| 中文摘要 | 第7-9页 |
| 英文摘要 | 第9-10页 |
| 1. 引言 | 第11-17页 |
| 1.1 水稻的常见病害 | 第11-12页 |
| 1.2 稻瘟菌侵染水稻过程以及水稻的免疫反应 | 第12-13页 |
| 1.3 本研究所涉及的物种的基因组研究进展 | 第13页 |
| 1.4 蛋白质互作预测的研究进展 | 第13-14页 |
| 1.5 调控网络分析手段的研究进展 | 第14-15页 |
| 1.6 本研究所采用的技术路线 | 第15-17页 |
| 2. 材料和方法 | 第17-25页 |
| 2.1 数据下载与整理 | 第17-18页 |
| 2.1.1 水稻及稻瘟菌蛋白质序列下载 | 第17页 |
| 2.1.2 预测模板序列下载 | 第17页 |
| 2.1.3 序列ID的转化 | 第17页 |
| 2.1.4 基因芯片数据下载 | 第17-18页 |
| 2.1.5 调控网络数据下载 | 第18页 |
| 2.2 蛋白质互作的预测 | 第18-21页 |
| 2.2.1 Interolog预测法 | 第18-19页 |
| 2.2.2 Domain-domain互作预测办法 | 第19-20页 |
| 2.2.3 蛋白质互作的确认 | 第20页 |
| 2.2.4 蛋白质互作网络的构建 | 第20-21页 |
| 2.3 蛋白质互作网络的评估 | 第21-23页 |
| 2.3.1 基于序列特征和机器学习方法的评估 | 第21-22页 |
| 2.3.2 基于病原菌致病蛋白质的评估 | 第22-23页 |
| 2.4 水稻调控网络拓扑属性的计算 | 第23页 |
| 2.5 水稻调控网络的模块化分析 | 第23-24页 |
| 2.5.1 分割水稻调控网络 | 第23页 |
| 2.5.2 网络搜索 | 第23-24页 |
| 2.6 水稻调控网络的主调控因子分析 | 第24-25页 |
| 2.6.1 芯片数据预处理 | 第24页 |
| 2.6.2 主调控因子分析 | 第24-25页 |
| 2.7 功能富集分析及代谢通路分析 | 第25页 |
| 3. 结果与分析 | 第25-43页 |
| 3.0 水稻-稻瘟病菌间蛋白质互作对的预测 | 第25-28页 |
| 3.1 蛋白质互作网络的评估 | 第28-29页 |
| 3.2 水稻调控网络模块化分析结果 | 第29-30页 |
| 3.3 水稻调控子网的图示以及GO分析和代谢途径富集分析的结果 | 第30-38页 |
| 3.3.1 cluster 1：调控网络主要模块 | 第30-32页 |
| 3.3.2 cluster 2：水解酶活性以及转运功能相关模块 | 第32-33页 |
| 3.3.3 cluster 3：调控活动以及激酶调控相关模块 | 第33-34页 |
| 3.3.4 cluster 5:蛋白质酶多肽酶及水解酶相关模块 | 第34-35页 |
| 3.3.5 cluster 6:泛素连接酶活性相关模块 | 第35页 |
| 3.3.6 cluster 7:氧化还原酶活性及多种代谢途径相关模块 | 第35-36页 |
| 3.3.7 cluster 9：包吞作用以及膜功能和小泡相关模块 | 第36-37页 |
| 3.3.8 连接多个子网的关键基因 | 第37-38页 |
| 3.4 水稻调控网络主调控因子分析 | 第38-42页 |
| 3.5 不同病原胁迫下水稻的主调控因子分析 | 第42-43页 |
| 4. 讨论 | 第43-48页 |
| 4.1 水稻-稻瘟病菌间蛋白质互作的发现 | 第43-45页 |
| 4.2 水稻-稻瘟菌间互作蛋白质的GO分析 | 第45页 |
| 4.3 稻瘟菌对水稻功能子网的影响 | 第45-47页 |
| 4.4 稻瘟菌对水稻主调控因子的影响 | 第47-48页 |
| 5. 小结 | 第48-50页 |
| 参考文献 | 第50-56页 |
| 附录 | 第56-66页 |
| 致谢 | 第66页 |
