| 中文摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-25页 |
| 1.1 地衣生物学概况 | 第11-12页 |
| 1.2 共生现象与内生真菌 | 第12-15页 |
| 1.2.1 植物内生真菌概述 | 第12-14页 |
| 1.2.2 植物内生真菌的生态学作用 | 第14-15页 |
| 1.3 地衣内生真菌及研究概况 | 第15-18页 |
| 1.4 高通量测序技术及其在地衣内生真菌多样性研究方面的应用 | 第18-20页 |
| 1.5 大团囊虫草属真菌 | 第20-23页 |
| 1.6 地衣内生真菌研究展望 | 第23-25页 |
| 第二章 茸褐梅衣内生真菌的分离培养 | 第25-31页 |
| 2.1 实验材料 | 第25-27页 |
| 2.1.1 地衣材料简介 | 第25-26页 |
| 2.1.2 地衣标本采集地概况 | 第26-27页 |
| 2.1.3 实验器材 | 第27页 |
| 2.2 实验方法 | 第27-29页 |
| 2.2.1 培养基的选择和配置 | 第27-28页 |
| 2.2.2 地衣内生真菌的分离 | 第28页 |
| 2.2.3 地衣内生真菌的培养和保藏 | 第28-29页 |
| 2.3 结果和讨论 | 第29-31页 |
| 2.3.1 地衣内生真菌分离结果 | 第29页 |
| 2.3.2 内生真菌分离方法的讨论 | 第29-31页 |
| 第三章 分离培养得到的茸褐梅衣内生真菌的分子鉴定 | 第31-79页 |
| 3.1 实验材料 | 第31-32页 |
| 3.1.1 内生真菌菌株 | 第31页 |
| 3.1.2 实验仪器及试剂 | 第31-32页 |
| 3.2 实验方法 | 第32-35页 |
| 3.2.1 CTAB法提取地衣内生真菌DNA | 第32页 |
| 3.2.2 PCR扩增内生真菌ITS序列 | 第32-34页 |
| 3.2.3 ITS序列的处理和比对 | 第34-35页 |
| 3.3 实验结果 | 第35-77页 |
| 3.3.1 太白山、黄岗梁茸褐梅衣内生真菌分子鉴定结果 | 第35-74页 |
| 3.3.2 基于分离培养得到的茸褐梅衣内生真菌群落构成分析 | 第74-77页 |
| 3.4 讨论 | 第77-79页 |
| 第四章 高通量测序技术对褐梅衣类地衣内生真菌的研究 | 第79-101页 |
| 4.1 实验材料 | 第79-81页 |
| 4.1.1 地衣材料 | 第79-80页 |
| 4.1.2 实验仪器及试剂 | 第80-81页 |
| 4.2 实验方法 | 第81-84页 |
| 4.2.1 地衣材料的处理 | 第81页 |
| 4.2.2 ITS2文库的建立 | 第81-82页 |
| 4.2.3 高通量测序数据的处理 | 第82-84页 |
| 4.2.3.1 序列拼接 | 第82-83页 |
| 4.2.3.2 拼接后序列的质控过滤 | 第83页 |
| 4.2.3.3 OTU聚类与注释 | 第83-84页 |
| 4.3 实验结果与讨论 | 第84-101页 |
| 4.3.1 高通量测序结果 | 第84页 |
| 4.3.2 高通量测序引物通用性检测 | 第84-86页 |
| 4.3.3 OTU聚类方法和阈值的确定 | 第86-89页 |
| 4.3.4 优质序列成份分析 | 第89-90页 |
| 4.3.5 基于高通量测序的褐梅衣类地衣内生真菌群落构成分析 | 第90-92页 |
| 4.3.6 稳定定植在褐梅衣类地衣中的真菌类群 | 第92页 |
| 4.3.7 褐梅衣类地衣内生真菌相关生境的分析 | 第92-101页 |
| 第五章 不同地域褐梅衣类地衣内生真菌群落分析 | 第101-114页 |
| 5.1 实验数据来源 | 第101页 |
| 5.2 分析方法 | 第101-102页 |
| 5.3 实验结果 | 第102-111页 |
| 5.3.1 分离培养和高通量测序得到的茸褐梅衣内生真菌比较 | 第102-105页 |
| 5.3.1.1 内生真菌群落构成比较 | 第102页 |
| 5.3.1.2 内生真菌群落OTU数量及分类地位的比较 | 第102-105页 |
| 5.3.2 不同地域褐梅衣类地衣内生真菌群落分析 | 第105-111页 |
| 5.3.2.1 不同地域褐梅衣类地衣真菌群落的物种丰富度比较 | 第105-106页 |
| 5.3.2.2 不同地域褐梅衣类地衣真菌群落的物种多样性比较 | 第106-107页 |
| 5.3.2.3 不同地域褐梅衣类地衣内生真菌群落相似性聚类分析 | 第107-111页 |
| 5.4 讨论 | 第111-114页 |
| 5.4.1 高通量测序与分离培养两种研究方法的比较 | 第111页 |
| 5.4.2 影响褐梅衣类地衣内生真菌群落多样性因素的讨论 | 第111-114页 |
| 5.4.2.1 地域因素对褐梅衣类地衣内生真菌群落多样性的影响 | 第112页 |
| 5.4.2.2 宿主因素对褐梅衣类地衣内生真菌群落多样性的影响 | 第112-114页 |
| 第六章 褐梅衣类地衣内生真菌中的特殊类群 | 第114-120页 |
| 6.1 大团囊虫草属真菌 | 第114-117页 |
| 6.1.1 大团囊虫草属真菌简介 | 第114页 |
| 6.1.2 定植在茸褐梅衣内部的大团囊虫草属真菌 | 第114-116页 |
| 6.1.3 讨论 | 第116-117页 |
| 6.2 地衣型真菌(LICHENIZED FUNGI) | 第117-120页 |
| 6.2.1 地衣型真菌简介 | 第117页 |
| 6.2.2 分离培养得到的地衣型真菌-Dolichousnea sp. | 第117-118页 |
| 6.2.3 高通量测序得到的褐梅衣内生真菌群落中地衣型真菌序列 | 第118页 |
| 6.2.4 讨论 | 第118-120页 |
| 结论与创新 | 第120-121页 |
| 参考文献 | 第121-128页 |
| 附录1 用于分离培养的茸褐梅衣标本信息统计 | 第128-132页 |
| 附录2 分离培养得到的茸褐梅衣内生真菌菌株统计 | 第132-135页 |
| 附录3 部分茸褐梅衣内生真菌菌株照片 | 第135-137页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文目录 | 第137-138页 |
| 致谢 | 第138-139页 |
