基于16S rDNA-RFLP技术对圈养成年大熊猫秋季肠道菌群多样性的研究
| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-27页 |
| 1 肠道微生物的概况 | 第11-15页 |
| ·正常菌群的概念 | 第11页 |
| ·胃肠道的正常菌群 | 第11页 |
| ·肠道菌群的分类 | 第11-12页 |
| ·肠道菌群的分布 | 第12页 |
| ·肠道菌群的作用 | 第12-15页 |
| ·营养与消化作用 | 第12-13页 |
| ·免疫作用 | 第13页 |
| ·屏障作用 | 第13-14页 |
| ·抗肠毒的作用 | 第14页 |
| ·抗肿瘤作用 | 第14-15页 |
| ·其他生理作用 | 第15页 |
| ·菌群失调的危害 | 第15页 |
| 2 大熊猫肠道微生物的研究进展 | 第15-19页 |
| ·大熊猫的概况 | 第15-17页 |
| ·大熊猫肠道微生物多样性研究现状 | 第17-19页 |
| ·大熊猫肠道正常菌群的研究进展 | 第17-18页 |
| ·大熊猫肠道致病菌的研究进展 | 第18页 |
| ·大熊猫肠道优势菌群的研究 | 第18页 |
| ·大熊猫肠道菌群多样性动态变化的研究 | 第18-19页 |
| 3 微生物菌群多样性分析方法的研究进展 | 第19-26页 |
| ·传统的研究方法 | 第19-20页 |
| ·平板分离法 | 第20页 |
| ·Biolog微平板分析 | 第20页 |
| ·磷脂脂肪酸图谱分析方法 | 第20页 |
| ·现代分子生物学技术的研究方法 | 第20-26页 |
| ·基于分子杂交技术的分子标记法 | 第21页 |
| ·基于PCR技术的研究方法 | 第21-26页 |
| 4 本实验主要研究内容及目的 | 第26-27页 |
| 第二章 实验材料和方法 | 第27-40页 |
| 1 实验材料 | 第27-29页 |
| ·实验的主要仪器 | 第27-28页 |
| ·实验中的主要试剂及溶液的配制 | 第28-29页 |
| ·实验中的主要试剂 | 第28-29页 |
| ·实验中主要溶液的配制 | 第29页 |
| ·PCR引物 | 第29页 |
| ·数据分析软件 | 第29页 |
| 2 实验步骤 | 第29-40页 |
| ·成年大熊猫粪便的采集 | 第30页 |
| ·细菌的粗提取 | 第30页 |
| ·粪便细菌总DNA的提取 | 第30-32页 |
| ·粪便总DNA的检测 | 第32页 |
| ·粪便总细菌16S rDNA片段PCR扩增的优化 | 第32-33页 |
| ·粪便总细菌16SrDNA片段的PCR扩增 | 第33页 |
| ·细菌16SrDNA扩增片段的纯化回收及检测 | 第33-34页 |
| ·16S rDNA文库的构建 | 第34-37页 |
| ·目的片段与T载体相连接 | 第34-35页 |
| ·转化 | 第35页 |
| ·阳性克隆子的筛选 | 第35-36页 |
| ·对筛选出来的阳性克隆子进行酶切 | 第36-37页 |
| ·RFLP聚类分析 | 第37-38页 |
| ·对所构建的文库进行统计分析 | 第38-39页 |
| ·覆盖率(Coverage,C) | 第38页 |
| ·物种的丰富度指数 | 第38页 |
| ·物种均匀度指数 | 第38页 |
| ·物种多样性指数 | 第38-39页 |
| ·Chaol物种多样性指数(Schaol) | 第39页 |
| ·DNA序列的测定 | 第39页 |
| ·16S rDNA的系统发育分析 | 第39-40页 |
| 第三章 实验结果与分析 | 第40-62页 |
| 1 粪便细菌总DNA的提取 | 第40页 |
| 2 细菌16S rDNA片段PCR扩增的优化 | 第40-41页 |
| 3 粪便总细菌16SrDNA片段的PCR扩增 | 第41-42页 |
| 4 细菌16SrDNA扩增片段的纯化回收及检测 | 第42-43页 |
| 5 16SrDNA文库的构建 | 第43-49页 |
| ·目的片段的连接与转化 | 第43-44页 |
| ·阳性克隆子的筛选结果 | 第44-46页 |
| ·对筛选出来的阳性克隆子进行酶切 | 第46-49页 |
| 6 RFLP聚类分析 | 第49-53页 |
| 7 对所构建的文库进行统计分析 | 第53-55页 |
| 8 优势菌群序列的测定及比对 | 第55-59页 |
| 9 进化树的构建 | 第59-62页 |
| ·变形菌门(Proteobacteria) | 第59-61页 |
| ·厚壁菌门(Firmicutes) | 第61页 |
| ·拟杆菌门(Bacteroidetes) | 第61-62页 |
| 第四章 讨论 | 第62-67页 |
| 1 大熊猫肠道菌群研究方法的优缺点 | 第62页 |
| 2 对构建大熊猫肠道菌群16SrDNA文库的讨论 | 第62-65页 |
| ·大熊猫粪便的处理 | 第62页 |
| ·粪便细菌总DNA的提取 | 第62-63页 |
| ·PCR条件的优化 | 第63-64页 |
| ·16S rDNA数据的处理及分析的讨论 | 第64页 |
| ·16S rDNA-RFLP数据的多样性分析 | 第64-65页 |
| 3 关于优势菌群的系统进化树讨论 | 第65-67页 |
| 第五章 结论与展望 | 第67-69页 |
| 1 结论 | 第67页 |
| 2 展望 | 第67-69页 |
| 参考文献 | 第69-75页 |
| 致谢 | 第75-76页 |
| 附录 | 第76-87页 |
