构象捕获技术的方法 | 第20-22页 |
| 2.2.1 染色质构象捕获技术流程 | 第20-21页 |
| 2.2.2 3C-qPCR技术 | 第21-22页 |
| 2.2.3 3C技术的应用 | 第22页 |
| 2.3 染色质构象捕获技术衍生的相互作用捕获技术 | 第22-24页 |
| 2.3.1 染色质免疫共沉淀-相互作用捕获技术 | 第23页 |
| 2.3.2 染色体构象捕获碳拷贝技术 | 第23页 |
| 2.3.3 染色体构象捕获芯片技术 | 第23-24页 |
| 2.3.4 配对末端标记序列的染色质相互作用分析 | 第24页 |
| 2.3.5 Hi-C技术 | 第24页 |
| 3 染色质三维结构相关数据库 | 第24-25页 |
| 4 本文的主要内容 | 第25-27页 |
| 第二章 3CDB的构建 | 第27-37页 |
| 1 引言 | 第27-28页 |
| 2 数据收集 | 第28-29页 |
| 2.1 3CDB数据收集 | 第28页 |
| 2.2 3C数据存在的问题 | 第28-29页 |
| 3 3C数据可靠性评分体系 | 第29-33页 |
| 3.1 数据可靠性的主要考量 | 第29-30页 |
| 3.2 基于数据可靠性的3C评分体系 | 第30-33页 |
| 3.2.1 3C评分体系及其策略 | 第30-31页 |
| 3.3.2 临近效应阈值的确定 | 第31-33页 |
| 4 3CDB数据库 | 第33-36页 |
| 4.1 3CDB数据统计 | 第33-34页 |
| 4.2 3CDB用户界面 | 第34-36页 |
| 5 与其他数据库比较 | 第36-37页 |
| 第三章 肿瘤细胞核小体分布的微进化研究 | 第37-45页 |
| 1 引言 | 第37页 |
| 2 研究方法 | 第37-40页 |
| 2.1 数据获取 | 第37-38页 |
| 2.2 利用核小体排布预测染色质相互位点算法CISD | 第38-39页 |
| 2.3 比较肿瘤不同演化阶段的核小体周期性排布的差异性 | 第39-40页 |
| 2.3.1 计算全基因的CISD分数 | 第39页 |
| 2.3.2 肿瘤不同演化阶段差异性CISD分数比较 | 第39-40页 |
| 2.4 MSD与差异性表达基因相关性检验 | 第40页 |
| 3 结果与讨论 | 第40-41页 |
| 3.1 核小体周期性排布变异位点潜在功能分析 | 第40页 |
| 3.2 核小体周期性排布与基因表达有潜在相关性 | 第40-41页 |
| 3.3 活性基因区倾向有长区域的核小体周期排布 | 第41页 |
| 4 结论与展望 | 第41-45页 |
| 第四章 全文总结 | 第45-47页 |
| 参考文献 | 第47-55页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第55-56页 |
