| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 1. 引言 | 第9-19页 |
| 1.1 基因组学与DNA测序技术的发展 | 第9-10页 |
| 1.2 真菌基因组学的发展与现状 | 第10-12页 |
| 1.2.1 真菌基因组学的起步与发展 | 第10-11页 |
| 1.2.2 真菌基因组学的研究现状 | 第11-12页 |
| 1.3 茄链格孢研究背景 | 第12-14页 |
| 1.3.1 茄链格孢细胞学特性的研究 | 第12页 |
| 1.3.2 茄链格孢生物学特性的研究 | 第12-13页 |
| 1.3.3 茄链格孢遗传多样性的研究 | 第13页 |
| 1.3.4 茄链格孢毒素的研究 | 第13-14页 |
| 1.4 丝状真菌的产孢机制及相关基因的研究 | 第14-15页 |
| 1.5 分泌蛋白致病性的研究进展 | 第15-16页 |
| 1.5.1 植物细胞壁降解酶 | 第15-16页 |
| 1.5.2 寄主靶向模体 | 第16页 |
| 1.6 基因组重复序列的研究进展 | 第16-18页 |
| 1.6.1 散在重复序列 | 第16-17页 |
| 1.6.2 串联重复序列 | 第17-18页 |
| 1.7 本研究的目的及意义 | 第18-19页 |
| 2. 材料与方法 | 第19-25页 |
| 2.1 茄链格孢菌株的选择与培养 | 第19页 |
| 2.2 基因组的提取 | 第19页 |
| 2.3 基因组文库的构建 | 第19-20页 |
| 2.3.1 基因组小片段文库的构建 | 第19页 |
| 2.3.2 基因组大片段文库的构建 | 第19-20页 |
| 2.4 基因组的测序和拼接 | 第20页 |
| 2.5 基因组注释 | 第20-21页 |
| 2.6 基于DNA序列的全基因组比较 | 第21页 |
| 2.7 分泌蛋白的预测 | 第21-22页 |
| 2.7.1 CAZymes酶类的预测 | 第21-22页 |
| 2.7.2 病原菌与寄主互作蛋白的预测 | 第22页 |
| 2.7.3 含有Rx Lx[EDQ]模体蛋白的预测 | 第22页 |
| 2.7.4 特有分泌蛋白的预测 | 第22页 |
| 2.8 茄链格孢全基因组重复序列的预测 | 第22页 |
| 2.9 茄链格孢全基因序列微卫星的开发及应用 | 第22-25页 |
| 2.9.1 适合微卫星标记开发位点的筛选 | 第22页 |
| 2.9.2 微卫星标记可行性验证 | 第22-23页 |
| 2.9.3 微卫星多态性评估 | 第23页 |
| 2.9.4 中国北方马铃薯一作区茄链格孢群体遗传结构分析 | 第23-24页 |
| 2.9.5 角变菌株的SSR分子检测 | 第24-25页 |
| 3. 结果与分析 | 第25-51页 |
| 3.1 茄链格孢HWC-168的形态观察 | 第25页 |
| 3.2 茄链格孢HWC-168的基因组测序 | 第25-27页 |
| 3.2.1 基因组的提取质量 | 第25-26页 |
| 3.2.2 DNA文库的构建 | 第26-27页 |
| 3.2.3 基因组的测序及拼接 | 第27页 |
| 3.3 茄链格孢HWC-168基因组概况 | 第27-32页 |
| 3.3.1 基因组特征性分析 | 第27-28页 |
| 3.3.2 链格孢属系统发育分析 | 第28-29页 |
| 3.3.3 基因功能的预测与分类 | 第29-30页 |
| 3.3.4 茄链格孢特有的基因 | 第30-31页 |
| 3.3.5 基因集功能富集分析 | 第31-32页 |
| 3.4 产孢相关基因的预测及分析 | 第32-33页 |
| 3.5 分泌蛋白的预测及致病相关蛋白分析 | 第33-36页 |
| 3.5.1 分泌蛋白的预测 | 第33-34页 |
| 3.5.2 分泌组中致病相关蛋白的预测 | 第34-36页 |
| 3.6 茄链格孢全基因组重复序列分析 | 第36-40页 |
| 3.6.1 重复序列的预测和分析 | 第36-37页 |
| 3.6.2 基因组内微卫星分析 | 第37-40页 |
| 3.7 茄链格孢基因组序列微卫星的开发及应用 | 第40-51页 |
| 3.7.1 茄链格孢微卫星标记的开发 | 第40-42页 |
| 3.7.2 茄链格孢中广泛的基因重复 | 第42-43页 |
| 3.7.3 中国北方马铃薯一作区群体遗传结构分析 | 第43-48页 |
| 3.7.4 角变菌株SSR分析 | 第48-51页 |
| 4. 讨论 | 第51-55页 |
| 4.1 致病相关蛋白的分析 | 第51页 |
| 4.2 产孢相关基因的分析 | 第51-52页 |
| 4.3 茄链格孢的异核现象 | 第52-53页 |
| 4.4 准性生殖 | 第53页 |
| 4.5 中国北方马铃薯一作区群体遗传多样性 | 第53-55页 |
| 5. 结论 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-64页 |
| 在读期间发表论的学术论文 | 第64-65页 |
| 作者简历 | 第65-66页 |
| 致谢 | 第66-67页 |