| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 缩略语表 | 第11-12页 |
| 第一章 转座子在番茄长链非编码RNA起源中的作用 | 第12-48页 |
| 1.1 前言 | 第12-21页 |
| 1.1.1 非编码RNA | 第12-18页 |
| 1.1.1.1 长链非编码RNA的结构、特性和分类 | 第12-14页 |
| 1.1.1.2 长链非编码RNA的分布和意义 | 第14-16页 |
| 1.1.1.3 长链非编码RNA的起源 | 第16-17页 |
| 1.1.1.4 长链非编码RNA的鉴定方法 | 第17-18页 |
| 1.1.2 转座子 | 第18-20页 |
| 1.1.2.1 转座子的分类 | 第19页 |
| 1.1.2.2 转座子在基因组中的意义 | 第19-20页 |
| 1.1.3 本研究的目的和内容 | 第20-21页 |
| 1.2 材料和方法 | 第21-27页 |
| 1.2.1 原始数据集和软件 | 第21-23页 |
| 1.2.1.1 原始数据集 | 第21页 |
| 1.2.1.2 番茄材料 | 第21-22页 |
| 1.2.1.3 所用软件 | 第22-23页 |
| 1.2.2 分析方法和流程 | 第23-27页 |
| 1.2.2.1 番茄Heinz1706和LA1589中的lncRNAs的鉴定 | 第23-24页 |
| 1.2.2.2 不同组织中lncRNA的表达水平及保守性分析 | 第24-25页 |
| 1.2.2.3 Heinz1706 (S. lycopersicum) 和LA0716 (S. pennellii) 10 号染色体的比较和LTR反转座子的鉴定 | 第25页 |
| 1.2.2.4 重测序番茄系统进化树的构建及多态性鉴定 | 第25-26页 |
| 1.2.2.5 lncRNA的共表达分析和功能预测 | 第26-27页 |
| 1.3 结果和分析 | 第27-43页 |
| 1.3.1 全基因组鉴定Heinz1706和LA1589中的lncRNA | 第27-28页 |
| 1.3.2 lncRNA在Heinz1706和LA1589中的表达谱 | 第28-30页 |
| 1.3.3 lncRNA在番茄 (S. lycopersicum) 和马铃薯 (S. tuberosum) 中具有低保守性 | 第30-31页 |
| 1.3.4 特有lncRNA在栽培番茄 (S. lycopersicum) 和潘那利番茄 (S.pennellii) 的多样性及进化模式 | 第31-33页 |
| 1.3.5 基因组结构变异 (structure variation, SV)在果实特异表达lncRNA (lncRNA-314) 的起源中起了重要作用 | 第33-39页 |
| 1.3.6 遗传变异事件导致了lncRNA-314 的形成 | 第39-41页 |
| 1.3.7 lncRNA-314 与邻近的一个ABC转运蛋白共表达 | 第41-43页 |
| 1.4 讨论 | 第43-48页 |
| 1.4.1 番茄中lncRNA的鉴定和表达 | 第43页 |
| 1.4.2 番茄特有(Lycopersicon-specific) lncRNAs位点的起源 | 第43-45页 |
| 1.4.3 lncRNA-314 是伴随着番茄的分化而逐步产生 | 第45-46页 |
| 1.4.4 lncRNA-314 的功能 | 第46-47页 |
| 1.4.5 结论与展望 | 第47-48页 |
| 第二章 番茄驯化过程中插入缺失多态性的鉴定 | 第48-76页 |
| 2.1 前言 | 第48-57页 |
| 2.1.1 遗传标记 | 第48-49页 |
| 2.1.2 分子标记的类型 | 第49-52页 |
| 2.1.2.1 RFLP | 第49-50页 |
| 2.1.2.2 RAPD | 第50页 |
| 2.1.2.3 SSR | 第50-51页 |
| 2.1.2.4 SNP | 第51页 |
| 2.1.2.5 AFLP | 第51-52页 |
| 2.1.3 插入缺失 (Insertion and deletion, InDel) 多态性 | 第52-54页 |
| 2.1.3.1 InDel的鉴定 | 第52-54页 |
| 2.1.4 番茄的起源及遗传特性 | 第54-56页 |
| 2.1.5 本研究的目的和内容 | 第56-57页 |
| 2.2 材料和方法 | 第57-61页 |
| 2.2.1 原始材料及软件 | 第57-58页 |
| 2.2.1.1 原始数据集 | 第57页 |
| 2.2.1.2 植物材料 | 第57页 |
| 2.2.1.3 分析软件 | 第57-58页 |
| 2.2.2 分析方法 | 第58-61页 |
| 2.2.2.1 番茄Heinz1706和LA1589中的插入缺失 (InDel) 多态性的鉴定 | 第58-59页 |
| 2.2.2.2 重测序番茄SNP数据集中缺失位点的填补 | 第59页 |
| 2.2.2.3 基于区段序列相似性InDel的鉴定 | 第59-60页 |
| 2.2.2.4 区段序列相似性方法鉴定InDel的可靠性及位于基因内部新的InDel的发现 | 第60-61页 |
| 2.3 结果和分析 | 第61-73页 |
| 2.3.1 LA1589与Heinz1706中InDel的鉴定 | 第61-63页 |
| 2.3.2 InDel在染色体上的分布 | 第63-64页 |
| 2.3.3 KNN算法填补番茄重测序的SNP数据集 | 第64-65页 |
| 2.3.4 基于区段相似性鉴定重测序番茄中的InDel | 第65-67页 |
| 2.3.5 重测序番茄中的InDels的分析验证 | 第67-70页 |
| 2.3.6 利用InDels和SNP位点鉴定基因的保守性 | 第70-73页 |
| 2.4 讨论 | 第73-76页 |
| 2.4.1 Heinz1706和LA1589中InDel鉴定的准确性 | 第73-74页 |
| 2.4.2 基于区段SNP相似性鉴定InDel | 第74-75页 |
| 2.4.3 鉴定InDel的准确性 | 第75页 |
| 2.4.4 结论与展望 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-83页 |
| 附录 | 第83-119页 |
| 附录1 鉴定lncRNA及进化所用数据集 | 第83-89页 |
| 附表2 番茄中的lncRNAs | 第89-116页 |
| 附表 2-1 Heinz1706中的lncRNA | 第89-99页 |
| 附表 2-2 LA1589中的lncRNA | 第99-116页 |
| 附录3 所用引物列表 | 第116-119页 |
| 附表 3-1 lncRNA分析所用引物列表 | 第116-117页 |
| 附表 3-2 InDel分析所用引物列表 | 第117-119页 |
| 作者简介 | 第119-120页 |
| 致谢 | 第120-121页 |
