| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第10-16页 |
| 1.1 动物肠道微生物 | 第10-13页 |
| 1.1.1 肠道微生物菌群 | 第10-11页 |
| 1.1.2 肠道微生物功能 | 第11页 |
| 1.1.3 影响机体肠道菌落多样性的因素 | 第11-13页 |
| 1.2 肠道微生物研究方法 | 第13-14页 |
| 1.2.1 概述 | 第13页 |
| 1.2.2 宏基因组学研究技术 | 第13-14页 |
| 1.3 肠道 16S宏基因组学研究进展 | 第14页 |
| 1.4 研究目的与意义 | 第14-16页 |
| 第2章 材料方法 | 第16-27页 |
| 2.1 材料 | 第16-17页 |
| 2.1.1 实验动物 | 第16页 |
| 2.1.2 样品采集 | 第16-17页 |
| 2.2 试剂与仪器 | 第17-18页 |
| 2.2.1 试剂药品 | 第17-18页 |
| 2.2.2 仪器设备 | 第18页 |
| 2.3 实验方法 | 第18-25页 |
| 2.3.1 粪便样品DNA提取与检测 | 第18-19页 |
| 2.3.2 纯化DNA | 第19-20页 |
| 2.3.3 16s DNA V3-4 区PCR扩增 | 第20-21页 |
| 2.3.4 PCR Clean‐Up | 第21-22页 |
| 2.3.5 Index PCR | 第22页 |
| 2.3.6 PCR Clean‐Up 2 | 第22-23页 |
| 2.3.7 PCR扩增产物的质控 | 第23-24页 |
| 2.3.8 构建上机混合文库并测序 | 第24-25页 |
| 2.4 统计分析 | 第25-27页 |
| 2.4.1 数据处理 | 第25-26页 |
| 2.4.2 生物分类和统计分析 | 第26-27页 |
| 第3章 结果与分析 | 第27-44页 |
| 3.1 基因组DNA的提取 | 第27页 |
| 3.2 16S rDNA基因的V3-V4 区的PCR扩增 | 第27页 |
| 3.3 目的基因进行质控并上机测序 | 第27-28页 |
| 3.4 测序数据 | 第28页 |
| 3.4.1 基本数据统计 | 第28页 |
| 3.5 OTU分析及物种注释 | 第28-29页 |
| 3.6 犬科动物肠道菌群比较 | 第29-44页 |
| 3.6.1 狼和家犬肠道菌群比较 | 第29-34页 |
| 3.6.2 狼和豺肠道菌群比较 | 第34-39页 |
| 3.6.3 宿主地域与肠道菌群组成 | 第39-44页 |
| 第4章 讨论 | 第44-47页 |
| 4.1 16S rDNA扩增子片段选取 | 第44页 |
| 4.2 Illumina高通量测序方法 | 第44-45页 |
| 4.3 狼、家犬粪便样品肠道菌群群落结构组成、差异性分析 | 第45-46页 |
| 4.4 狼、豺粪便样品肠道菌群群落差异性分析 | 第46页 |
| 4.5 地域影响物种肠道菌群结构 | 第46-47页 |
| 第5章 结论 | 第47-48页 |
| 附录一 | 第48-55页 |
| 参考文献 | 第55-58页 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 | 第58-59页 |
| 致谢 | 第59页 |
