| 论文提要 | 第1-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-17页 |
| ·生物信息学概论 | 第9-10页 |
| ·蛋白质结构预测 | 第10-12页 |
| ·生物信息学在药物领域的应用 | 第12-13页 |
| ·计算机模拟概述 | 第13-14页 |
| ·研究目的和研究内容 | 第14-17页 |
| 第二章 理论基础和计算方法 | 第17-47页 |
| ·同源模建 | 第17-19页 |
| ·序列比对 | 第17-18页 |
| ·同源模建 | 第18-19页 |
| ·力场 | 第19-24页 |
| ·力场势函数 | 第19-23页 |
| ·力场参数化 | 第23-24页 |
| ·分子力学 | 第24-26页 |
| ·分子动力学 | 第26-32页 |
| ·积分方法 | 第27-28页 |
| ·各种系综的分子动力学计算方法 | 第28-30页 |
| ·分子动力学方法 | 第30-32页 |
| ·分子对接 | 第32-39页 |
| ·分子对接的基本原理 | 第32-33页 |
| ·分子对接方法 | 第33-39页 |
| ·量子化学从头算方法 | 第39-47页 |
| ·Hatree-Fock 理论 | 第39-40页 |
| ·密度泛函理论 | 第40-42页 |
| ·振动频率的计算 | 第42-43页 |
| ·势能面(Potential Energy Surface, PES) | 第43-47页 |
| 第三章 几类蛋白质的结构预测及其小分子的对接 | 第47-79页 |
| ·人类N-乙酰唾液酸酶(NAL)与底物及抑制剂作用模型的理论研究 | 第47-58页 |
| ·引言 | 第47页 |
| ·理论方法和步骤 | 第47-50页 |
| ·人类NAL 三维结构的同源模建 | 第48页 |
| ·人类NAL 三维结构的优化和评估 | 第48页 |
| ·活性位点的预测 | 第48-49页 |
| ·与配体和抑制剂的对接的研究 | 第49-50页 |
| ·结果与讨论 | 第50-58页 |
| ·人类NAL 的三维结构模建 | 第50-52页 |
| ·hNAL 活性部位的确定 | 第52-53页 |
| ·对接研究 | 第53-58页 |
| ·本节小结 | 第58页 |
| ·人类 2-氨基-3-羧基粘康酸-6-半醛脱羧酶 (ACMSD) 与底物及抑制剂作用模 型的理论研究 | 第58-69页 |
| ·引言 | 第58-59页 |
| ·理论方法和步骤 | 第59-60页 |
| ·人类ACMSD 三维结构的同源模建 | 第59页 |
| ·人类ACMSD 三维结构的优化和评估 | 第59页 |
| ·活性位点的预测 | 第59-60页 |
| ·与配体和抑制剂的对接的研究 | 第60页 |
| ·结果与讨论 | 第60-68页 |
| ·人类ACMSD 的三维结构模建 | 第60-62页 |
| ·人类ACMSD 活性部位的确定 | 第62-63页 |
| ·对接研究 | 第63-68页 |
| ·本节小结 | 第68-69页 |
| ·谷胱甘肽硫转移酶M5 (GSTM5) 与底物及抑制剂相互作用的分子模拟 | 第69-78页 |
| ·引言 | 第69页 |
| ·理论方法和步骤 | 第69-71页 |
| ·模型搭建 | 第69-70页 |
| ·分子对接 | 第70-71页 |
| ·结果与讨论 | 第71-77页 |
| ·GSTM5 三维结构的同源模建 | 第71-72页 |
| ·分子对接 | 第72-77页 |
| ·本节小结 | 第77-78页 |
| ·本章小结 | 第78-79页 |
| 第四章 天冬氨酸酰基转移酶-2 的理论研究 | 第79-95页 |
| ·引言 | 第79-80页 |
| ·理论方法和步骤 | 第80-82页 |
| ·人类ASPA-2 三维结构的同源模建 | 第80页 |
| ·人类ASPA-2 三维结构的优化和评估 | 第80-81页 |
| ·人类ASPA 活性位点的预测 | 第81页 |
| ·人类 ASPA 与配体的对接的研究 | 第81-82页 |
| ·量子化学的计算 | 第82页 |
| ·结果与讨论 | 第82-93页 |
| ·人类ASPA-2 的三维结构模建 | 第82-85页 |
| ·人类ASPA-2 活性部位的确定 | 第85-86页 |
| ·人类ASPA 对接研究 | 第86-89页 |
| ·量子化学计算 | 第89-93页 |
| ·本章小结 | 第93-95页 |
| 第五章 磷酸甘露糖酶催化的磷酸甘露糖异构化在质子化/去质子化的反 应机理的理论研究 | 第95-115页 |
| ·引言 | 第95-96页 |
| ·理论和方法 | 第96-98页 |
| ·结果与讨论 | 第98-113页 |
| ·α-PMM1 的对接研究 | 第98-99页 |
| ·反应机制 | 第99-113页 |
| ·质子化状态下第一个磷酸基团的转移 | 第100-105页 |
| ·非质子化状态的反应路径 | 第105-113页 |
| ·本章小结 | 第113-115页 |
| 第六章 具有谷胱甘肽过氧化物酶（GPX）活性的抗体酶的研究 | 第115-129页 |
| ·引言 | 第115-116页 |
| ·理论方法和步骤 | 第116-118页 |
| ·ScFv-B3 三维结构的同源模建 | 第116页 |
| ·ScFv-B3 三维结构的优化和评估 | 第116页 |
| ·ScFv-B3 活性位点的预测 | 第116-117页 |
| ·ScFv-B3 与配体GSH 的对接的研究 | 第117-118页 |
| ·结果与讨论 | 第118-127页 |
| ·ScFv-B3 的三维结构模建 | 第118-121页 |
| ·ScFv-B3 活性部位的确定 | 第121-122页 |
| ·ScFv-B3 与 GSH 对接研究 | 第122-127页 |
| ·本章小结 | 第127-129页 |
| 参考文献 | 第129-155页 |
| 博士期间发表论文情况 | 第155-157页 |
| 致谢 | 第157-158页 |
| 摘要 | 第158-161页 |
| Abstract | 第161-163页 |
