| 学位论文数据集 | 第1-5页 |
| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-27页 |
| ·脂肪酶 | 第11-13页 |
| ·Lip2 脂肪酶的结构特征 | 第12-13页 |
| ·酶的活性与构象的关系 | 第13页 |
| ·酶工程：从试验到理性设计 | 第13-18页 |
| ·对应选择性酶的修饰：从随机到理性设计 | 第14页 |
| ·定向进化 | 第14-15页 |
| ·半理性或者理性设计 | 第15页 |
| ·酶的从头设计 | 第15-18页 |
| ·分子动力学模拟 | 第18-22页 |
| ·GROMACS 软件 | 第19-20页 |
| ·AMBER 软件 | 第20-21页 |
| ·Packmol 软件 | 第21-22页 |
| ·前人的研究成果 | 第22-25页 |
| ·本课题研究整体思路 | 第25-27页 |
| 第二章 LIP2 脂肪酶和其他小分子的预处理 | 第27-53页 |
| ·LIP2 脂肪酶的预处理 | 第27-33页 |
| ·模拟力场选择 | 第33-42页 |
| ·不同质子化状态对酶分子电荷量的影响 | 第42-50页 |
| ·模拟分子的获得 | 第50页 |
| ·脂肪酶的闭合构象（3o0dc）的获得 | 第50页 |
| ·脂肪酶的开放构象（3o0do）的获得 | 第50页 |
| ·小分子文件准备 | 第50-51页 |
| ·甲醇分子准备 | 第50页 |
| ·正己烷分子准备 | 第50-51页 |
| ·小结 | 第51-53页 |
| 第三章 分子动力学模拟及实验方法 | 第53-65页 |
| ·分子动力学模拟方法 | 第53-59页 |
| ·GROMACS 模拟方法 | 第53-54页 |
| ·AMBER 模拟方法 | 第54-55页 |
| ·Packmol 软件构建混合溶剂 | 第55-59页 |
| ·实验方法 | 第59-65页 |
| ·脂肪酶纯化 | 第59-61页 |
| ·脂肪酶酶活测定 | 第61-62页 |
| ·蛋白含量测定 | 第62-63页 |
| ·荧光光谱测定 | 第63页 |
| ·紫外光谱测定 | 第63-65页 |
| 第四章 不同浓度甲醇溶液对 LIP2 脂肪酶构象的影响 | 第65-89页 |
| ·回旋半径分析 | 第65页 |
| ·酶活实验分析 | 第65-66页 |
| ·蛋白溶剂可及面积分析 | 第66-67页 |
| ·蛋白的主运动分析 | 第67-72页 |
| ·蛋白的亲疏水性分析 | 第72页 |
| ·蛋白的微环境变化分析 | 第72-75页 |
| ·蛋白的二级结构变化分析 | 第75-76页 |
| ·蛋白周围水和甲醇分子的分布情况分析 | 第76-77页 |
| ·活性位点周围水和甲醇分子的分布情况分析 | 第77-78页 |
| ·RMSD 分析 | 第78-82页 |
| ·平衡时残基相关性分析 | 第82-83页 |
| ·LIP2 脂肪酶第二个盖子的推测 | 第83-89页 |
| 第五章 结论与创新点 | 第89-91页 |
| 参考文献 | 第91-95页 |
| 附录 | 第95-97页 |
| 致谢 | 第97-99页 |
| 研究成果及发表的学术论文 | 第99-101页 |
| 作者和导师简介 | 第101-102页 |
| 附件 | 第102-103页 |