| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 英文缩略表 | 第10-11页 |
| 第一章 引言 | 第11-19页 |
| 1.1 水稻淹水胁迫的生理代谢研究 | 第12-13页 |
| 1.1.1 发芽期淹水的生理研究 | 第12页 |
| 1.1.2 成株期淹水的生理研究 | 第12-13页 |
| 1.2 水稻淹水胁迫的遗传研究 | 第13-15页 |
| 1.2.1 淹水发芽的遗传研究 | 第13-14页 |
| 1.2.2 成株期淹水胁迫的遗传研究 | 第14-15页 |
| 1.3 全基因组关联分析 | 第15-18页 |
| 1.3.1 关联分析原理 | 第15-16页 |
| 1.3.2 关联分析一般方法 | 第16-17页 |
| 1.3.3 关联分析的优点与缺点 | 第17-18页 |
| 1.4 本研究的目的与意义 | 第18-19页 |
| 第二章 材料与方法 | 第19-26页 |
| 2.1 实验材料、试剂、仪器和技术路线 | 第19-20页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第19页 |
| 2.1.2 实验所用试剂 | 第19页 |
| 2.1.3 实验仪器 | 第19页 |
| 2.1.4 实验技术路线 | 第19-20页 |
| 2.2 实验方法 | 第20-26页 |
| 2.2.1 水稻耐淹发芽表型鉴定与基因型采集 | 第20页 |
| 2.2.2 数据分析 | 第20-21页 |
| 2.2.3 关联位点分析 | 第21页 |
| 2.2.4 基因预测 | 第21页 |
| 2.2.5 候选基因表达谱分析及RT-qPCR验证 | 第21-23页 |
| 2.2.6 候选基因序列分析 | 第23-24页 |
| 2.2.7 候选基因互补载体构建 | 第24-25页 |
| 2.2.8 遗传转化农杆菌 | 第25页 |
| 2.2.9 水稻愈伤组织的遗传转化 | 第25-26页 |
| 第三章 结果与分析 | 第26-36页 |
| 3.1 水稻耐淹发芽表型分析 | 第26页 |
| 3.2 群体结构与亲缘关系 | 第26-28页 |
| 3.3 全基因组关联分析 | 第28-29页 |
| 3.4 关联位点分析 | 第29-31页 |
| 3.5 基因预测 | 第31页 |
| 3.6 基因表达谱分析和表达验证 | 第31-33页 |
| 3.7 候选基因序列分析 | 第33-35页 |
| 3.8 候选基因的功能互补验证 | 第35-36页 |
| 第四章 讨论 | 第36-40页 |
| 4.1 水稻耐淹发芽性状的表型变异 | 第36页 |
| 4.2 水稻耐淹发芽性状的关联分析 | 第36-37页 |
| 4.3 关联位点的表型效应 | 第37-38页 |
| 4.4 候选基因分析 | 第38-39页 |
| 4.5 本研究创新点 | 第39-40页 |
| 第五章 结论 | 第40-41页 |
| 参考文献 | 第41-47页 |
| 附录 | 第47-63页 |
| 致谢 | 第63-64页 |
| 作者简历 | 第64页 |