| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 主要缩略语 | 第11-15页 |
| 前言 计算机辅助药物设计研究进展综述及论文的研究计划 | 第15-27页 |
| ·计算机辅助药物设计的概念 | 第15页 |
| ·计算机辅助药物设计的意义 | 第15-20页 |
| ·计算机辅助药物设计的研究方法 | 第20-24页 |
| ·药物作用的基本理论 | 第20-21页 |
| ·计算机辅助药物设计的方法分类 | 第21-22页 |
| ·直接药物设计 | 第22页 |
| ·间接药物设计 | 第22-24页 |
| ·论文的研究计划 | 第24-27页 |
| 第一部分 HMG-CoA还原酶抑制剂的计算机辅助药物设计 | 第27-91页 |
| 第一章 降血脂药物和HMG-CoA还原酶抑制剂的研究进展 | 第27-37页 |
| ·降血脂药物的发展概况 | 第28-30页 |
| ·HMG—CoA还原酶抑制剂的研究进展 | 第30-35页 |
| ·研究意义与研究方案 | 第35-37页 |
| 第二章 基于受体结构的HMGR抑制剂的设计 | 第37-65页 |
| ·引言 | 第37-42页 |
| ·研究方法 | 第42-51页 |
| ·分子对接 | 第42-43页 |
| ·受体结构的准备 | 第43-45页 |
| ·小分子数据库 | 第45页 |
| ·对接程序和筛选流程 | 第45-49页 |
| ·目筛 | 第49-50页 |
| ·活性位点分析 | 第50-51页 |
| ·结果与讨论 | 第51-62页 |
| ·Dock模型 | 第51-53页 |
| ·FlexX模型 | 第53-54页 |
| ·AutoDock模型 | 第54-55页 |
| ·各种对接方法的比较 | 第55-57页 |
| ·活性化合物对接结果与能量的关系 | 第57-59页 |
| ·数据库筛选结果 | 第59-60页 |
| ·活性位点分析 | 第60-62页 |
| ·结论 | 第62-65页 |
| 第三章 HMG-CoA还原酶抑制剂的定量构效关系和药效基团分析 | 第65-91页 |
| ·HMG-CoA还原酶抑制剂的三维定量构效关系研究 | 第65-82页 |
| ·研究方法 | 第65-73页 |
| ·结果与讨论 | 第73-82页 |
| ·CoMFA | 第73-78页 |
| ·CoMSIA | 第78-80页 |
| ·基于FlexS叠合结果的三维定量构效关系研究 | 第80-82页 |
| ·HMG-CoA还原酶抑制剂的药效基团 | 第82-91页 |
| ·方法 | 第82页 |
| ·结果与讨论 | 第82-89页 |
| ·他汀类抑制剂与HMGR的相互作用分析 | 第82-84页 |
| ·他汀类抑制剂与HMGR之间的具体相互作用分析 | 第84页 |
| ·他汀类抑制剂的药效基团 | 第84-88页 |
| ·他汀类抑制剂的药物设计 | 第88-89页 |
| ·HMG-CoA还原酶抑制剂部分小结 | 第89-91页 |
| 第二部分 幽门螺旋杆菌胸苷酸合成酶ThyX抑制剂的设计 | 第91-109页 |
| 第四章 幽门螺旋杆菌胸苷酸合成酶ThyX的同源模建及虚拟筛选 | 第91-109页 |
| ·胸苷酸合成酶ThyX的研究进展综述 | 第91-96页 |
| ·ThyX作为抗菌靶标的确定 | 第91-93页 |
| ·TM ThyX的结构及其与底物的作用机制 | 第93-96页 |
| ·胸苷酸合成酶(ThyX)的同源模建、虚拟筛选和活性位点分析 | 第96-109页 |
| ·研究方法 | 第97-100页 |
| ·结果与讨论 | 第100-107页 |
| ·蛋白模建 | 第100-104页 |
| ·虚拟筛选 | 第104-105页 |
| ·活性位点分析 | 第105-107页 |
| ·讨论 | 第107-109页 |
| 第三部分 胸苷酸合成酶MurF抑制剂和抗氧化剂两个体系的定量构效关系研究 | 第109-149页 |
| 第五章 一类全新MurF抑制剂的CoMFA,CoMSIA和HQSAR研究 | 第109-129页 |
| ·引言 | 第109-112页 |
| ·材料和方法 | 第112-116页 |
| ·化合物组，分子构象的确定和分子叠合方法 | 第112-114页 |
| ·CoMFA和CoMSIA | 第114-116页 |
| ·HQSAR及参数设置 | 第116页 |
| ·结果和讨论 | 第116-127页 |
| ·剑桥晶体结构数据库搜索 | 第116-117页 |
| ·CoMFA | 第117-122页 |
| ·CoMSIA | 第122-123页 |
| ·HQSAR | 第123-125页 |
| ·讨论 | 第125-127页 |
| ·结论 | 第127-129页 |
| 第六章 使用本征值方法研究抗氧化剂的构效关系 | 第129-149页 |
| ·引言 | 第129-131页 |
| ·实验材料与理论计算方法、步骤 | 第131-138页 |
| ·化合物的选取 | 第132-137页 |
| ·参数选择 | 第137页 |
| ·结构构建及优化 | 第137页 |
| ·计算分子的EVA描述符 | 第137-138页 |
| ·进行PLS分析，建立QSAR模型，预测各化合物的活性 | 第138页 |
| ·计算结果 | 第138-143页 |
| ·第一组化合物 | 第138-141页 |
| ·第二组化合物 | 第141页 |
| ·第三组化合物 | 第141-142页 |
| ·第四组化合物 | 第142-143页 |
| ·讨论 | 第143-147页 |
| ·EVA的各种统计曲线及物理意义 | 第143-145页 |
| ·EVA方法的优点 | 第145-146页 |
| ·EVA进行抗氧化剂构效关系研究中要注意的问题 | 第146-147页 |
| ·结论 | 第147-149页 |
| 论文总结 | 第149-151页 |
| 参考文献 | 第151-163页 |
| 附录1 图表索引 | 第163-166页 |
| 附录2 Dock对接程序的参数文件示例 | 第166-169页 |
| 附录3 攻读博士期间已发表及准备发表的论文目录 | 第169-171页 |
| 致谢 | 第171-172页 |
