| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 符号对照表 | 第11-12页 |
| 缩略语对照表 | 第12-16页 |
| 第一章 缺氧耐受性和易感性概况 | 第16-24页 |
| 1.1 研究背景 | 第16-17页 |
| 1.1.1 课题背景介绍 | 第16页 |
| 1.1.2 生物学基础介绍 | 第16-17页 |
| 1.1.3 信息学基础介绍 | 第17页 |
| 1.2 研究项目及意义 | 第17-19页 |
| 1.2.1 缺氧的产生及危害 | 第17-18页 |
| 1.2.2 缺氧耐受性研究的意义 | 第18-19页 |
| 1.3 缺氧耐受性研究在国内外的发展 | 第19-20页 |
| 1.4 本文主要工作 | 第20-21页 |
| 1.5 论文章节安排 | 第21-24页 |
| 第二章 生物信息学基础概况 | 第24-30页 |
| 2.1 生物信息学（Bioinformatics）概念 | 第24-25页 |
| 2.1.1 生物信息学定义 | 第24页 |
| 2.1.2 生物信息学的重要性 | 第24-25页 |
| 2.1.3 生物信息学的研究内容 | 第25页 |
| 2.2 生物信息学数据库概况 | 第25-28页 |
| 2.2.1 DNA数据库 | 第25-27页 |
| 2.2.2 高通量基因表达数据库（Gene Expression Omnibus） | 第27页 |
| 2.2.3 Fly Base数据库 | 第27页 |
| 2.2.4 其他数据库 | 第27-28页 |
| 2.2.5 生物信息学数据库的发展现状 | 第28页 |
| 2.3 本章小结 | 第28-30页 |
| 第三章 基因表达数据聚类分析 | 第30-38页 |
| 3.1 基因表达数据分析 | 第30-33页 |
| 3.1.1 DNA微阵列（DNA Microarray） | 第30页 |
| 3.1.2 基因表达数据 | 第30-31页 |
| 3.1.3 基因表达矩阵 | 第31-32页 |
| 3.1.4 基因表达数据预处理 | 第32-33页 |
| 3.2 聚类分析 | 第33-36页 |
| 3.2.1 基因聚类表达的分析意义 | 第33-34页 |
| 3.2.2 相似性度量 | 第34-35页 |
| 3.2.3 聚类算法的分类 | 第35-36页 |
| 3.3 基因表达聚类算法的研究现状 | 第36页 |
| 3.4 本章小结 | 第36-38页 |
| 第四章 生物信息数据库的设计和建立 | 第38-52页 |
| 4.1 数据库设计 | 第38-46页 |
| 4.1.1 数据库设计原则 | 第38-39页 |
| 4.1.2 数据库结构设计 | 第39-46页 |
| 4.2 数据整理分析 | 第46-48页 |
| 4.2.1 基因数据 | 第46-47页 |
| 4.2.2 其他数据 | 第47-48页 |
| 4.3 数据库设计优化 | 第48-49页 |
| 4.3.1 数据类型优化 | 第48页 |
| 4.3.2 拆分表结构 | 第48页 |
| 4.3.3 其他优化 | 第48-49页 |
| 4.4 数据库实现 | 第49-50页 |
| 4.4.1 实现平台 | 第49页 |
| 4.4.2 数据插入 | 第49-50页 |
| 4.4.3 数据查询 | 第50页 |
| 4.5 本章小结 | 第50-52页 |
| 第五章 缺氧耐受基因表达数据分析 | 第52-68页 |
| 5.1 课题研究的前期工作 | 第52-55页 |
| 5.1.1 果蝇缺氧实验培养实验 | 第52-53页 |
| 5.1.2 数据清理 | 第53-54页 |
| 5.1.3 相似度选择 | 第54-55页 |
| 5.2 聚类算法 | 第55-61页 |
| 5.2.1 层次聚类算法 | 第55-58页 |
| 5.2.2 K-均值聚类算法 | 第58-59页 |
| 5.2.3 基于均连接层次聚类的K-均值聚类算法 | 第59-61页 |
| 5.3 聚类算法的性能比较分析 | 第61-65页 |
| 5.3.1 FOM概念 | 第61-62页 |
| 5.3.2 算法的FOM评估 | 第62-63页 |
| 5.3.3 不同连接形式的层次聚类算法性能分析比较 | 第63-64页 |
| 5.3.4 层次聚类和K-均值聚类性能分析比较 | 第64页 |
| 5.3.5 各聚类算法总体分析比较 | 第64-65页 |
| 5.4 实验结果 | 第65-66页 |
| 5.4.1 已知果蝇缺氧耐受相关基因 | 第65页 |
| 5.4.2 挖掘人类缺氧耐受性相关基因 | 第65-66页 |
| 5.5 本章小结 | 第66-68页 |
| 第六章 总结和展望 | 第68-72页 |
| 6.1 总结 | 第68-69页 |
| 6.2 展望 | 第69-72页 |
| 参考文献 | 第72-76页 |
| 致谢 | 第76-78页 |
| 作者简介 | 第78-80页 |
| 附录A | 第80-82页 |
| 附录B | 第82-84页 |
| 附录C | 第84-87页 |
