| 摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 目录 | 第12-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-28页 |
| 1.1 阉割技术在肉牛生产中的研究与应用 | 第16-17页 |
| 1.2 功能基因组学概述 | 第17-18页 |
| 1.3 基因芯片研究进展 | 第18-22页 |
| 1.3.1 基因芯片的原理 | 第18-19页 |
| 1.3.2 基因芯片的种类与应用 | 第19-21页 |
| 1.3.3 基因芯片在牛研究上的应用 | 第21-22页 |
| 1.4 MiRNA研究进展 | 第22-26页 |
| 1.4.1 MiRNA的发现与内源合成 | 第22-23页 |
| 1.4.2 MiRNA的功能与作用机制 | 第23-24页 |
| 1.4.3 MiRNA靶基因预测 | 第24-25页 |
| 1.4.4 牛miRNA芯片及应用 | 第25-26页 |
| 1.5 基因芯片的数据分析 | 第26-27页 |
| 1.6 本研究的目的与意义 | 第27-28页 |
| 第二章 延边黄牛公牛与阉牛肉品质性状差异研究 | 第28-36页 |
| 2.1 试验材料 | 第28-29页 |
| 2.1.1 试验动物 | 第28页 |
| 2.1.2 样品采集 | 第28-29页 |
| 2.1.3 主要试剂和仪器 | 第29页 |
| 2.2 试验方法 | 第29-31页 |
| 2.2.1 肉质性状测定 | 第29-30页 |
| 2.2.2 胴体性状测定 | 第30-31页 |
| 2.2.3 数据分析 | 第31页 |
| 2.3 结果与分析 | 第31-34页 |
| 2.3.1 延边黄牛公牛与阉牛肉质性状比较 | 第31-33页 |
| 2.3.2 延边黄牛公牛与阉牛部分胴体性状比较 | 第33-34页 |
| 2.4 讨论 | 第34-35页 |
| 2.5 本章小结 | 第35-36页 |
| 第三章 阉割引起延边黄牛肉质变化的基因表达谱比较分析 | 第36-58页 |
| 3.1 试验材料 | 第36-38页 |
| 3.1.1 试验动物 | 第36页 |
| 3.1.2 采样 | 第36页 |
| 3.1.3 牛全基因组芯片 | 第36-37页 |
| 3.1.4 主要试剂 | 第37页 |
| 3.1.5 主要仪器 | 第37-38页 |
| 3.1.6 主要分子生物学软件及数据库 | 第38页 |
| 3.2 试验方法 | 第38-46页 |
| 3.2.1 Affymetrix基因芯片实验操作流程 | 第38-45页 |
| 3.2.2 芯片实验结果数据分析 | 第45-46页 |
| 3.3 结果与分析 | 第46-55页 |
| 3.3.1 总RNA的提取与纯化 | 第46-48页 |
| 3.3.2 芯片杂交质量控制 | 第48页 |
| 3.3.3 芯片杂交结果 | 第48-50页 |
| 3.3.4 差异表达基因的筛选 | 第50-51页 |
| 3.3.5 差异表达基因的聚类分析 | 第51-52页 |
| 3.3.6 差异表达基因功能富集分析 | 第52-53页 |
| 3.3.7 差异表达基因调控通路分析 | 第53-55页 |
| 3.4 讨论 | 第55-57页 |
| 3.4.1 牛全基因组芯片的选用 | 第55页 |
| 3.4.2 芯片试验设计 | 第55-56页 |
| 3.4.3 芯片数据分析 | 第56页 |
| 3.4.4 公牛与阉牛背最长肌基因差异表达分析 | 第56-57页 |
| 3.5 本章小结 | 第57-58页 |
| 第四章 阉割引起延边黄牛肉质变化的miRNA表达谱比较分析 | 第58-70页 |
| 4.1 试验材料 | 第58-60页 |
| 4.1.1 试验动物 | 第58页 |
| 4.1.2 采样 | 第58页 |
| 4.1.3 MiRNA芯片 | 第58页 |
| 4.1.4 主要试剂 | 第58-59页 |
| 4.1.5 主要仪器 | 第59页 |
| 4.1.6 主要分子生物学软件及数据库 | 第59-60页 |
| 4.2 试验方法 | 第60-62页 |
| 4.2.1 Affymetrix miRNA芯片实验操作流程 | 第60-61页 |
| 4.2.2 芯片实验结果数据分析 | 第61-62页 |
| 4.3 结果与分析 | 第62-67页 |
| 4.3.1 总RNA的提取与纯化 | 第62页 |
| 4.3.2 芯片杂交信号扫描结果 | 第62-63页 |
| 4.3.3 延边黄牛公牛与阉牛背最长肌miRNA表达谱 | 第63页 |
| 4.3.4 延边黄牛公牛与阉牛背最长肌差异表达miRNA的筛选 | 第63-65页 |
| 4.3.5 差异表达miRNA的聚类分析结果 | 第65-66页 |
| 4.3.6 差异表达miRNA的靶基因预测结果 | 第66-67页 |
| 4.4 讨论 | 第67-68页 |
| 4.4.1 芯片在miRNA表达研究中的应用 | 第67页 |
| 4.4.2 延边黄牛背最长肌组织miRNA表达特征 | 第67-68页 |
| 4.4.3 公牛和阉牛背最长肌组织差异表达miRNA的靶基因预测 | 第68页 |
| 4.5 本章小结 | 第68-70页 |
| 第五章 MiRNA芯片与全基因组芯片结果的qRT-PCR验证与关联分析 | 第70-91页 |
| 5.1 试验材料 | 第70-71页 |
| 5.1.1 试验动物 | 第70页 |
| 5.1.2 采样 | 第70页 |
| 5.1.3 主要试剂 | 第70-71页 |
| 5.1.4 主要仪器 | 第71页 |
| 5.1.5 主要分子生物学软件及数据库 | 第71页 |
| 5.2 试验方法 | 第71-77页 |
| 5.2.1 MiRNA芯片结果的qRT-PCR验证 | 第72-73页 |
| 5.2.2 全基因组芯片结果的qRT-PCR验证 | 第73-77页 |
| 5.2.3 MiRNA芯片与全基因组芯片结果的关联分析 | 第77页 |
| 5.3 结果与分析 | 第77-84页 |
| 5.3.1 全基因组芯片验证总RNA提取结果 | 第77-78页 |
| 5.3.2 差异表达miRNA和mRNA的qRT-PCR验证 | 第78-81页 |
| 5.3.3 MiRNA芯片与全基因组芯片结果的关联分析 | 第81-84页 |
| 5.3.4 MiRNA的差异靶基因的GO分析和Pathway分析 | 第84页 |
| 5.4 讨论 | 第84-89页 |
| 5.4.1 MiRNA芯片与全基因组芯片结果的关联分析 | 第85页 |
| 5.4.2 MiRNA的差异靶基因的功能分析 | 第85-89页 |
| 5.5 本章小结 | 第89-91页 |
| 结论 | 第91-92页 |
| 参考文献 | 第92-107页 |
| 附录 | 第107-109页 |
| 缩略词 | 第109-110页 |
| 致谢 | 第110-111页 |
| 作者简介 | 第111-112页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第112页 |
