| 中文摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第1章 引言 | 第13-21页 |
| 1.1 蛋白质的结构和生物学功能 | 第13-17页 |
| 1.2 蛋白质的结构预测 | 第17-18页 |
| 1.3 研究目的及研究内容 | 第18-21页 |
| 第2章 理论基础与计算方法 | 第21-43页 |
| 2.1 分子力场 | 第21-24页 |
| 2.2 常用力场的介绍 | 第24-25页 |
| 2.3 分子力学 | 第25-28页 |
| 2.3.1 一级微商算法 | 第26页 |
| 2.3.2 二级微商算法 | 第26-28页 |
| 2.4 分子动力学模拟 | 第28-35页 |
| 2.4.1 基本理论 | 第29页 |
| 2.4.2 牛顿运动方程式的数值解法 | 第29-32页 |
| 2.4.3 初始化 | 第32-34页 |
| 2.4.4 长程静电力 | 第34-35页 |
| 2.5 分子对接方法[23] | 第35-36页 |
| 2.6 结合自由能计算 | 第36-40页 |
| 2.6.1 FEP 方法基本原理 | 第37-38页 |
| 2.6.2 MM-PB/GBSA 方法基本原理 | 第38-40页 |
| 2.7 AMBER 的介绍 | 第40-43页 |
| 第3章 冈比亚按蚊谷胱甘肽硫转移酶 1-2 的蛋白质模建及分子动力学模拟的研究 | 第43-61页 |
| 3.1 引言 | 第43-44页 |
| 3.2 计算细节 | 第44-48页 |
| 3.2.1 同源模建序列搜索 | 第45页 |
| 3.2.2 三维模型的构建 | 第45页 |
| 3.2.3 对接位点的分析 | 第45页 |
| 3.2.4 GSH 分子与 Aggst1-2 的对接 | 第45-46页 |
| 3.2.5 CDNB 分子与 GSH-Aggst1-2 复合物结构的对接 | 第46页 |
| 3.2.6 分子动力学模拟 | 第46-47页 |
| 3.2.7 结合自由能的计算 | 第47-48页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第48-60页 |
| 3.3.1 Aggst1-2 的同源模建 | 第48-51页 |
| 3.3.2 小分子配体与 Aggst1-2 的对接研究 | 第51-52页 |
| 3.3.3 分子动力学模拟 | 第52-58页 |
| 3.3.4 结合自由能的计算 | 第58-60页 |
| 3.4. 本章小结 | 第60-61页 |
| 第4章 人类βII 型类胰蛋白酶单体的分子动力学模拟研究 | 第61-83页 |
| 4.1 引言 | 第61-63页 |
| 4.2 计算细节 | 第63-69页 |
| 4.2.1 初始结构 | 第63-64页 |
| 4.2.2 分子对接 | 第64-66页 |
| 4.2.3 分子动力学模拟 | 第66-67页 |
| 4.2.4 分子动力学模拟轨迹分析 | 第67页 |
| 4.2.5 平均非共价键相互作用分析方法（aNCI） | 第67-68页 |
| 4.2.6 主成份分析 | 第68页 |
| 4.2.7 结合自由能的计算 | 第68-69页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第69-81页 |
| 4.3.1 肝素分子与 hBTM 复合物结构的构建 | 第69页 |
| 4.3.2 Hep 以及 Nonhep 体系的总体结构特征 | 第69-70页 |
| 4.3.3 盐桥相互作用 | 第70-77页 |
| 4.3.4 Hep 与 Nonhep 体系的聚类分析 | 第77-78页 |
| 4.3.5 一段关键 loop 区域的确认 | 第78-80页 |
| 4.3.6 hBTM 结构的相关性运动 | 第80-81页 |
| 4.3.7 结合自由能计算 | 第81页 |
| 4.4 本章小结 | 第81-83页 |
| 第5章 细胞色素P4502E1两个突变体对配体-受体相互作用的影响的理论研究：分子动力学结合量子力学/分子力学的计算研究 | 第83-105页 |
| 5.1 引言 | 第83-84页 |
| 5.2 计算方法 | 第84-88页 |
| 5.2.1 结构的准备 | 第84-85页 |
| 5.2.2 分子动力学模拟 | 第85-86页 |
| 5.2.3 分子动力学模拟轨迹的分析 | 第86页 |
| 5.2.4 主成份分析 | 第86页 |
| 5.2.5 结合自由能的计算 | 第86-87页 |
| 5.2.6 量子力学分子力学联用（QM/MM）计算 | 第87-88页 |
| 5.2.7 非共价键相互作用的可视化分析（NCI） | 第88页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第88-104页 |
| 5.3.1 野生型 CYP2E1 及其突变体的总体结构特征 | 第88-90页 |
| 5.3.2 关键残基的确认以及氢键分析 | 第90-94页 |
| 5.3.3 野生型 CYP2E1 及其突变体的聚类分析 | 第94-97页 |
| 5.3.4 野生型 CYP2E1 及其突变体的相关性运动 | 第97-99页 |
| 5.3.5 关键苯丙氨酸、吲哚分子、血红素之间的相互作用关系 | 第99-104页 |
| 5.4 本章小结 | 第104-105页 |
| 参考文献 | 第105-127页 |
| 个人简介及攻读博士学位期间所发表论文 | 第127-129页 |
| 致谢 | 第129页 |
