| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-27页 |
| 引言 | 第14页 |
| 1.1 葡萄无核研究 | 第14-18页 |
| 1.1.1 葡萄无核的分类 | 第14-15页 |
| 1.1.2 葡萄无核性状的鉴定 | 第15页 |
| 1.1.3 葡萄无核的原因 | 第15-16页 |
| 1.1.4 葡萄无核性状的遗传 | 第16页 |
| 1.1.5 葡萄无核分子生物学研究 | 第16-18页 |
| 1.2 模式植物拟南芥种子发育 | 第18-24页 |
| 1.2.1 种子发育过程 | 第18页 |
| 1.2.2 珠被的发育 | 第18-19页 |
| 1.2.3 种皮发育近轴-远轴极性的建立 | 第19-20页 |
| 1.2.4 胚乳对种皮发育的影响 | 第20页 |
| 1.2.5 种子胚乳的发育 | 第20-23页 |
| 1.2.6 胚珠身份基因 | 第23-24页 |
| 1.3 MADS-BOX家族转录因子 | 第24-25页 |
| 1.4 目的和意义 | 第25-27页 |
| 第二章 有核、无核葡萄种子发育的转录组分析 | 第27-59页 |
| 前言 | 第27页 |
| 2.1 材料 | 第27-30页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第27页 |
| 2.1.2 主要仪器设备 | 第27-28页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第28页 |
| 2.1.4 引物 | 第28-30页 |
| 2.2 方法 | 第30-31页 |
| 2.2.1 葡萄胚珠材料的收集及质量测定 | 第30页 |
| 2.2.2 葡萄有核、无核胚珠混合池的建立及RNA的提取 | 第30页 |
| 2.2.3 转录组文库的构建及测序 | 第30页 |
| 2.2.4 转录组测序数据的存储 | 第30页 |
| 2.2.5 转录组原始数据的处理及差异基因的鉴定 | 第30-31页 |
| 2.2.6 韦恩比较分析 | 第31页 |
| 2.2.7 差异基因的GO和Pathway富集分析 | 第31页 |
| 2.2.8 差异基因的聚类表达模式分析 | 第31页 |
| 2.2.9 转录组差异基因的实时荧光定量PCR验证 | 第31页 |
| 2.2.10 葡萄胚珠激素含量的测定 | 第31页 |
| 2.3 结果与分析 | 第31-56页 |
| 2.3.1 杂交有核、无核葡萄后代胚珠质量的测定 | 第31-33页 |
| 2.3.2 杂交有核、无核葡萄后代胚珠混合池转录组测序数据分析 | 第33-34页 |
| 2.3.3 差异基因的鉴定及总体分析 | 第34页 |
| 2.3.4 基于转录因子和转录调节子的差异基因分析 | 第34-36页 |
| 2.3.5 差异基因GO功能分析 | 第36-40页 |
| 2.3.6 差异基因pathway富集分析 | 第40-42页 |
| 2.3.7 激素平衡相关差异基因的分析及激素含量测定 | 第42-44页 |
| 2.3.8 杂交有核、无核葡萄后代各自胚珠发育时期间的差异基因分析 | 第44-46页 |
| 2.3.9 杂交有核、无核葡萄后代胚珠发育差异基因的K聚类分析 | 第46-50页 |
| 2.3.10 转录组数据的实时荧光定量PCR验证 | 第50-53页 |
| 2.3.11 葡萄种子发育相关差异基因的网络调控图 | 第53-56页 |
| 2.4 讨论 | 第56-58页 |
| 2.4.1 杂交有核、无核葡萄后代胚珠发育的TFs和TRs差异 | 第56页 |
| 2.4.2 激素水平探究杂交有核、无核葡萄后代胚珠发育差异 | 第56-57页 |
| 2.4.3 葡萄种子发育的潜在调控机制 | 第57-58页 |
| 2.5 小结 | 第58-59页 |
| 第三章 葡萄全基因组SNP分析及无核性状的QTL分析 | 第59-84页 |
| 前言 | 第59页 |
| 3.1 材料 | 第59-60页 |
| 3.1.1 植物材料 | 第59页 |
| 3.1.2 主要仪器设备 | 第59页 |
| 3.1.3 主要试剂 | 第59页 |
| 3.1.4 引物 | 第59-60页 |
| 3.2 方法 | 第60-62页 |
| 3.2.1 叶片的收集及混合池样品制备 | 第60页 |
| 3.2.2 DNA的提取 | 第60-61页 |
| 3.2.3 基因组文库的构建及测序 | 第61页 |
| 3.2.4 非同义突变SNP和indel与转录组结合的综合分析 | 第61页 |
| 3.2.5 QTL-Seq分析策略 | 第61-62页 |
| 3.2.6 无核性状候选基因的表达分析 | 第62页 |
| 3.3 结果与分析 | 第62-81页 |
| 3.3.1 基因组测序质量评估及与参考基因组比对 | 第62-66页 |
| 3.3.2 变异的位置及功能分析 | 第66-67页 |
| 3.3.3 SNP的颠换转换分析 | 第67-68页 |
| 3.3.4 非同义突变与转录组差异基因结合的GO和pathway分析 | 第68-71页 |
| 3.3.5 功能性变异涉及的差异基因的归类及表达模式分析 | 第71-75页 |
| 3.3.6 两个极端池的基因频率 (SNP-index) 分析 | 第75-77页 |
| 3.3.7 基于△SNP-index策略的候选基因确定 | 第77-79页 |
| 3.3.8 候选基因的表达分析 | 第79-81页 |
| 3.4 讨论 | 第81-83页 |
| 3.5 小结 | 第83-84页 |
| 第四章 葡萄MADS-BOX基因家族的进化及表达分析 | 第84-111页 |
| 前言 | 第84页 |
| 4.1 材料 | 第84-86页 |
| 4.1.1 植物材料 | 第84页 |
| 4.1.2 主要仪器设备 | 第84页 |
| 4.1.3 主要试剂 | 第84页 |
| 4.1.4 引物 | 第84-86页 |
| 4.2 方法 | 第86-88页 |
| 4.2.1 MADS-box基因家族成员的鉴定与命名 | 第86页 |
| 4.2.2 同线性分析 | 第86页 |
| 4.2.3 进化树分析 | 第86页 |
| 4.2.4 内含子外显子及结构域分析 | 第86-87页 |
| 4.2.5 赤霉素处理和材料收集 | 第87页 |
| 4.2.6 RNA的提取制备和反转录 | 第87页 |
| 4.2.7 半定量RT-PCR | 第87页 |
| 4.2.8 实时荧光定量PCR | 第87-88页 |
| 4.3 结果与分析 | 第88-105页 |
| 4.3.1 MADS-box基因的鉴定及家族扩增模式分析 | 第88-91页 |
| 4.3.2 拟南芥和葡萄MADS-box家族基因的进化关系 | 第91-94页 |
| 4.3.3 多物种MADS-box基因进化树分析 | 第94-95页 |
| 4.3.4 葡萄MADS-box家族的分类及结构分析 | 第95-96页 |
| 4.3.5 葡萄Type I类和Type II类MADS-box基因的进一步分类 | 第96-97页 |
| 4.3.6 葡萄MADS-box基因的组织特异性表达分析 | 第97-99页 |
| 4.3.7 葡萄MADS-box基因的赤霉素响应表达分析 | 第99-102页 |
| 4.3.8 有核、无核葡萄材料果实和胚珠随发育时期的变化 | 第102-104页 |
| 4.3.9 葡萄MADS-box基因在不同葡萄胚珠发育过程的表达分析 | 第104-105页 |
| 4.4 讨论 | 第105-110页 |
| 4.4.1 Type I和Type II类MADS-box基因的结构和功能保守性 | 第105-106页 |
| 4.4.2 葡萄MADS-box基因家族扩增的保守性和进化性 | 第106-108页 |
| 4.4.3 基于进化分析的葡萄MADS-box基因功能预测 | 第108页 |
| 4.4.4 部分MADS-box基因可能与葡萄假单性结实相关 | 第108-110页 |
| 4.5 小结 | 第110-111页 |
| 第五章2个葡萄MADS-BOX基因的克隆及功能研究 | 第111-133页 |
| 前言 | 第111页 |
| 5.1 材料 | 第111-112页 |
| 5.1.1 植物材料 | 第111页 |
| 5.1.2 主要仪器设备 | 第111页 |
| 5.1.3 主要试剂 | 第111页 |
| 5.1.4 引物 | 第111-112页 |
| 5.2 方法 | 第112-114页 |
| 5.2.1 材料收集 | 第112页 |
| 5.2.2 RNA的提取制备和反转录 | 第112页 |
| 5.2.3 实时荧光定量PCR | 第112页 |
| 5.2.4 VvMADS28和VvMADS39基因的克隆 | 第112-113页 |
| 5.2.5 VvMADS28和VvMADS39基因的序列分析 | 第113页 |
| 5.2.6 过表达载体的构建 | 第113页 |
| 5.2.7 农杆菌介导的番茄转化 | 第113-114页 |
| 5.2.8 转基因番茄的表型观察及基因表达分析 | 第114页 |
| 5.3 结果与分析 | 第114-130页 |
| 5.3.1 VvMADS28和VvMADS39基因的克隆和序列分析 | 第114-121页 |
| 5.3.2 VvMADS28和VvMADS39基因的表达分析 | 第121-123页 |
| 5.3.3 VvMADS28和VvMADS39过表达载体的构建并转化番茄 | 第123-124页 |
| 5.3.4 VvMADS28和VvMADS39转基因番茄的表型分析 | 第124-128页 |
| 5.3.5 VvMADS28和VvMADS39转基因番茄果实相关基因的表达 | 第128-130页 |
| 5.4 讨论 | 第130-131页 |
| 5.5 小结 | 第131-133页 |
| 第六章 结论与创新点 | 第133-135页 |
| 6.1 结论 | 第133页 |
| 6.2 创新点 | 第133-135页 |
| 参考文献 | 第135-148页 |
| 附录 | 第148-162页 |
| 缩略词 | 第162-163页 |
| 致谢 | 第163-164页 |
| 作者简介 | 第164页 |
