| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-22页 |
| 综述部分 | 第22-40页 |
| 第一章 DNA 甲基化与组蛋白修饰 | 第22-31页 |
| ·DNA 甲基化 | 第22-27页 |
| ·DNA 甲基化转移酶 | 第22-23页 |
| ·TET 蛋白 | 第23-25页 |
| ·TET 介导的 DNA 去甲基化 | 第25-26页 |
| ·5mC 连续氧化反应+TDG+BER | 第25页 |
| ·5hmC 脱氨基反应+TDG+BER | 第25页 |
| ·5mC 连续氧化反应+脱羧反应 | 第25-26页 |
| ·TET 蛋白对发育的调控作用 | 第26-27页 |
| ·组蛋白修饰 | 第27-31页 |
| ·组蛋白乙酰化 | 第27-28页 |
| ·组蛋白乙酰化转移酶 | 第28页 |
| ·组蛋白去乙酰化酶 | 第28页 |
| ·组蛋白甲基化 | 第28-29页 |
| ·组蛋白磷酸化 | 第29-30页 |
| ·组蛋白泛素化 | 第30-31页 |
| 第二章 体细胞克隆与重编程 | 第31-40页 |
| ·体细胞克隆过程中异常的重编程 | 第31-35页 |
| ·胚胎早期发育中的重编程 | 第31-33页 |
| ·基因组印迹 | 第33-34页 |
| ·基因组印迹的调控机制 | 第33页 |
| ·基因组印迹与动物克隆 | 第33-34页 |
| ·X 染色体失活与动物克隆 | 第34-35页 |
| ·提高体细胞克隆效率的措施 | 第35-40页 |
| ·受体卵母细胞 | 第35-37页 |
| ·供体体细胞 | 第37页 |
| ·激活方法 | 第37-38页 |
| ·表观遗传修饰药物与体细胞克隆 | 第38-39页 |
| ·抑制克隆胚胎 XIST 的表达 | 第39-40页 |
| 试验部分 | 第40-195页 |
| 第三章 体细胞克隆牛各组织中印迹基因的表达和 DNA 甲基化水平 | 第40-68页 |
| ·材料与方法 | 第41-49页 |
| ·试验材料 | 第41页 |
| ·主要仪器设备 | 第41页 |
| ·主要试剂 | 第41-42页 |
| ·供体细胞的准备 | 第42页 |
| ·卵母细胞的准备 | 第42页 |
| ·卵母细胞的去核 | 第42页 |
| ·卵母细胞的注核与融合 | 第42-43页 |
| ·体细胞克隆胚的激活与培养 | 第43页 |
| ·体细胞克隆胚的移植和样品采集 | 第43-44页 |
| ·实时定量 PCR | 第44-45页 |
| ·亚硫酸氢盐测序法（BSP） | 第45-48页 |
| ·COBRA 分析 | 第48页 |
| ·试验设计 | 第48-49页 |
| ·数据统计分析 | 第49页 |
| ·结果 | 第49-63页 |
| ·体细胞克隆牛的总体形态学分析 | 第49-52页 |
| ·体细胞克隆牛胎盘上印迹基因的表达水平 | 第52-53页 |
| ·体细胞克隆牛胎盘上印迹基因的 DNA 甲基化水平 | 第53-57页 |
| ·BSP 分析 DNA 甲基化水平 | 第53-57页 |
| ·COBRA 法分析 DNA 甲基化水平 | 第57页 |
| ·体细胞克隆牛肌肉和脏器组织上印迹基因的表达水平 | 第57-59页 |
| ·体细胞克隆牛肌肉和脏器组织上印迹基因的 DNA 甲基化水平 | 第59-63页 |
| ·BSP 法分析 DNA 甲基化水平 | 第59-61页 |
| ·COBRA 法分析 DNA 甲基化水平 | 第61-63页 |
| ·供体细胞上印迹基因的 DNA 甲基化水平 | 第63页 |
| ·讨论 | 第63-67页 |
| ·结论 | 第67-68页 |
| 第四章 深度测序高通量分析克隆牛胎盘上差异表达基因、microRNAs 和全基因组甲基化图谱 | 第68-112页 |
| ·试验材料 | 第69页 |
| ·试验方法 | 第69-79页 |
| ·体细胞核移植牛的生产和样品采集 | 第69-70页 |
| ·胎盘总 RNA 和基因组 DNA 提取 | 第70页 |
| ·RNA-seq (Q)高通量测序 | 第70-72页 |
| ·RNA-seq (Q)试验流程 | 第70页 |
| ·RNA-seq (Q)测序质量评估 | 第70页 |
| ·基因表达量统计 | 第70-71页 |
| ·差异表达基因筛选 | 第71页 |
| ·Gene Ontology 功能显著性富集分析 | 第71-72页 |
| ·通路显著性富集分析 | 第72页 |
| ·small RNA-seq 高通量测序 | 第72-76页 |
| ·small RNA-seq 试验流程和信息分析 | 第72-73页 |
| ·microRNAs 差异分析及 qPCR 验证 | 第73-76页 |
| ·MeDIP-seq 高通量测序 | 第76-78页 |
| ·MeDIP-seq 试验流程 | 第76页 |
| ·MeDIP-seq 数据的全基因组分布趋势 | 第76-77页 |
| ·MeDIP-seq 高甲基化富集区的分析 | 第77页 |
| ·差异甲基化水平的相关基因分析 | 第77页 |
| ·MeDIP-seq 中 CpG 岛分析 | 第77-78页 |
| ·RNA-seq (Q)和 small RNA-seq 的综合性分析 | 第78页 |
| ·共有差异基因 | 第78页 |
| ·共有差异基因的 GO 显著性富集分析 | 第78页 |
| ·共有差异基因的通路显著性富集分析 | 第78页 |
| ·RNA-seq (Q)和 MeDIP-seq 的综合性分析 | 第78页 |
| ·统计各个样品不同表达水平的基因的甲基化分布 | 第78页 |
| ·RNA-seq 和 MeDIP-seq 共有差异表达基因综合分析 | 第78页 |
| ·RNA-seq (Q)、small RNA-seq 和 MeDIP-seq 的综合性分析 | 第78-79页 |
| ·RNA-seq (Q)、small RNA-seq 和 MeDIP-seq 共有差异基因 | 第78页 |
| ·共有差异基因的 GO 功能显著性富集分析 | 第78-79页 |
| ·共有差异基因的显著性富集通路分析 | 第79页 |
| ·试验结果 | 第79-105页 |
| ·RNA-seq (Q) 测序结果 | 第79-84页 |
| ·RNA-seq (Q) 测序结果评估 | 第79-81页 |
| ·基因表达分析 | 第81页 |
| ·GO 功能显著性富集分析 | 第81页 |
| ·通路显著性富集分析 | 第81-84页 |
| ·small RNA-seq 测序结果 | 第84-93页 |
| ·sRNA 的长度分布和测序质量 | 第84页 |
| ·样品间 sRNA 公共及特有序列分析 | 第84-85页 |
| ·sRNA 在参考基因组上的分布 | 第85页 |
| ·sRNAs 的比对 | 第85-88页 |
| ·已知 microRNA 比对 | 第88-90页 |
| ·RNA 分类注释 | 第90-91页 |
| ·两样品间已知 microRNA 差异分析 | 第91-92页 |
| ·预测新的 microRNA | 第92页 |
| ·两样品间候选新 microRNA 的差异分析 | 第92-93页 |
| ·已知差异 microRNA 的 3’UTR 靶基因分析 | 第93页 |
| ·MeDIP-seq 测序结果 | 第93-102页 |
| ·MeDIP-seq 序列与参考序列的比对 | 第93-94页 |
| ·MeDIP-seq 数据的全基因组分布趋势 | 第94-99页 |
| ·高甲基化区域信息的分析 | 第99-101页 |
| ·分析两个样品间的高甲基化区的相关差异基因 | 第101-102页 |
| ·MeDIP-seq 中 CpG 岛分析 | 第102页 |
| ·RNA-seq (Q)和 small RNA-seq 的综合性分析 | 第102-104页 |
| ·共有的差异表达基因 | 第102页 |
| ·共有差异基因的 GO 显著性富集分析 | 第102-104页 |
| ·共有差异基因的通路显著性富集分析 | 第104页 |
| ·RNA-seq (Q)和 MeDIP-seq 的综合性分析 | 第104-105页 |
| ·统计各个样品不同表达水平的基因的甲基化分布 | 第104-105页 |
| ·共有的差异表达基因 | 第105页 |
| ·共有差异基因的 GO 显著性富集分析 | 第105页 |
| ·共有差异基因的通路显著性富集分析 | 第105页 |
| ·RNA-seq (Q)、small RNA-seq 和 MeDIP-seq 的综合性分析 | 第105页 |
| ·RNA-seq (Q)、small RNA-seq 和 MeDIP-Seq 共有差异基因 | 第105页 |
| ·共有差异基因的 GO 显著性富集分析 | 第105页 |
| ·共有差异基因的通路显著性富集分析 | 第105页 |
| ·讨论 | 第105-110页 |
| ·结论 | 第110-112页 |
| 第五章 牛体细胞克隆胚胎上异常的重编程 | 第112-124页 |
| ·材料与方法 | 第112-117页 |
| ·试验材料 | 第112-113页 |
| ·主要仪器设备 | 第113页 |
| ·主要试剂 | 第113页 |
| ·供体细胞的准备 | 第113页 |
| ·卵母细胞的准备 | 第113页 |
| ·卵母细胞的去核 | 第113页 |
| ·卵母细胞的注核与融合 | 第113页 |
| ·体细胞克隆胚的激活与培养 | 第113-114页 |
| ·牛体外受精 | 第114页 |
| ·亚硫酸氢盐测序法（BSP） | 第114-115页 |
| ·实时定量 PCR | 第115-116页 |
| ·胚胎免疫荧光染色 | 第116-117页 |
| ·试验设计 | 第117页 |
| ·数据统计分析 | 第117页 |
| ·结果 | 第117-121页 |
| ·牛体细胞克隆胚胎上发育相关基因的 DNA 甲基化水平 | 第117-120页 |
| ·牛体细胞克隆胚胎上 X 染色体失活的分析 | 第120-121页 |
| ·讨论 | 第121-123页 |
| ·结论 | 第123-124页 |
| 第六章 不同细胞系获得的克隆胚胎和体外受精胚胎间的差异基因表达谱分析 | 第124-139页 |
| ·材料与方法 | 第124-126页 |
| ·体细胞克隆胚胎的生产 | 第124页 |
| ·牛体外受精胚胎的生产 | 第124页 |
| ·牛孤雌胚胎的生产 | 第124-125页 |
| ·囊胚 RNA 的提取 | 第125页 |
| ·囊胚 RNA 的放大和标记 | 第125页 |
| ·芯片杂交、扫描和信息分析 | 第125页 |
| ·试验设计 | 第125-126页 |
| ·试验结果 | 第126-135页 |
| ·矩阵图和火山图分析 | 第126-127页 |
| ·差异表达分析 | 第127-135页 |
| ·低效克隆组和体外受精组间的差异分析 | 第127-129页 |
| ·高效克隆组和体外受精组间的差异分析 | 第129-132页 |
| ·低效克隆组和高效克隆组间的差异分析 | 第132-133页 |
| ·孤雌组和体外受精的组间差异分析 | 第133-135页 |
| ·讨论 | 第135-138页 |
| ·结论 | 第138-139页 |
| 第七章 BCB 染色筛选不同核重编程能力的卵母细胞 | 第139-156页 |
| ·材料与方法 | 第140-146页 |
| ·试验材料 | 第140页 |
| ·主要仪器和试剂 | 第140-141页 |
| ·供体细胞的准备 | 第141页 |
| ·卵母细胞的准备 | 第141页 |
| ·体细胞核移植和胚胎移植 | 第141-142页 |
| ·胚胎免疫荧光染色 | 第142-143页 |
| ·免疫荧光强度分析 | 第143页 |
| ·胚胎凋亡染色 | 第143页 |
| ·实时定量 PCR | 第143-145页 |
| ·TaqMan RT-PCR | 第145页 |
| ·试验设计 | 第145-146页 |
| ·数据统计分析 | 第146页 |
| ·结果 | 第146-152页 |
| ·各组卵母细胞支持牛克隆胚胎的体外发育能力 | 第146-147页 |
| ·各组卵母细胞支持牛克隆胚胎的体内发育能力 | 第147页 |
| ·各组体细胞克隆胚胎的表观遗传修饰 | 第147-149页 |
| ·各组体细胞克隆胚胎质量：胚胎细胞数 | 第149-150页 |
| ·各组体细胞克隆胚胎的质量：囊胚凋亡率 | 第150-151页 |
| ·各组囊胚 mRNA 和 microRNA 相对水平 | 第151-152页 |
| ·讨论 | 第152-154页 |
| ·结论 | 第154-156页 |
| 第八章 Oxamflatin 对牛克隆胚胎重编程的影响 | 第156-186页 |
| ·试验材料 | 第157-164页 |
| ·主要仪器和试剂 | 第157-158页 |
| ·供体细胞的准备 | 第158页 |
| ·卵母细胞的准备 | 第158-159页 |
| ·体细胞核移植 | 第159页 |
| ·牛体外受精胚胎的生产 | 第159页 |
| ·Oxamflatin 处理方法 | 第159页 |
| ·胚胎和细胞免疫荧光染色 | 第159-160页 |
| ·免疫荧光强度分析 | 第160页 |
| ·胚胎凋亡染色 | 第160页 |
| ·实时定量 PCR | 第160-162页 |
| ·亚硫酸氢盐测序法 | 第162页 |
| ·试验设计 | 第162-163页 |
| ·数据统计分析 | 第163-164页 |
| ·结果 | 第164-179页 |
| ·Oxamflatin 对牛成纤维细胞的影响 | 第164页 |
| ·Oxamflatin 对牛体细胞克隆胚胎体外发育的影响 | 第164-167页 |
| ·Oxamflatin 对牛体细胞克隆胚胎表观修饰的影响 | 第167-177页 |
| ·Oxamflatin 对牛体细胞克隆胚胎的胚胎细胞数的影响 | 第177-178页 |
| ·Oxamflatin 对牛体细胞克隆胚胎囊胚凋亡率的影响 | 第178-179页 |
| ·Oxamflatin 对凋亡和发育相关基因表达的影响 | 第179页 |
| ·Oxamflatin 对 satellite I 的 DNA 甲基化水平的影响 | 第179页 |
| ·讨论 | 第179-185页 |
| ·结论 | 第185-186页 |
| 第九章 基于囊胚上基因表达水平筛选供体细胞系对牛克隆效率的影响 | 第186-195页 |
| ·材料与方法 | 第186-187页 |
| ·试验材料 | 第186页 |
| ·供体细胞的准备 | 第186页 |
| ·卵母细胞的准备 | 第186-187页 |
| ·体细胞核移植和胚胎移植 | 第187页 |
| ·试验设计 | 第187页 |
| ·数据统计分析 | 第187页 |
| ·结果 | 第187-188页 |
| ·三组牛克隆胚胎的体外发育能力 | 第187-188页 |
| ·三组牛克隆胚胎的体内发育能力 | 第188页 |
| ·讨论 | 第188-194页 |
| ·结论 | 第194-195页 |
| 全文结论 | 第195-197页 |
| 参考文献 | 第197-219页 |
| 附件 | 第219-249页 |
| 致谢 | 第249-250页 |
| 作者简介 | 第250-251页 |
