阿维链霉菌MA-4680基因组尺度代谢网络的整合重构
| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-34页 |
| ·系统生物学 | 第11-12页 |
| ·基因组尺度代谢网络现状 | 第12-16页 |
| ·基因组尺度代谢网络在指导代谢工程中的应用 | 第16-17页 |
| ·基因组尺度代谢网络的重构 | 第17-32页 |
| ·建模资源 | 第18-25页 |
| ·数据库及其数据资源 | 第18-21页 |
| ·方法和算法 | 第21-23页 |
| ·软件工具 | 第23-25页 |
| ·实验数据资源 | 第25页 |
| ·重构的一般过程 | 第25-32页 |
| ·初级模型的数据收集 | 第26页 |
| ·模型的精炼修正 | 第26-31页 |
| ·化学计量学数学模型的生成 | 第31页 |
| ·模拟计算和验证 | 第31-32页 |
| ·阿维链霉菌 | 第32-33页 |
| ·本论文研究的意义 | 第33-34页 |
| 第二章 SavNet初级模型的数据整合 | 第34-46页 |
| ·前言 | 第34-35页 |
| ·数据集 | 第35-36页 |
| ·基因注释数据集 | 第35页 |
| ·生化反应数据集 | 第35-36页 |
| ·数据提取和整合方法 | 第36-39页 |
| ·数据提取 | 第36-37页 |
| ·基因注释整合 | 第37页 |
| ·反应数据整合 | 第37-39页 |
| ·GPR关系的搭建 | 第39页 |
| ·结果与分析 | 第39-44页 |
| ·基因注释数据提取 | 第39-40页 |
| ·编码酶基因的整合 | 第40-41页 |
| ·生化反应数据提取 | 第41-42页 |
| ·酶促反应数据的整合 | 第42-43页 |
| ·GPR关系模型 | 第43-44页 |
| ·小结 | 第44-46页 |
| 第三章 SavNet模型精炼构建 | 第46-61页 |
| ·前言 | 第46-47页 |
| ·材料与方法 | 第47-54页 |
| ·模型修正的数据来源 | 第47页 |
| ·数据修正过程及内容 | 第47-50页 |
| ·Biomass组成估计 | 第50-51页 |
| ·Gap分析 | 第51-52页 |
| ·模型转换(SBML格式) | 第52-53页 |
| ·流平衡分析(FBA) | 第53-54页 |
| ·结果与分析 | 第54-61页 |
| ·biomass组成 | 第54-55页 |
| ·模型结果 | 第55-58页 |
| ·模型拓扑可视化 | 第58-59页 |
| ·模型的存储 | 第59-61页 |
| 第四章 总结与展望 | 第61-63页 |
| ·总结 | 第61页 |
| ·展望 | 第61-63页 |
| 参考文献 | 第63-71页 |
| 附录 | 第71-75页 |
| 致谢 | 第75-76页 |
| 攻读硕士学位期间主要科研成果 | 第76页 |
