| 前言 | 第1-4页 |
| 1. 背景:六个时期的寒证研究 | 第2页 |
| 2. 困惑:中医“证候”研究走向 | 第2-3页 |
| 3. 中心:通过基因功能富集分析把信号通路引入中医证候研究 | 第3-4页 |
| 中文摘要 | 第4-6页 |
| 英文摘要 | 第6-11页 |
| 缩略词 | 第11-12页 |
| 第一章 表达谱芯片数据深入挖掘方法学 | 第12-24页 |
| 1 cDNA基因芯片技术原理 | 第12-13页 |
| 2 芯片数据处理方法 | 第13-22页 |
| ·数据预处理 | 第13-14页 |
| ·背景的校正 | 第13-14页 |
| ·数据的对数转换 | 第14页 |
| ·合并重复数据 | 第14页 |
| ·缺失数据处理 | 第14页 |
| ·数据归一化 | 第14页 |
| ·差异表达基因分析 | 第14-15页 |
| ·聚类分析 | 第15-16页 |
| ·分类分析 | 第16-17页 |
| ·功能分析 | 第17-19页 |
| ·单一基因的注释 | 第17页 |
| ·基因表达调控网络的构建 | 第17-18页 |
| ·生物学相互作用的分析 | 第18-19页 |
| ·基因功能富集分析 | 第19-22页 |
| ·基因功能富集分析原理 | 第19页 |
| ·基因功能富集分析在线平台 | 第19-20页 |
| ·基因功能富集分析软件 | 第20-22页 |
| 3、基因芯片技术的应用 | 第22-24页 |
| ·临床疾病诊断 | 第22页 |
| ·药物筛选和新药开发 | 第22-23页 |
| ·中医证候—基因组研究 | 第23-24页 |
| 第二章 电子传递链—家系虚寒证表达谱数据的生物学本质研究 | 第24-50页 |
| 1 虚寒证家系的筛选 | 第24-27页 |
| ·彭州山区曹氏家系 | 第25-26页 |
| ·成都平原曾氏家系 | 第26-27页 |
| 2 基因芯片试验设计及试验结果 | 第27-28页 |
| ·基因芯片试验设计 | 第27-28页 |
| ·基因芯片试验结果 | 第28页 |
| 3 彭州曹氏家系基因芯片数据挖掘 | 第28-37页 |
| ·基因芯片数据的预处理 | 第28-29页 |
| ·差异基因的筛选 | 第29-30页 |
| ·表达谱数据的聚类分析 | 第30-33页 |
| ·生物学途径分析 | 第33-34页 |
| ·分子功能分类 | 第34页 |
| ·基因集富集分析 | 第34-36页 |
| ·以药测证:治疗前后的电子传递链基因变化趋势 | 第36-37页 |
| 4 成都曾氏家系芯片数据挖掘 | 第37-41页 |
| ·差异基因的筛选 | 第39页 |
| ·差异基因的生物学过程分类 | 第39-40页 |
| ·差异基因的生物学成分分类 | 第40页 |
| ·功能富集分析 | 第40-41页 |
| ·基于KEGG pathways的功能富集分析 | 第40页 |
| ·基于GO的功能富集分析 | 第40-41页 |
| 5 虚寒证功能紊乱的临床验证 | 第41-45页 |
| ·样本的采集 | 第41-42页 |
| ·主要仪器与试剂 | 第41页 |
| ·溶液配制 | 第41-42页 |
| ·mtDNA的制备及纯化 | 第42页 |
| ·mtDNA样品的鉴定 | 第42-43页 |
| ·mtDNA调控区的测序 | 第43-45页 |
| 6 讨论 | 第45-50页 |
| ·中医"证"与信号转导通路 | 第45-46页 |
| ·基因功能富集分析与证候-基因组研究 | 第46页 |
| ·虚寒证与能量代谢 | 第46-48页 |
| ·不同虚寒证家系能量代谢紊乱的趋同 | 第46-47页 |
| ·轻、重度虚寒证与能量代谢调控网络 | 第47页 |
| ·虚寒证与其它信号通路 | 第47-48页 |
| ·热药疗寒与线粒体电子传递链 | 第48页 |
| ·线粒体DNA调控区与虚寒证 | 第48-50页 |
| 结语 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-55页 |
| 致谢 | 第55-56页 |
| 文献综述:基因芯片与中医药 | 第56-61页 |
| 附件1:虚寒证评分细则 | 第61-64页 |
| 附件2:参加科研项目、学术交流、专著及获奖 | 第64-65页 |
| 附件3:公开发表的学术论文目录 | 第65-66页 |