| 声明 | 第1页 |
| 关于论文使用授权的说明 | 第2-3页 |
| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-9页 |
| 第一章 引言 | 第9-19页 |
| ·生物信息学 | 第9-10页 |
| ·基因组序列的获取及拼接 | 第10-15页 |
| ·鸟枪测序法 | 第10页 |
| ·大规模基因组测序流程 | 第10-13页 |
| ·序列拼接 | 第13-15页 |
| ·编码蛋白质基因的理论预测方法 | 第15-17页 |
| ·利用EST数据库发现新基因和新SNPs | 第15-16页 |
| ·从完整基因组DNA序列中预测新 | 第16-17页 |
| ·基因组中非编码序列信息结构分析和ncRNA基因预测 | 第17-19页 |
| 第二章 基因组序列拼接 | 第19-39页 |
| ·基因组序列拼接问题 | 第19-20页 |
| ·抽象的拼接问题 | 第19页 |
| ·拼接问题的难点 | 第19-20页 |
| ·拼接算法评价 | 第20页 |
| ·基因组序列拼接算法研究现状 | 第20-24页 |
| ·转化为Hamilton Path问题 | 第21-23页 |
| ·转化为Euler Path问题 | 第23页 |
| ·现有算法的主要问题 | 第23-24页 |
| ·局部搜索(Loeal Search)方法 | 第24-25页 |
| ·基于局部搜索的序列拼接算法原型 | 第25-31页 |
| ·研究的切入点 | 第25-26页 |
| ·基于局部搜素的序列拼接算法框架 | 第26-29页 |
| ·原型系统试验 | 第29-31页 |
| ·基于原型算法的优化 | 第31-39页 |
| ·提速优化 | 第31-34页 |
| ·提高算法结果质量的优化 | 第34页 |
| ·面向实际数据的初步拼接系统 | 第34-39页 |
| 第三章 Repeat Separation相关理论问题的研究 | 第39-54页 |
| ·拼接算法中的repeat问题 | 第39-43页 |
| ·Repeat问题 | 第39页 |
| ·Repeat Separation问题 | 第39-40页 |
| ·Repeat Separation相关理论问题的研究现状 | 第40-43页 |
| ·K-最近问串题(Hamming radius K-clustering problem)的2-不可近似性 | 第43-46页 |
| ·O(1)-最近子串问题的PTAS | 第46-52页 |
| ·一些定义 | 第46-47页 |
| ·一些有用的引理 | 第47页 |
| ·2-最近子串问题(2-Closest Substring Problem)的PTAS | 第47-52页 |
| ·O(1)-最小海明距离和子串问题(O(1)-Consensus Pattern problem)的PTAS | 第52-54页 |
| 第四章 基于EST的ncRNA新基因的发现 | 第54-67页 |
| ·基于EST的ncRNA新基因的发现 | 第54-61页 |
| ·研究背景 | 第54-56页 |
| ·研究方法和技术路线 | 第56-59页 |
| ·研究结果 | 第59-61页 |
| ·针对SARS冠状病毒重要蛋白的siRNA设计 | 第61-67页 |
| ·研究背景 | 第61-63页 |
| ·siRNA设计应满足的条件 | 第63页 |
| ·材料与方法 | 第63-64页 |
| ·结果与讨论 | 第64-67页 |
| 第五章 结束语 | 第67-69页 |
| 参考文献 | 第69-74页 |
| 致谢 | 第74-75页 |
| 作者简介 | 第75-76页 |
| 附表 | 第76-79页 |
