基于Hadoop的同源性搜索GO功能注释平台的研究
| 摘要 | 第1-11页 |
| ABSTRACT | 第11-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-19页 |
| ·选题背景和研究意义 | 第13-14页 |
| ·课题来源 | 第13页 |
| ·选题背景 | 第13-14页 |
| ·研究目的和意义 | 第14页 |
| ·国内外研究现状 | 第14-16页 |
| ·基因功能注释系统的研究现状 | 第14-15页 |
| ·高性能计算环境的生物信息平台的研究现状 | 第15页 |
| ·生物信息的云计算平台的研究现状 | 第15-16页 |
| ·论文研究内容与组织结构 | 第16-19页 |
| ·研究内容 | 第16页 |
| ·论文组织结构 | 第16-19页 |
| 第二章 相关理论基础 | 第19-37页 |
| ·基于同源性搜索的基因注释的相关理论 | 第19-24页 |
| ·基因本体的理论的概述 | 第19-22页 |
| ·同源性理论的概述 | 第22-23页 |
| ·基于GO的基因注释概述 | 第23-24页 |
| ·云计算技术的相关理论 | 第24-29页 |
| ·云计算的定义 | 第24页 |
| ·云计算的特点 | 第24-25页 |
| ·云计算的分类 | 第25-27页 |
| ·云计算的关键技术 | 第27-28页 |
| ·云计算的应用领域 | 第28-29页 |
| ·开源云计算的计算系统 | 第29页 |
| ·开源云计算平台Hadoop的相关理论 | 第29-36页 |
| ·Hadoop项目的发展背景 | 第29-31页 |
| ·Hadoop的架构模型 | 第31-32页 |
| ·Hadoop分布式文件系统HDFS | 第32-33页 |
| ·Hadoop MapReduce计算框架 | 第33-36页 |
| ·本章小结 | 第36-37页 |
| 第三章 基于序列比对的基因功能注释的研究 | 第37-55页 |
| ·基于序列比对的基因注释的设计流程 | 第37-38页 |
| ·基因注释的序列比对理论的研究 | 第38-45页 |
| ·字符串匹配算法AC自动机 | 第38-40页 |
| ·序列比对打分矩阵的研究 | 第40-45页 |
| ·打分矩阵的介绍 | 第40-42页 |
| ·打分矩阵之间的关联 | 第42-45页 |
| ·双序列比对算法的研究 | 第45-53页 |
| ·全局序列比对 | 第45-46页 |
| ·局部序列比对 | 第46-48页 |
| ·三种序列比对算法的实现 | 第48-50页 |
| ·三种比对算法的运行与比较 | 第50-53页 |
| ·基因注释的数据库搜索比对研究 | 第53-54页 |
| ·BLAST算法的原理 | 第53-54页 |
| ·BLAST与功能注释 | 第54页 |
| ·本章小结 | 第54-55页 |
| 第四章 基于Hadoop的基因注释平台的设计 | 第55-71页 |
| ·需求分析 | 第55-56页 |
| ·平台体系结构 | 第56-57页 |
| ·GO注释数据库的集成设计 | 第57-64页 |
| ·生物数据库的概述 | 第57页 |
| ·GO数据库的整合设计 | 第57-62页 |
| ·GO注释概念的设计 | 第62-64页 |
| ·基于Hadoop的并行基因注释比对的设计 | 第64-69页 |
| ·基于Hadoop的BLAST设计需求分析 | 第64-66页 |
| ·存储数据库的切分 | 第66页 |
| ·并行算法CGABlastP的设计 | 第66-69页 |
| ·比对结果的处理 | 第69页 |
| ·本章小结 | 第69-71页 |
| 第五章 实验结果与分析 | 第71-81页 |
| ·Hadoop集群及开发环境的搭建 | 第71-74页 |
| ·Hadoop集群的搭建 | 第71-73页 |
| ·Hadoop开发环境的搭建 | 第73-74页 |
| ·并行比对算法的性能测试与分析 | 第74-77页 |
| ·并行比对算法的性能测试 | 第74-76页 |
| ·测试结果分析 | 第76-77页 |
| ·基因功能注释结果 | 第77-79页 |
| ·本章小结 | 第79-81页 |
| 第六章 总结与展望 | 第81-83页 |
| ·总结 | 第81-82页 |
| ·下一步工作的期望 | 第82-83页 |
| 参考文献 | 第83-87页 |
| 致谢 | 第87页 |
