| 致谢 | 第4-5页 |
| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第12-17页 |
| 1 课题背景 | 第12-13页 |
| 2 国内外研究现状 | 第13-16页 |
| 2.1 生物信息学 | 第13页 |
| 2.2 马尔可夫模型 | 第13-14页 |
| 2.3 多序列渐进比对算法 | 第14页 |
| 2.4 Neighbour-Joining法构建进化树 | 第14-15页 |
| 2.5 植物MADS-box基因家族的结构与功能 | 第15-16页 |
| 3 文章结构 | 第16-17页 |
| 第二章 多算法协同的西瓜MADS-box基因家族全基因组分析 | 第17-34页 |
| 1 前言 | 第17-18页 |
| 2 材料与方法 | 第18-23页 |
| 2.1 数据来源 | 第18页 |
| 2.2 西瓜MADS-box基因家族全基因组鉴定 | 第18-20页 |
| 2.3 蛋白生物信息学分析 | 第20页 |
| 2.4 进化树分析 | 第20-21页 |
| 2.5 基因在染色体定位信息 | 第21-22页 |
| 2.6 基因结构和保守基序分析 | 第22页 |
| 2.7 ka/ks值计算 | 第22页 |
| 2.8 基因的表达分析 | 第22-23页 |
| 3 结果与分析 | 第23-33页 |
| 3.1 西瓜MADS-box基因鉴定和基因蛋白生物信息学分析 | 第23-25页 |
| 3.2 进化树分析 | 第25-27页 |
| 3.3 基因在染色体定位信息 | 第27-28页 |
| 3.4 基因结构与保守基序分析 | 第28-30页 |
| 3.5 ka/ks值计算和分化时间估计 | 第30-31页 |
| 3.6 MADS-box基因在瓜皮和果肉中的表达分析 | 第31-33页 |
| 5 结论 | 第33-34页 |
| 第三章 多算法协同的MADS-box基因家族分析流程的设计与实现 | 第34-48页 |
| 1 分析流程设计的原则和架构 | 第34-35页 |
| 2 流程需求 | 第35-38页 |
| 2.1 参考物种的选择 | 第36-37页 |
| 2.2 数据收集 | 第37页 |
| 2.3 分析软件及算法的确定 | 第37-38页 |
| 3 分析流程的输入与输出 | 第38-47页 |
| 3.1 MADS-box基因鉴定 | 第38-39页 |
| 3.2 进化树的构建 | 第39-41页 |
| 3.3 蛋白生物信息学分析 | 第41-43页 |
| 3.4 基因在染色体定位信息 | 第43-44页 |
| 3.5 基因结构与保守基序分析 | 第44-46页 |
| 3.6 基因表达模式分析 | 第46-47页 |
| 4 结果与分析 | 第47-48页 |
| 第四章 结论 | 第48-50页 |
| 参考文献 | 第50-55页 |
| 个人简介 | 第55-56页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文和科研项目 | 第56页 |
