| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 前言 | 第15-33页 |
| 1.1 苹果轮纹病简介 | 第15-20页 |
| 1.1.1 苹果轮纹病的发生与危害 | 第15页 |
| 1.1.2 苹果轮纹病的病原与病害症状 | 第15-16页 |
| 1.1.3 病原菌的生物学特点 | 第16-17页 |
| 1.1.4 苹果轮纹病的病害循环 | 第17-20页 |
| 1.2 植物病原真菌侵染过程的研究 | 第20-25页 |
| 1.2.1 植物病原真菌侵染过程的研究方法 | 第20-22页 |
| 1.2.2 植物病原真菌在侵染过程中与寄主的互作 | 第22-25页 |
| 1.3 基因组与转录组研究进展 | 第25-30页 |
| 1.3.1 基因组组装和注释 | 第25-26页 |
| 1.3.2 真菌基因组研究进展 | 第26-28页 |
| 1.3.3 真菌转录组研究进展 | 第28-30页 |
| 1.4 真菌病毒研究进展 | 第30-32页 |
| 1.4.1 真菌病毒的分类 | 第31页 |
| 1.4.2 真菌病毒的鉴定 | 第31-32页 |
| 1.4.3 真菌病毒的弱毒现象 | 第32页 |
| 1.5 研究目的和意义 | 第32-33页 |
| 第二章 葡萄座腔菌侵染苹果枝条的过程 | 第33-46页 |
| 2.1 材料与方法 | 第33-36页 |
| 2.1.1 常用试剂和培养基配制 | 第33页 |
| 2.1.2 供试菌株与植物材料 | 第33-34页 |
| 2.1.3 苹果枝条的接种 | 第34-35页 |
| 2.1.4 扫描电子显微镜观察 | 第35页 |
| 2.1.5 冷冻切片与激光扫描共聚焦显微镜观察 | 第35-36页 |
| 2.2 结果与分析 | 第36-44页 |
| 2.2.1 B.dothidea分生孢子苹果枝条表面的萌发与侵入 | 第36-38页 |
| 2.2.2 病原菌菌丝体在寄主体内的定殖与扩展 | 第38-40页 |
| 2.2.3 苹果轮纹病枝条病斑组织的显微观察 | 第40-44页 |
| 2.3 小结 | 第44-45页 |
| 2.4 讨论 | 第45-46页 |
| 第三章 葡萄座腔菌的基因组分析 | 第46-77页 |
| 3.1 材料与方法 | 第46-50页 |
| 3.1.1 常用试剂和培养基配制 | 第46页 |
| 3.1.2 供试菌株与培养方法 | 第46页 |
| 3.1.3 B dothidea的培养和基因组DNA的提取 | 第46页 |
| 3.1.4 测序文库的制备及基因组的测序与组装 | 第46-47页 |
| 3.1.5 生物信息学分析 | 第47-50页 |
| 3.2 结果与分析 | 第50-73页 |
| 3.2.1 B.dothidea基因组概况 | 第50-52页 |
| 3.2.2 基因家族分析及物种间直系同源基因的分析比较 | 第52-53页 |
| 3.2.3 B dothidea致病相关基因的分析 | 第53-73页 |
| 3.3 小结 | 第73页 |
| 3.4 讨论 | 第73-77页 |
| 第四章 葡萄座腔菌侵染苹果枝条过程的转录组分析 | 第77-94页 |
| 4.1 材料与方法 | 第77-81页 |
| 4.1.1 供试菌株及接种方法 | 第77页 |
| 4.1.2 样品及对照的的准备 | 第77-78页 |
| 4.1.3 样品总RNA的提取、文库制备及转录组测序 | 第78-79页 |
| 4.1.4 生物信息学分析 | 第79-81页 |
| 4.2 结果与分析 | 第81-92页 |
| 4.2.1 转录组测序的基本情况 | 第81-82页 |
| 4.2.2 差异表达基因(DEGs)分析 | 第82-87页 |
| 4.2.3 B.dothidea水解酶基因家族侵染过程中的表达变化 | 第87-89页 |
| 4.2.4 B.dothidea次级代谢产物合成相关基因侵染过程中的表达 | 第89-90页 |
| 4.2.5 B.dothidea候选的分泌效应蛋白基因侵染过程中的表达 | 第90-92页 |
| 4.3 小结 | 第92页 |
| 4.4 讨论 | 第92-94页 |
| 第五章 苹果枝条响应葡萄座腔菌侵染的比较转录组分析 | 第94-103页 |
| 5.1 材料与方法 | 第94-95页 |
| 5.1.1 供试菌株及接种方法 | 第94页 |
| 5.1.2 样品总RNA的提取、文库制备及转录组测序 | 第94页 |
| 5.1.3 生物信息学分析 | 第94-95页 |
| 5.2 结果与分析 | 第95-101页 |
| 5.2.1 受B.dothidea侵染时不同接种时间苹果枝条特异表达的基因 | 第95页 |
| 5.2.2 差异表达基因(DEGs)分析 | 第95-97页 |
| 5.2.3 受B.dothidea侵染时苹果枝条表达的基因 | 第97-98页 |
| 5.2.4 胼胝质合成相关基因的表达 | 第98-99页 |
| 5.2.5 木栓形成相关途径的基因表达 | 第99-101页 |
| 5.3 小结 | 第101页 |
| 5.4 讨论 | 第101-103页 |
| 第六章 一株低致病力葡萄座腔菌中双链RNA病毒的鉴定 | 第103-128页 |
| 6.1 材料与方法 | 第103-112页 |
| 6.1.1 实验材料 | 第103-105页 |
| 6.1.2 实验方法 | 第105-112页 |
| 6.2 结果与分析 | 第112-125页 |
| 6.2.1 苹果轮纹病菌中dsRNA及病毒粒子的提取 | 第112-114页 |
| 6.2.2 B.dothidea菌株G1中dsRNA病毒基因组序列扩增及分析 | 第114-123页 |
| 6.2.3 B.dothidea菌株G1的生物学测定 | 第123-125页 |
| 6.3 小结 | 第125-126页 |
| 6.4 讨论 | 第126-128页 |
| 结论与展望 | 第128-130页 |
| 参考文献 | 第130-141页 |
| 附录 | 第141-151页 |
| 致谢 | 第151-152页 |
| 作者简历 | 第152页 |
