| 省略词汇表 | 第7-8页 |
| 中文摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 前言 | 第14-19页 |
| 1 志贺菌流行及危害概述 | 第14页 |
| 2 细菌及志贺菌sRNA功能研究进展 | 第14-16页 |
| 3 细菌sRNA识别方法研究进展 | 第16-17页 |
| 4 sRNA分子伴侣HFQ蛋白功能研究进展 | 第17页 |
| 5 福氏志贺菌致病机制研究进展 | 第17-19页 |
| 第1章 福氏志贺菌hfq基因缺失株构建及RNA-Seq测序 | 第19-26页 |
| 1.1 实验材料 | 第19-20页 |
| 1.1.1 菌株 | 第19页 |
| 1.1.2 hfq基因缺失株构建所需的试剂及耗材 | 第19页 |
| 1.1.3 总RNA提取试剂及耗材 | 第19-20页 |
| 1.1.4 主要仪器 | 第20页 |
| 1.2 实验方法 | 第20-22页 |
| 1.2.1 打靶线性片段构建 | 第20-21页 |
| 1.2.2 线性打靶片段电击导入 301/p KD46感受态细胞 | 第21页 |
| 1.2.3 总RNA提取 | 第21-22页 |
| 1.2.4 RNA-Seq测序方法 | 第22页 |
| 1.3 实验结果 | 第22-25页 |
| 1.3.1 突变株构建成功 | 第22-23页 |
| 1.3.2 c DNA文库构建 | 第23页 |
| 1.3.3 r RNA剔除质检结果 | 第23-24页 |
| 1.3.4 c DNA文库片段回收结果 | 第24-25页 |
| 1.3.5 RNA-Seq测序结果 | 第25页 |
| 1.4 小结 | 第25-26页 |
| 第二章 基于RNA-Seq数据差异基因分析 | 第26-43页 |
| 2.1 实验材料 | 第26-27页 |
| 2.1.1 Edge R软件包 | 第26页 |
| 2.1.2 reads归一化 | 第26页 |
| 2.1.3 功能聚类方法 | 第26页 |
| 2.1.4 荧光定量PCR | 第26-27页 |
| 2.2 实验方法 | 第27-28页 |
| 2.2.1 Edge R软件包使用方法 | 第27页 |
| 2.2.2 reads归一化计算方法 | 第27页 |
| 2.2.3 功能聚类方法 | 第27页 |
| 2.2.4 荧光定量PCR方法 | 第27-28页 |
| 2.3 实验结果 | 第28-42页 |
| 2.3.1 福氏志贺菌全基因定位 | 第28-31页 |
| 2.3.2 注释基因表达量相关性分析 | 第31页 |
| 2.3.3 野生株与hfq缺失株注释基因差异表达分析 | 第31-35页 |
| 2.3.4 毒力表达差异基因 | 第35-39页 |
| 2.3.5 耐酸基因差异表达 | 第39-41页 |
| 2.3.6 差异基因功能分类 | 第41-42页 |
| 2.4 小结 | 第42-43页 |
| 第3章 基于RNA-Seq的福氏志贺菌新sRNA发现 | 第43-56页 |
| 3.1 实验材料 | 第43-44页 |
| 3.1.1 Edge R软件包 | 第43页 |
| 3.1.2 reads归一化 | 第43页 |
| 3.1.3 功能聚类方法 | 第43页 |
| 3.1.4 Rfam数据库 | 第43-44页 |
| 3.1.5 Promoter预测 | 第44页 |
| 3.1.6 Terminator预测 | 第44页 |
| 3.2 实验方法 | 第44-45页 |
| 3.2.1 Edge R软件包使用方法 | 第44页 |
| 3.2.2 reads归一化计算方法 | 第44页 |
| 3.2.3 功能聚类方法 | 第44-45页 |
| 3.2.4 Rfam数据库 | 第45页 |
| 3.2.5 Promoter预测 | 第45页 |
| 3.2.6 Terminator预测 | 第45页 |
| 3.3 实验结果 | 第45-55页 |
| 3.3.1 福氏志贺菌新sRNA发现 | 第45-47页 |
| 3.3.2 sRNA相关性分析 | 第47-48页 |
| 3.3.3 sRNA差异性分析 | 第48-51页 |
| 3.3.4 启动子和终止子预测 | 第51-55页 |
| 3.4 小结 | 第55-56页 |
| 第4章 福氏志贺菌新sRNA实验验证 | 第56-86页 |
| 4.1 实验材料 | 第56-66页 |
| 4.1.1 福氏志贺菌总RNA提取 | 第56-57页 |
| 4.1.2 去DNA处理 | 第57页 |
| 4.1.3 反转录 | 第57页 |
| 4.1.4 PCR | 第57-62页 |
| 4.1.5 PCR产物切胶回收纯化 | 第62页 |
| 4.1.6 连接T载体，转化DH5α感受态细胞 | 第62-63页 |
| 4.1.7 Northern blot | 第63-66页 |
| 4.2 实验方法 | 第66-71页 |
| 4.2.1 福氏志贺菌总RNA提取 | 第66-67页 |
| 4.2.2 去DNA处理 | 第67页 |
| 4.2.3 反转录 | 第67-68页 |
| 4.2.4 PCR | 第68页 |
| 4.2.5 PCR产物切胶回收纯化 | 第68页 |
| 4.2.6 连接T载体，转化DH5α感受态细胞 | 第68-69页 |
| 4.2.7 Nothern blot | 第69-71页 |
| 4.3 实验结果 | 第71-85页 |
| 4.3.1 RT-PCR结果 | 第71-78页 |
| 4.3.2 Nothern结果 | 第78-79页 |
| 4.3.3 新sRNA二级结构预测 | 第79-85页 |
| 4.4 小结 | 第85-86页 |
| 第5章 福氏志贺菌新sRNA靶标预测与调控网络构建 | 第86-91页 |
| 5.1 实验材料 | 第86页 |
| 5.2 实验方法 | 第86页 |
| 5.3 实验结果 | 第86-90页 |
| 5.4 小结 | 第90-91页 |
| 讨论 | 第91-93页 |
| 结论 | 第93-94页 |
| 参考文献 | 第94-102页 |
| 个人简介 | 第102-103页 |
| 致谢 | 第103页 |
