| 论文摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-15页 |
| 插图和附表清单 | 第15-18页 |
| 第一章 综述 | 第18-26页 |
| ·蛋白酶活性区域内部Stark光谱位移的计算 | 第18-21页 |
| ·线性标度的量子化学计算方法的开发 | 第21-23页 |
| ·电场中的蛋白质动力学行为的模拟 | 第23-25页 |
| ·本文结构及其创新点 | 第25-26页 |
| 第二章 基础理论与方法 | 第26-53页 |
| ·波恩-奥本海默近似 | 第26-27页 |
| ·分子动力学的方法 | 第27-41页 |
| ·分子力场的模型 | 第28-30页 |
| ·显式溶剂水模型 | 第30-31页 |
| ·隐式溶剂模型(PB模型和GB模型) | 第31-38页 |
| ·分子动力学的基本原理及其方法 | 第38-41页 |
| ·电子级别的计算方法 | 第41-53页 |
| ·Hatree-Fock(HF)方法 | 第42-43页 |
| ·后Hatree-Fock电子相关的方法 | 第43-47页 |
| ·密度泛函理论(DFT)以及常用的密度泛函 | 第47-50页 |
| ·静电嵌入方法 | 第50-53页 |
| 第三章 极化力场预测蛋白质内部Stark光谱位移 | 第53-73页 |
| ·引言 | 第53页 |
| ·理论与计算方法 | 第53-63页 |
| ·非极化力场模型(AMBER力场) | 第53-54页 |
| ·极化蛋白特异性电荷(Polarized Protein-specific Charges：PPC) | 第54-57页 |
| ·线性斯塔克效应 | 第57-59页 |
| ·模型体系的选取 | 第59-61页 |
| ·辅酶NADP~+和抑制剂IDD743的力场参数和PPC电荷 | 第61-62页 |
| ·动力学模拟和静电场的计算 | 第62-63页 |
| ·计算结果和讨论 | 第63-72页 |
| ·蛋白内部静电势 | 第63-65页 |
| ·氰基中点处的静电场 | 第65-67页 |
| ·振动频率偏移的计算 | 第67-72页 |
| ·结论 | 第72-73页 |
| 第四章 线性标度的更加精确的量子化学计算方法的开发(静电嵌入的推广的分子碎片共轭帽方法) | 第73-95页 |
| ·引言 | 第73-75页 |
| ·静电嵌入的推广的分子碎片共轭帽方法(Electrostatically Embedded GeneralizedMolecular Fractionation with Conjugate Caps：EE-GMFCC) | 第75-79页 |
| ·计算体系和测试计算方法的选取 | 第79-81页 |
| ·计算结果和讨论 | 第81-93页 |
| ·EE-GMFCC方法的在HF级别的计算精度 | 第81-85页 |
| ·应用EE-GMFCC方法进行DFT和MP2的计算 | 第85-87页 |
| ·EE-GMFCC方法的计算效率 | 第87-89页 |
| ·蛋白质不同构象之间的相对能量的计算 | 第89-93页 |
| ·结论 | 第93-95页 |
| 第五章 强外电场下的蛋白质动力学行为的研究 | 第95-111页 |
| ·引言 | 第95-96页 |
| ·计算方法和计算体系选取 | 第96-98页 |
| ·计算结果和讨论 | 第98-110页 |
| ·蛋白在不高于0.6 V/nnm的外电场下动力学行为 | 第98-106页 |
| ·蛋白在高于0.6 V/nm的外电场下动力学行为 | 第106-110页 |
| ·结论 | 第110-111页 |
| 第六章 总结与展望 | 第111-112页 |
| 参考文献 | 第112-130页 |
| 博士期间发表论文 | 第130-131页 |
| 致谢 | 第131页 |
