二三代基因组混合组装流程的搭建与香菇基因组精细图谱的获得
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 第一章 绪论 | 第14-30页 |
| 1.1 测序技术的发展 | 第14-21页 |
| 1.1.1 第一代测序技术 | 第14-16页 |
| 1.1.2 第二代测序技术 | 第16-18页 |
| 1.1.3 第三代测序技术 | 第18-21页 |
| 1.2 基因组概览 | 第21-24页 |
| 1.3 组装算法概览 | 第24-26页 |
| 1.4 组装策略 | 第26-30页 |
| 1.4.1 二代组装 | 第26-27页 |
| 1.4.2 三代组装 | 第27页 |
| 1.4.3 二三代混合组装 | 第27-30页 |
| 第二章 材料与方法 | 第30-34页 |
| 2.1 材料 | 第30页 |
| 2.2 方法 | 第30-34页 |
| 2.2.1 样品处理 | 第30页 |
| 2.2.2 DNA提取 | 第30-31页 |
| 2.2.3 二代测序 | 第31-32页 |
| 2.2.4 三代测序 | 第32-34页 |
| 第三章 香菇基因组混合组装 | 第34-56页 |
| 3.1 基因组survey | 第34-37页 |
| 3.2 数据处理 | 第37-38页 |
| 3.2.1 二代测序数据处理 | 第37-38页 |
| 3.2.2 三代测序数据处理 | 第38页 |
| 3.3 数据统计 | 第38-41页 |
| 3.4 基因组组装 | 第41-49页 |
| 3.5 香菇基因组组装策略 | 第49-52页 |
| 3.6 香菇基因组组装结果验证 | 第52-56页 |
| 第四章 香菇基因组注释 | 第56-82页 |
| 4.1 香菇基因组基因预测 | 第56-58页 |
| 4.1.1 ab inition预测 | 第56-57页 |
| 4.1.2 Homology预测 | 第57页 |
| 4.1.3 EST预测 | 第57-58页 |
| 4.1.4 EVM合并 | 第58页 |
| 4.2 基因功能注释 | 第58-64页 |
| 4.2.1 Nr注释 | 第59页 |
| 4.2.2 Swiss-Prot注释 | 第59页 |
| 4.2.3 GO注释 | 第59-62页 |
| 4.2.4 Pfam注释 | 第62-64页 |
| 4.3 重复序列分析 | 第64-76页 |
| 4.3.1 简单重复序列 | 第64页 |
| 4.3.2 散在重复序列 | 第64-65页 |
| 4.3.3 重复序列注释 | 第65-74页 |
| 4.3.4 简单重复序列注释 | 第74-76页 |
| 4.4 非编码RNA的注释 | 第76-82页 |
| 4.4.1 rRNA注释 | 第76页 |
| 4.4.2 tRNA注释 | 第76-77页 |
| 4.4.3 snRNA注释 | 第77-78页 |
| 4.4.4 snoRNA注释 | 第78页 |
| 4.4.5 miRNA注释 | 第78-82页 |
| 第五章 香菇基因组比较分析 | 第82-86页 |
| 5.1 二三代全基因组比对 | 第82-84页 |
| 5.2 香菇基因组与黄油金针菇基因组共线性分析 | 第84-86页 |
| 第六章 基因家族分析 | 第86-96页 |
| 6.1 基因家族的鉴定 | 第86页 |
| 6.2 系统树的构建 | 第86-88页 |
| 6.3 分化时间估算 | 第88页 |
| 6.4 基因家族收缩扩张分析 | 第88-89页 |
| 6.5 基因富集分析 | 第89-96页 |
| 第七章 重要基因分析 | 第96-102页 |
| 7.1 碳水化合物活性酶基因分析 | 第96-102页 |
| 第八章 论文总结及展望 | 第102-104页 |
| 8.1 论文总结 | 第102页 |
| 8.2 现有的不足和展望 | 第102-104页 |
| 致谢 | 第104-105页 |
| 参考文献 | 第105-112页 |
| 附录 攻读硕士学位期间发表论文 | 第112页 |
