| 摘要 | 第7-8页 |
| ABSTRACT | 第8页 |
| 缩略语表 | 第9-10页 |
| 前言 | 第10-12页 |
| 第一部分 理论研究 | 第12-15页 |
| 1. 心肌缺血的中医认识 | 第12页 |
| 2. 针刺内关穴治疗心肌缺血相关基因调控的研究 | 第12-15页 |
| 第二部分 实验研究 | 第15-50页 |
| 1. 实验材料和准备工作 | 第15-19页 |
| 1.1 硬件设备与系统平台 | 第15页 |
| 1.2 测序原始数据 | 第15-16页 |
| 1.3 服务器系统配置和环境调试 | 第16页 |
| 1.4 高通量测序下机原始数据处理 | 第16-18页 |
| 1.5 原始数据质量控制:FastQC | 第18-19页 |
| 2. 数据处理方法与关键过程 | 第19-31页 |
| 2.1 ChIP-seq数据分析 | 第19-23页 |
| 2.1.1 全基因组序列比对:BWA | 第20-21页 |
| 2.1.2 排序和去除接头:Samtools | 第21页 |
| 2.1.3 搜峰(peak calling):MACS | 第21-23页 |
| 2.2 RNA-seq数据分析 | 第23-26页 |
| 2.2.1 移除接头序列:Trimmomatic | 第24页 |
| 2.2.2 读段映射与定位: TopHat | 第24页 |
| 2.2.3 基因表达水平估计:Cufflinks | 第24-25页 |
| 2.2.4 转录本差异表达分析:Cuffdiff | 第25页 |
| 2.2.5 数据绘图:CummeRbund | 第25-26页 |
| 2.3 基因浏览器 | 第26-29页 |
| 2.3.1 UCSC基因浏览器 | 第27-28页 |
| 2.3.2 IGV | 第28-29页 |
| 2.4 基因的生物学功能分析 | 第29-31页 |
| 2.4.1 DAVID数据库 | 第29-30页 |
| 2.4.2 String数据库 | 第30-31页 |
| 2.4.3 KEGG数据库 | 第31页 |
| 3. 实验结果 | 第31-50页 |
| 3.1 电针内关对心肌缺血大鼠全基因组的影响 | 第31-36页 |
| 3.2 电针内关穴对临床稳定性心绞痛患者全基因组的影响 | 第36-39页 |
| 3.3 跨种属生物信息分析 | 第39-50页 |
| 第三部分 讨论 | 第50-51页 |
| 1. 选穴问题 | 第50页 |
| 2. 跨种属研究针灸治疗缺血性心肌病的关键基因 | 第50-51页 |
| 3. PATHWAY富集分析 | 第51页 |
| 4. 动物模型和临床试验之间不可忽视的差距 | 第51页 |
| 论文创新性 | 第51-52页 |
| 问题与展望 | 第52-53页 |
| 1. 实验数据分析的硬件层面上的挑战 | 第52页 |
| 2. 实验数据分析流程标准化与分析平台的挑战 | 第52页 |
| 3. 实验对象取材的可比较性 | 第52-53页 |
| 4. 展望 | 第53页 |
| 参考文献 | 第53-58页 |
| 附录 | 第58页 |
| 攻读硕士学位期间取得的学术成果 | 第58-59页 |
| 致谢 | 第59页 |