| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 图表目录 | 第14-16页 |
| 主要符号表 | 第16-17页 |
| 1 绪论 | 第17-42页 |
| 1.1 计算生物学概论 | 第17-18页 |
| 1.2 蛋白质的结构研究 | 第18-20页 |
| 1.3 蛋白质与配体之间的分子识别 | 第20-22页 |
| 1.4 蛋白质与配体之间的相互作用 | 第22-25页 |
| 1.4.1 氢键 | 第22-23页 |
| 1.4.2 离子键 | 第23-24页 |
| 1.4.3 疏水作用 | 第24页 |
| 1.4.4 范德华相互作用 | 第24-25页 |
| 1.5 理论方法 | 第25-40页 |
| 1.5.1 同源模建 | 第26-27页 |
| 1.5.2 量子化学 | 第27-29页 |
| 1.5.3 力场 | 第29-30页 |
| 1.5.4 分子力学 | 第30-32页 |
| 1.5.5 分子动力学模拟 | 第32-35页 |
| 1.5.6 结合自由能计算 | 第35-40页 |
| 1.6 研究目的和研究内容 | 第40-42页 |
| 2 氨基酸突变对整合素αIIbβ3与配体RGD结合亲和力的影响 | 第42-73页 |
| 2.1 引言 | 第42-45页 |
| 2.2 材料与方法 | 第45-47页 |
| 2.2.1 蛋白质结构 | 第45页 |
| 2.2.2 分子动力学模拟 | 第45-46页 |
| 2.2.3 MM/GBSA方法进行结合自由能计算 | 第46-47页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第47-71页 |
| 2.3.1 整合素β3 I结构域野生型及突变体的动力学模拟的平衡评估 | 第47-49页 |
| 2.3.2 整合素β3 I结构域野生型及突变体的RMSF以及DCCM分析 | 第49-53页 |
| 2.3.3 PCA分析 | 第53-58页 |
| 2.3.4 氢键分析 | 第58-61页 |
| 2.3.5 结合自由能计算 | 第61-66页 |
| 2.3.6 金属离子结合位点的构象重排 | 第66-71页 |
| 2.4 本章小结 | 第71-73页 |
| 3 Aurora A与抑制剂结合模式的分子机制 | 第73-88页 |
| 3.1 引言 | 第73-74页 |
| 3.2 材料与方法 | 第74-76页 |
| 3.2.1 蛋白质结构的准备 | 第74-75页 |
| 3.2.2 Graphical Processors(GPUs)分子动力学模拟 | 第75-76页 |
| 3.2.3 MM/PBSA结合自由能计算以及MM/GBSA能量分解分析 | 第76页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第76-86页 |
| 3.3.1 MD模拟的系统稳定性 | 第76-78页 |
| 3.3.2 结构叠加分析 | 第78-80页 |
| 3.3.3 结合自由能计算 | 第80-81页 |
| 3.3.4 Aurora A与抑制剂之间的结合模式分析 | 第81-84页 |
| 3.3.5 Aurora A与抑制剂之间的结合自由能的残基分解 | 第84-86页 |
| 3.4 本章小结 | 第86-88页 |
| 4 二价阳离子对牛痘相关激酶结构稳定性的影响 | 第88-108页 |
| 4.1 引言 | 第88-89页 |
| 4.2 材料与方法 | 第89-91页 |
| 4.2.1 蛋白激酶结构域的构建 | 第89-90页 |
| 4.2.2 分子动力学模拟 | 第90-91页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第91-106页 |
| 4.3.1 VRKs激酶结构域体系的平衡 | 第91-93页 |
| 4.3.2 VRKs激酶结构域模拟体系局部结构的波动 | 第93-95页 |
| 4.3.3 主成分分析 | 第95-97页 |
| 4.3.4 氢键分析 | 第97-100页 |
| 4.3.5 VRKs在动力学上整体结构的改变 | 第100-106页 |
| 4.4 本章小结 | 第106-108页 |
| 5 不同电荷模型对蛋白质和配体结合亲和力的影响 | 第108-127页 |
| 5.1 引言 | 第108-110页 |
| 5.2 计算方法 | 第110-116页 |
| 5.2.1 体系的准备 | 第110-112页 |
| 5.2.2 电荷模型和结构优化 | 第112-115页 |
| 5.2.3 MM/PBSA计算 | 第115-116页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第116-126页 |
| 5.3.1 结构各异复合物的MM/PBSA计算 | 第116-120页 |
| 5.3.2 PKB体系MM/PBSA计算 | 第120-123页 |
| 5.3.3 CDK2体系MM/PBSA计算 | 第123-126页 |
| 5.3.4 三个体系预测效果的小结 | 第126页 |
| 5.3.5 不同电荷模型的比较 | 第126页 |
| 5.4 本章小结 | 第126-127页 |
| 6 结论及展望 | 第127-129页 |
| 7 创新点 | 第129-130页 |
| 参考文献 | 第130-146页 |
| 致谢 | 第146-147页 |
| 作者简介 | 第147页 |
| 攻读博士学位期间科研项目及科研成果 | 第147-148页 |
