基于RNA-SEQ的碱茅种子萌发期耐盐碱功能基因挖掘
| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 1 绪论 | 第12-18页 |
| 2 材料与方法 | 第18-24页 |
| 2.1 实验流程 | 第18页 |
| 2.2 实验材料准备 | 第18-20页 |
| 2.2.1 植物材料 | 第18页 |
| 2.2.2 盐碱土浸提液的制备 | 第18-19页 |
| 2.2.3 碱茅种子的准备 | 第19页 |
| 2.2.4 植物材料的播种与收集 | 第19页 |
| 2.2.5 总RNA的提取和纯化 | 第19-20页 |
| 2.2.6 RNA-Seq文库的构建及测序 | 第20页 |
| 2.3 生物信息学分析 | 第20-23页 |
| 2.3.1 原始数据处理 | 第20-21页 |
| 2.3.2 转录组组装 | 第21页 |
| 2.3.3 Unigene的功能注释 | 第21-22页 |
| 2.3.4 差异表达基因挖掘 | 第22-23页 |
| 2.3.5 差异表达基因的GO富集分析 | 第23页 |
| 2.4 差异表达基因的验证 | 第23-24页 |
| 3 结果与分析 | 第24-46页 |
| 3.1 测序数据评价与转录组组装 | 第24-29页 |
| 3.1.1 碱茅RNA-SEQ测序质量评估 | 第24页 |
| 3.1.2 转录组De novo组装 | 第24-25页 |
| 3.1.3 Unigene功能注释 | 第25-29页 |
| 3.2 差异表达基因分析 | 第29-37页 |
| 3.2.1 差异表达基因GO富集分析 | 第30-31页 |
| 3.2.2 “transport”通路分析 | 第31-33页 |
| 3.2.3 节点基因分析 | 第33-37页 |
| 3.3 高表达差异基因分析 | 第37-40页 |
| 3.3.1 高表达上调差异基因分析 | 第37-39页 |
| 3.3.2 高表达下调基因分析 | 第39-40页 |
| 3.4 上调高表达强烈应激基因分析 | 第40-42页 |
| 3.5 碱茅特有应激基因挖掘 | 第42-43页 |
| 3.6 qRT-PCR验证差异表达基因 | 第43-46页 |
| 3.6.1 普通PCR结果 | 第43-44页 |
| 3.6.2 qRT-PCR结果 | 第44-46页 |
| 4 讨论 | 第46-48页 |
| 参考文献 | 第48-52页 |
| 附录 | 第52-58页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第58-60页 |
| 致谢 | 第60-61页 |
