| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-21页 |
| 1.1 论文背景和选题意义 | 第8-9页 |
| 1.2 RNA-Seq技术及应用前景概述 | 第9-11页 |
| 1.3 基于RNA-Seq技术的转录组分析的主要方法 | 第11-19页 |
| 1.3.1 剪接异构体重建方法 | 第13-14页 |
| 1.3.2 转录丰度估计方法 | 第14-16页 |
| 1.3.3 剪接异构体重建和转录丰度估计同时完成的方法 | 第16-19页 |
| 1.4 本论文的主要工作 | 第19-21页 |
| 第2章 基于信息通道的模型及算法 | 第21-36页 |
| 2.1 本章引论 | 第21页 |
| 2.2 基因结构单元的自动组装 | 第21-23页 |
| 2.3 候选剪接异构体的重建 | 第23-25页 |
| 2.4 剪接异构体识别和转录丰度估计 | 第25-35页 |
| 2.4.1 算法概述 | 第26-27页 |
| 2.4.2 信息通道模型 | 第27-30页 |
| 2.4.3 目标函数的解法 | 第30-31页 |
| 2.4.4 产生式概率模型 | 第31-32页 |
| 2.4.5 剪接异构体的前向选择 | 第32-34页 |
| 2.4.6 转录丰度估计值转换 | 第34页 |
| 2.4.7 片段长度分布的估计 | 第34-35页 |
| 2.5 本章小结 | 第35-36页 |
| 第3章 无标注模式下的剪接异构体识别与转录丰度估计 | 第36-71页 |
| 3.1 本章引论 | 第36页 |
| 3.2 仿真实验结果 | 第36-47页 |
| 3.2.1 剪接异构体识别评价指标 | 第38-39页 |
| 3.2.2 剪接异构体识别准确度评价 | 第39-40页 |
| 3.2.3 转录丰度估计准确度评价 | 第40-42页 |
| 3.2.4 与最大似然估计的比较 | 第42-47页 |
| 3.3 真实数据实验结果 | 第47-70页 |
| 3.3.1 自动组装模式下辅助标注的使用 | 第47-48页 |
| 3.3.2 剪接异构体识别准确度评估 | 第48-51页 |
| 3.3.3 基因位点识别准确度评估 | 第51-53页 |
| 3.3.4 处理复杂基因结构的方法性能 | 第53-60页 |
| 3.3.5 发现独特的和连续的剪接异构体 | 第60-63页 |
| 3.3.6 对不同类型剪接异构体的识别准确度 | 第63-64页 |
| 3.3.7 转录丰度估计准确度评估 | 第64-68页 |
| 3.3.8 关于计算效率的评估 | 第68-70页 |
| 3.4 本章小结 | 第70-71页 |
| 第4章 给定标注模式下的转录组重建与分析 | 第71-78页 |
| 4.1 本章引论 | 第71页 |
| 4.2 给定标注模式下的转录组重建方法 | 第71-72页 |
| 4.3 给定标注模式下的实验结果分析 | 第72-75页 |
| 4.4 算法软件的开发 | 第75-77页 |
| 4.5 本章小结 | 第77-78页 |
| 第5章 结论与展望 | 第78-81页 |
| 5.1 关键技术研究总结 | 第78-80页 |
| 5.2 后续工作展望 | 第80-81页 |
| 参考文献 | 第81-85页 |
| 致谢 | 第85-87页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第87页 |
