| 摘要 | 第1-12页 |
| Abstract | 第12-14页 |
| 第一章 引言 | 第14-53页 |
| 1. 表观遗传信息与基因表达调控 | 第14-33页 |
| ·表观遗传信息的构成 | 第16-18页 |
| ·组蛋白甲基化修饰 | 第18-28页 |
| ·H3K4甲基化 | 第19-21页 |
| ·H3K36甲基化 | 第21-22页 |
| ·H3K79甲基化 | 第22-23页 |
| ·H3K9甲基化 | 第23-25页 |
| ·H3K27甲基化 | 第25-27页 |
| ·H4K20甲基化 | 第27-28页 |
| ·组蛋白乙酰化修饰 | 第28-30页 |
| ·组蛋白变体 | 第30-33页 |
| 2. 表观遗传信息在DNA复制后的重建 | 第33-49页 |
| ·DNA复制的偶联核小体组装的早期研究及其对当今表观遗传信息继承理论的贡献 | 第33-38页 |
| ·(H3-H4)2四聚体在复制叉通过时保持与DNA结合 | 第34-35页 |
| ·旧有组蛋白随机分配到新生成的DNA链上 | 第35-36页 |
| ·H3-H4以完整四聚体的形式转移到新合成的DNA | 第36-38页 |
| ·DNA复制偶联的染色质解聚与重组的分子机理 | 第38-42页 |
| ·染色质结构在复制叉前方的解聚 | 第39-41页 |
| ·染色质结构在复制叉后方的重建 | 第41-42页 |
| ·DNA复制偶联的核小体组装在染色质结构重建过程中的作用 | 第42-44页 |
| ·染色质组装在表观遗传信息继承的意义 | 第44-49页 |
| ·与复制叉前进同步的染色质修饰的建立 | 第44-46页 |
| ·在染色质成熟过程中表观遗传修饰的缓慢建立 | 第46页 |
| ·以旧有修饰为模板的新修饰建立 | 第46-49页 |
| 3. 本研究的目的和意义 | 第49-53页 |
| 第二章 研究方法与材料 | 第53-78页 |
| 1. 实验材料 | 第53-58页 |
| ·细胞系 | 第53页 |
| ·菌株 | 第53页 |
| ·试剂 | 第53-58页 |
| ·细胞培养 | 第53页 |
| ·转染试剂 | 第53页 |
| ·常规试剂 | 第53-54页 |
| ·细菌培养试剂 | 第54页 |
| ·质谱样品处理试剂 | 第54页 |
| ·DNA琼脂糖凝胶电泳试剂 | 第54-55页 |
| ·质粒提取试剂 | 第55页 |
| ·分子克隆相关酶类 | 第55页 |
| ·分子克隆引物 | 第55-56页 |
| ·Western Blot试剂 | 第56-58页 |
| 2. 实验方法 | 第58-78页 |
| ·pCDNA4TO-FLAG-H3.1与pCDNA4TO-FLAG-H3.3表达载体的构建 | 第58-59页 |
| ·总RNA的提取 | 第58页 |
| ·cDNA的合成 | 第58页 |
| ·FLAG-H3.1与FLAG-H3.3基因的克隆 | 第58-59页 |
| ·pCDNA4TO-FLAG-H3.1与pCDNA4TO-FLAG-H3.3质粒的获得 | 第59页 |
| ·细胞培养 | 第59-66页 |
| ·细胞的复苏、培养和冻存 | 第59-60页 |
| ·T-REx-HeLa-FLAG-H3.1与T-REx-HeLa-FLAG-H33稳定转染细胞系的建 | 第60-61页 |
| ·FLAG-H3诱导关闭实验 | 第61-62页 |
| ·FLAG-H3诱导表达实验 | 第62-63页 |
| ·K8稳定同位素标记的细胞的获得 | 第63页 |
| ·使用稳定同位素K8标记细胞周期内新和成组蛋白 | 第63页 |
| ·重同位素R10标记的细胞的获得 | 第63-64页 |
| ·非重同位素标记的处于细胞周期各时相的细胞的获得 | 第64页 |
| ·长时间G1/S阻滞细胞的获得 | 第64-65页 |
| ·K8/M4标记的长时间G1/S阻滞细胞的获得 | 第65-66页 |
| ·含FLAG-H3的单核小体的制备 | 第66-68页 |
| ·从哺乳动物细胞内提取单核小体 | 第66-67页 |
| ·anti-FLAG亲和纯化 | 第67页 |
| ·13%SDS-PAGE分离 | 第67页 |
| ·银染 | 第67-68页 |
| ·用于质谱分析的组蛋白样品的制备 | 第68-69页 |
| ·酸抽提染色质组蛋白 | 第68页 |
| ·反向柱分离纯化组蛋白 | 第68-69页 |
| ·用于质谱分析的多肽的制备 | 第69-71页 |
| ·胶内酶切 | 第69-70页 |
| ·多肽的抽提 | 第70页 |
| ·胶内组蛋白丙酰酐衍生反应 | 第70页 |
| ·溶液内组蛋白丙酰酐衍生反应 | 第70-71页 |
| ·溶液内酶切 | 第71页 |
| ·多肽N-端丙酰酐修饰 | 第71页 |
| ·LC/MS/MS仪器设置 | 第71-74页 |
| ·自制反向毛细管柱 | 第71-72页 |
| ·Agilent 1200液相色谱(与Q-Star XL偶联) | 第72-73页 |
| ·Agilent 1300液相色谱(与LTQ-Orbitrap偶联) | 第73页 |
| ·Q-Star XL部分参数设置 | 第73-74页 |
| ·LTQ-Orbitrap部分参数设置 | 第74页 |
| ·质谱数据搜索与多肽的鉴定 | 第74-76页 |
| ·Q-Star数据的处理 | 第74-75页 |
| ·LTQ-Orbitrap数据的处理 | 第75-76页 |
| ·组蛋白修饰的鉴定 | 第76页 |
| ·质谱定量 | 第76-78页 |
| ·使用MS Quant进行的相对定量 | 第76页 |
| ·使用Analyst QS进行的定量 | 第76-77页 |
| ·使用Xcalibur进行定量 | 第77-78页 |
| 第三章 研究结果 | 第78-100页 |
| 1. H3-H4组蛋白四聚体在细胞周期中的解离模式 | 第78-90页 |
| ·基于稳定同位素标记的质谱定量体系的建立 | 第78-80页 |
| ·旧组蛋白FLAG-H3.1保持与旧内源H3.1、H4的组合 | 第80-83页 |
| ·新和成的FLAG-H3.1与新和成的内源H3.1、H4相组合 | 第83-84页 |
| ·大量(H3.3-H4)2四聚体在体内解聚 | 第84-88页 |
| ·DNA复制不依赖的H3.3置换主要以(H3.3-H4)2四聚体的形势发生 | 第88-90页 |
| 2. 组蛋白甲基化修饰在细胞中的动态调节 | 第90-100页 |
| ·组蛋白甲基化修饰在新合成的组蛋白上的建立 | 第90-93页 |
| ·细胞周期中组蛋白甲基化整体水平的变化 | 第93-95页 |
| ·非循环细胞中组蛋白甲基化水平的保持 | 第95-97页 |
| ·非循环细胞中组蛋白甲基化的置换 | 第97-100页 |
| 第四章 讨论 | 第100-103页 |
| 1. 组蛋白(H3-H4)2四聚体的命运与表观遗传信息的传递 | 第100页 |
| 2. 组蛋白甲基化的建立与维持 | 第100-103页 |
| ·组蛋白甲基化修饰在空间中的可变性 | 第100-101页 |
| ·组蛋白甲基化修饰水平的可变性 | 第101-102页 |
| ·非循环细胞中组蛋白甲基化的维持 | 第102-103页 |
| 参考文献 | 第103-128页 |
| 致谢 | 第128-130页 |
| 论文发表 | 第130-131页 |
