| 摘要 | 第1-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 1 前言 | 第13-15页 |
| 2 文献综述 | 第15-28页 |
| ·水稻和拟南芥 | 第15页 |
| ·水稻和拟南芥基因组 | 第15-16页 |
| ·基因家族 | 第16-19页 |
| ·胚胎晚期发育蛋白(LEA)基因家族 | 第16-17页 |
| ·抗性(R)基因 | 第17-19页 |
| ·分子标记 | 第19-24页 |
| ·分子标记的类型 | 第19-23页 |
| ·分子标记的应用 | 第23-24页 |
| ·保守非编码元件 | 第24-25页 |
| ·组织特异性的转录因子结合位点 | 第25-26页 |
| ·全基因组DNA甲基化预测 | 第26-28页 |
| 3 材料与方法 | 第28-36页 |
| ·基因组及蛋白质序列的来源 | 第28页 |
| ·水稻LEA基因组规模的鉴定与分析 | 第28-29页 |
| ·OsLEA基因的鉴定 | 第28页 |
| ·序列对比和基因转变分析 | 第28页 |
| ·LEA基因的表达分析 | 第28-29页 |
| ·启动子基序分析 | 第29页 |
| ·水稻RGA基因组规模的鉴定与分析 | 第29-30页 |
| ·水稻RGA的搜索 | 第29-30页 |
| ·水稻RGA的结构分类及其在染色体上的分布 | 第30页 |
| ·两个亚种间RGA多态性的鉴定和开发 | 第30页 |
| ·非编码序列-内含子子长度多度性(ILPs) | 第30-32页 |
| ·水稻籼粳亚种基因组比较搜索ILP | 第30-31页 |
| ·通过EPIC-PCR开发候选ILP标记 | 第31页 |
| ·实验验证及评价ILP标记 | 第31-32页 |
| ·长的保守非编码序列 | 第32页 |
| ·鉴定基因的pCNE | 第32页 |
| ·根据基因的功能进行分类 | 第32页 |
| ·短的保守非编码序列—转录因子结合位点 | 第32-33页 |
| ·组织特异基因的皮尔森相关性 | 第32-33页 |
| ·TFBSs的计算预测 | 第33页 |
| ·鉴定假定结合位点的互作 | 第33页 |
| ·线性回归鉴定TFBSs的功能 | 第33页 |
| ·DNA甲基化预测 | 第33-36页 |
| ·DNA甲基化数据 | 第33-34页 |
| ·用于甲基化预测的特征 | 第34-36页 |
| 4 结果与分析 | 第36-68页 |
| ·水稻LEA基因组规模的鉴定与分析 | 第36-43页 |
| ·OsLEA基因的数量、类型和分布 | 第36页 |
| ·OsLEA基因的序列相似性和基因转换研究 | 第36-39页 |
| ·OsLEA基因的表达 | 第39-41页 |
| ·OsLEA启动子的保守序列 | 第41-43页 |
| ·水稻全基因组R基因鉴定及候选RGA标记开发 | 第43-47页 |
| ·粳稻中RGA的数目、密度及其在染色体上的分布 | 第43页 |
| ·水稻RGA的结构分类 | 第43-44页 |
| ·RGA基因在水稻亚种间的多态性 | 第44-47页 |
| ·内含子长度多态性的研究以及在水稻中作为分子标记的潜力 | 第47-55页 |
| ·水稻ILPs的数量、分布及密度 | 第47-49页 |
| ·候选ILP标记 | 第49-52页 |
| ·ILP标记的实验验证 | 第52-54页 |
| ·WIN-PCR的ILP标记 | 第54-55页 |
| ·ILP数据库 | 第55页 |
| ·长的保守非编码序列 | 第55-58页 |
| ·通过比较直系同源基因获得植物的pCNEs | 第55-57页 |
| ·通过分析拟南芥的旁系同源来发现pCNEs | 第57-58页 |
| ·短的保守非编码序列-TFBSs的研究 | 第58-63页 |
| ·组织特异表达基因 | 第58-59页 |
| ·基因组中搜索TFBSs | 第59-60页 |
| ·TFBSs和组织的相关性研究 | 第60页 |
| ·TSS到TFBSs的距离 | 第60-61页 |
| ·顺式调控模(CRMs) | 第61-63页 |
| ·甲基化位点的预测 | 第63-68页 |
| ·DNA片段甲基化的计算预测 | 第63-64页 |
| ·基因甲基化的计算预测 | 第64-65页 |
| ·启动子甲基化的计算预测 | 第65-66页 |
| ·外显子甲基化的计算预测 | 第66-68页 |
| 5 讨论 | 第68-74页 |
| ·LEA和R基因家族的分析 | 第68-69页 |
| ·内含子长度多态性分子标记的研究 | 第69-71页 |
| ·ILP引物的优势 | 第69页 |
| ·ILPs的亚种特异性 | 第69-70页 |
| ·ILP标记的通用性 | 第70-71页 |
| ·长非编码保守序列的分析 | 第71-72页 |
| ·转录因子结合位点的分析 | 第72页 |
| ·甲基化的预测 | 第72-74页 |
| 6 参考文献 | 第74-86页 |
| 7 附录:博士期间发表的有关论文 | 第86页 |