| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 目录 | 第7-11页 |
| 第一章 前言 | 第11-36页 |
| ·机遇与挑战 | 第11-13页 |
| ·挑战 | 第11-12页 |
| ·机遇 | 第12-13页 |
| ·微生物的生物勘探 | 第13-22页 |
| ·生物勘探的概念与应用 | 第14页 |
| ·生物勘探应用于常规微生物资源研究 | 第14-17页 |
| ·生物勘探应用于宏组学(meta-omics)技术 | 第17-18页 |
| ·生物勘探的方法 | 第18-22页 |
| ·基于PCR技术的生物勘探 | 第20页 |
| ·基于杂交技术的生物勘探 | 第20-21页 |
| ·基于其它技术或组合技术的生物勘探 | 第21-22页 |
| ·疣孢菌的系统生物学 | 第22-27页 |
| ·疣孢菌的分类地位 | 第22-25页 |
| ·疣孢菌的分类 | 第25-27页 |
| ·疣孢菌的表型信息与化学分类信息 | 第25页 |
| ·疣孢菌的分子分类信息 | 第25-27页 |
| ·疣孢菌是一类重要的药用微生物资源 | 第27-31页 |
| ·疣孢菌合成活性物质的巨大潜力 | 第28-30页 |
| ·疣孢菌产生的生物活性物质 | 第30-31页 |
| ·疣孢菌的选择性分离 | 第31-34页 |
| ·样品的预处理 | 第31-33页 |
| ·抗生素的选择 | 第33页 |
| ·培养基 | 第33-34页 |
| ·研究目的与意义 | 第34-35页 |
| ·技术路线 | 第35-36页 |
| 第二章 疣孢菌的生物勘探与多样性分析 | 第36-62页 |
| ·前言 | 第36-37页 |
| ·材料与方法 | 第37-50页 |
| ·材料 | 第37-42页 |
| ·实验菌株 | 第37页 |
| ·环境样品 | 第37-39页 |
| ·主要仪器设备 | 第39-40页 |
| ·PCR 引物 | 第40-41页 |
| ·主要试剂 | 第41页 |
| ·分析软件 | 第41-42页 |
| ·培养基 | 第42页 |
| ·方法 | 第42-50页 |
| ·引物设计与序列水平的评价 | 第42-43页 |
| ·模式菌株纯培养水平的评价 | 第43-44页 |
| ·疣孢菌的生物勘探 | 第44-46页 |
| ·检测疣孢菌引物的灵敏度 | 第46-48页 |
| ·阳性代表样品中疣孢菌的多样性分析 | 第48-50页 |
| ·结果与分析 | 第50-57页 |
| ·引物设计与序列水平的评价 | 第50-52页 |
| ·模式菌株纯培养水平的评价 | 第52页 |
| ·疣孢菌的生物勘探 | 第52-53页 |
| ·疣孢菌引物的灵敏度分析 | 第53-54页 |
| ·阳性代表样品中疣孢菌的多样性 | 第54-57页 |
| ·讨论 | 第57-62页 |
| ·疣孢菌属的特异性引物 | 第57-58页 |
| ·疣孢菌的生物勘探 | 第58-60页 |
| ·疣孢菌的多样性 | 第60-62页 |
| 第三章 疣孢菌的选择性分离 | 第62-80页 |
| ·前言 | 第62-63页 |
| ·材料与方法 | 第63-70页 |
| ·环境样品 | 第63页 |
| ·研究中使用的抗生素 | 第63页 |
| ·红树林土壤的理化性质分析 | 第63-64页 |
| ·疣孢菌的抗生素敏感性实验 | 第64-65页 |
| ·样品预处理的快速分析 | 第65-66页 |
| ·疣孢菌选择性分离培养基的制备 | 第66-68页 |
| ·预处理、涂布、培养、挑菌和菌种保藏 | 第68页 |
| ·从分离菌株中快速鉴定疣孢菌 | 第68-69页 |
| ·疣孢菌的16S rRNA基因序列扩增与分析 | 第69-70页 |
| ·结果与分析 | 第70-77页 |
| ·红树林土壤的理化性质 | 第70页 |
| ·疣孢菌对抗生素的敏感性 | 第70-72页 |
| ·样品预处理分析 | 第72-73页 |
| ·分离结果统计 | 第73-74页 |
| ·分离菌株纯化与疣孢菌的快速鉴定 | 第74页 |
| ·疣孢菌的16S rRNA基因序列扩增与分析 | 第74-76页 |
| ·分离的疣孢菌菌株与文库分析的疣孢菌克隆子对比分析 | 第76-77页 |
| ·讨论 | 第77-80页 |
| ·疣孢菌选择性分离方法的探索 | 第77-79页 |
| ·分离菌株的快速鉴定 | 第79-80页 |
| 第四章 生物活性检测与基因勘探 | 第80-88页 |
| ·前言 | 第80-81页 |
| ·材料与方法 | 第81-85页 |
| ·实验菌株 | 第81页 |
| ·病原指示菌株 | 第81-82页 |
| ·阳性抗生素 | 第82页 |
| ·培养基 | 第82-83页 |
| ·发酵培养 | 第83页 |
| ·抗菌活性检测 | 第83-84页 |
| ·抗尖孢镰刀菌的活性测定 | 第84页 |
| ·PKSs和NRPSs基因的勘探 | 第84-85页 |
| ·结果与分析 | 第85-86页 |
| ·疣孢菌分离株抗菌活性 | 第85页 |
| ·疣孢菌PKSs基因与NRPSs的勘探 | 第85-86页 |
| ·讨论 | 第86-88页 |
| 第五章 疣孢菌的多相分类鉴定 | 第88-106页 |
| ·前言 | 第88页 |
| ·材料与方法 | 第88-99页 |
| ·实验菌株 | 第88-89页 |
| ·培养基 | 第89页 |
| ·形态特征和培养特征 | 第89-90页 |
| ·生理生化特性 | 第90-91页 |
| ·NaCl耐受实验 | 第90页 |
| ·pH耐受实验 | 第90页 |
| ·碳源利用实验 | 第90页 |
| ·氮源利用实验 | 第90-91页 |
| ·酶学试验 | 第91页 |
| ·化学分类特征 | 第91-94页 |
| ·细胞壁氨基酸分析 | 第91-92页 |
| ·磷酸类脂分析 | 第92-94页 |
| ·醌组分分析 | 第94页 |
| ·分子分类特征 | 第94-99页 |
| ·分离菌株的16S rRNA基因序列分析 | 第94页 |
| ·系统发育分析 | 第94-95页 |
| ·DNA同源性分析(DNA-DNA杂交) | 第95-99页 |
| ·结果与分析 | 第99-104页 |
| ·形态特征 | 第99页 |
| ·生理生化特性 | 第99-102页 |
| ·化学特征 | 第102-103页 |
| ·分子分类特征 | 第103-104页 |
| ·多相分类结果 | 第104-106页 |
| ·菌株234402与菌株2601PA01的多相分类结果 | 第104页 |
| ·菌株2603PH03的多相分类结果 | 第104-105页 |
| ·菌株232076与菌株234606的多相分类结果 | 第105-106页 |
| 第六章 结论与展望 | 第106-109页 |
| ·结论 | 第106-107页 |
| ·疣孢菌属特异性引物设计 | 第106页 |
| ·不同海洋环境样品中疣孢菌属的生物勘探 | 第106页 |
| ·发现存在大量未培养的疣孢菌 | 第106页 |
| ·疣孢菌的分离方法 | 第106-107页 |
| ·多相分类鉴定了疣孢菌新种 | 第107页 |
| ·获得抗MRSA的疣孢菌 | 第107页 |
| ·微生物资源挖掘的新策略 | 第107页 |
| ·展望 | 第107-109页 |
| 参考文献 | 第109-130页 |
| 致谢 | 第130-131页 |
| 附录1：博士期间的科研论文及专利 | 第131-133页 |
| 附录2：疣孢菌特异引物在RDP比对的结果 | 第133-138页 |
