量子力学和分子力学结合方法在酶催化研究中的应用
| 论文摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 第1章 绪论 | 第10-18页 |
| ·酶的概述 | 第10-13页 |
| ·酶的定义、化学本质及其生物学功能 | 第10页 |
| ·酶催化作用的特点 | 第10-12页 |
| ·酶催化机理 | 第12-13页 |
| ·理论计算方法在酶催化研究中的应用 | 第13-15页 |
| ·论文课题的选择、研究目的和内容 | 第15-18页 |
| 第2章 理论基础和计算方法 | 第18-48页 |
| ·引言 | 第18-19页 |
| ·量子力学和分子力学结合方法 | 第19-31页 |
| ·能量表达式 | 第19-22页 |
| ·内层与外层之间的静电相互作用 | 第22-25页 |
| ·内层与外层之间的其他非键与成键相互作用 | 第25-27页 |
| ·跨越 QM-MM 边界的共价键 | 第27-31页 |
| ·与 QM/MM 方法结合的优化与模拟技术 | 第31-48页 |
| ·稳定点优化与反应路径 | 第32-37页 |
| ·分子动力学模拟技术 | 第37-48页 |
| 第3章 硫代嘌呤甲基转移酶催化机理的理论研究 | 第48-60页 |
| ·引言 | 第48-50页 |
| ·计算方法 | 第50-52页 |
| ·结果与讨论 | 第52-59页 |
| ·底物的质子异构及结合取向 | 第52-54页 |
| ·甲基转移步骤的平均力势 | 第54-58页 |
| ·底物的去质子化 | 第58-59页 |
| ·本章小结 | 第59-60页 |
| 第4章 脂肪醛肟脱水酶催化机理的理论研究 | 第60-72页 |
| ·引言 | 第60-62页 |
| ·计算方法 | 第62-64页 |
| ·结果与讨论 | 第64-71页 |
| ·脱水步骤 | 第64-67页 |
| ·去质子化步骤 | 第67-71页 |
| ·本章小结 | 第71-72页 |
| 第5章 α-半乳糖苷酶催化机理的理论研究 | 第72-84页 |
| ·引言 | 第72-73页 |
| ·计算方法 | 第73-76页 |
| ·QM/MM 分子动力学 | 第73-75页 |
| ·QM/MM Metadynamics | 第75-76页 |
| ·结果与讨论 | 第76-82页 |
| ·QM/MM 分子动力学模拟 | 第76-77页 |
| ·QM/MM Metadynamics 模拟 | 第77-81页 |
| ·底物的构象变化路线 | 第81-82页 |
| ·本章小节 | 第82-84页 |
| 参考文献 | 第84-116页 |
| 作者简介 | 第116-118页 |
| 攻读博士学位期间发表和完成的论文 | 第118-120页 |
| 致谢 | 第120-121页 |
| 基金资助 | 第121页 |
