| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7页 |
| 第一章 引言 | 第10-13页 |
| 1.1 微生物基因组测序技术的发展 | 第10-11页 |
| 1.1.1 第一代测序技术 | 第10页 |
| 1.1.2 第二代测序技术 | 第10页 |
| 1.1.3 第三代测序技术 | 第10-11页 |
| 1.2 霍乱弧菌的研究进展 | 第11-13页 |
| 1.2.1 霍乱弧菌的生物学特性 | 第11页 |
| 1.2.2 霍乱弧菌的流行与危害 | 第11-12页 |
| 1.2.3 霍乱弧菌的基因组测序研究进展 | 第12-13页 |
| 第二章 霍乱弧菌CHN108B全基因组序列的测定 | 第13-21页 |
| 2.1 主要仪器与设备 | 第13-14页 |
| 2.2 菌株 | 第14页 |
| 2.3 细菌全基因组测序、组装和精细图的制作 | 第14-21页 |
| 2.3.1 测序 | 第14-15页 |
| 2.3.1.1 Roche 454 GS-FLX Titanium测序 | 第14页 |
| 2.3.1.2 ABI公司 3730xl | 第14-15页 |
| 2.3.2 组装 | 第15页 |
| 2.3.3 完整基因组注释与分析 | 第15-18页 |
| 2.3.3.1 开放阅读框的预测 | 第15-16页 |
| 2.3.3.2 基因功能注释 | 第16-18页 |
| 2.3.3.3 RNA的预测 | 第18页 |
| 2.3.3.4 假基因的预测 | 第18页 |
| 2.3.3.5 其他元件的预测 | 第18页 |
| 2.3.4 比较基因组学分析 | 第18-20页 |
| 2.3.4.1 基因组序列共线性比较 | 第18-19页 |
| 2.3.4.2 确定核心基因和独立基因 | 第19页 |
| 2.3.4.3 超级整合子的预测 | 第19-20页 |
| 2.3.4.4 整合性接合元件的预测和分析 | 第20页 |
| 2.3.4.5 进化树制作 | 第20页 |
| 2.3.5 全基因组序列的提交 | 第20-21页 |
| 第三章 结果与分析 | 第21-87页 |
| 3.1 霍乱弧菌CHN108B全基因组基本特征 | 第21-26页 |
| 3.2 霍乱弧菌CHN108B全基因组共线性分析 | 第26-39页 |
| 3.3 核心基因和独立基因分析 | 第39-41页 |
| 3.4 插入序列分析 | 第41-46页 |
| 3.5 噬菌体分析 | 第46-54页 |
| 3.6 超级整合子 | 第54-56页 |
| 3.7 整合性接合元件 | 第56-65页 |
| 3.8 毒力分析 | 第65-68页 |
| 3.9 抗生素抗性分析 | 第68-70页 |
| 3.10 代谢通路分析 | 第70-81页 |
| 3.11 ABC转运分析 | 第81-84页 |
| 3.11.1 矿物质和有机离子转运(Minerals and organic ion transporters) | 第81-82页 |
| 3.11.2 低聚糖和多元醇转运（Oligosaccharide and polyol transporters） | 第82页 |
| 3.11.3 单糖转运转运（Monosaccharide transporters） | 第82页 |
| 3.11.4 磷酸氨基酸转运（phosphate amino acid transporters） | 第82-83页 |
| 3.11.5 肽和镍转运（peptide and nickel transporters） | 第83-84页 |
| 3.11.6 金属阳离子，铁 - 铁载体和维生素B12转运 | 第84页 |
| 3.12 分泌系统分析 | 第84-85页 |
| 3.13 进化树 | 第85-87页 |
| 第四章 结论 | 第87-89页 |
| 参考文献 | 第89-93页 |
| 附录 | 第93-97页 |
| 致谢 | 第97页 |
