| 摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 第一章 引言 | 第13-23页 |
| 1.1 饲料效率的研究进展 | 第13-17页 |
| 1.1.1 饲料转化率（FCR） | 第13-14页 |
| 1.1.2 剩余采食量（RFI） | 第14-17页 |
| 1.2 RFI分子机制的研究进展 | 第17-19页 |
| 1.2.1 RFI相关的分子标记的挖掘 | 第17-18页 |
| 1.2.2 影响RFI的功能基因 | 第18-19页 |
| 1.3 测序技术的发展 | 第19-20页 |
| 1.3.1 全基因组重测序（WHOLE GENOME RESEQUENCING，WGS）技术 | 第19-20页 |
| 1.3.2 转录组测序（RNA-SEQ） | 第20页 |
| 1.4 饲料效率选育技术发展及应用效果 | 第20-22页 |
| 1.4.1 传统育种技术 | 第20-21页 |
| 1.4.2 分子标记辅助选择（MARKER-ASSISTED SELECTION, MAS） | 第21页 |
| 1.4.3 全基因组选择（GENOMIC SELECTION, GS） | 第21-22页 |
| 1.5 本研究的目的及意义 | 第22-23页 |
| 第二章 RFI试验群体的构建及与鸡生产性能的相关性分析 | 第23-29页 |
| 2.1 前言 | 第23页 |
| 2.2 材料和方法 | 第23-24页 |
| 2.2.1 试验动物 | 第23页 |
| 2.2.2 性状测定 | 第23-24页 |
| 2.2.3 屠体性状测定 | 第24页 |
| 2.2.4 胸肌肉品质指标测定 | 第24页 |
| 2.3 数据分析 | 第24页 |
| 2.4 试验结果与分析 | 第24-27页 |
| 2.4.1 试验群体生产性能和饲料利用率概述 | 第24-25页 |
| 2.4.2 RFI与屠宰性能的相关性分析 | 第25-26页 |
| 2.4.3 RFI与北京油鸡肉质性状的相关性分析 | 第26-27页 |
| 2.5 讨论 | 第27-28页 |
| 2.6 小结 | 第28-29页 |
| 第三章 利用全基因组重测序技术挖掘鸡RFI的遗传变异 | 第29-46页 |
| 3.1 前言 | 第29页 |
| 3.2 材料和方法 | 第29-33页 |
| 3.2.1 试验动物及样品采集 | 第29-30页 |
| 3.2.2 主要仪器、试剂与配制 | 第30页 |
| 3.2.3 基因组DNA提取与检测 | 第30页 |
| 3.2.4 文库构建及测序 | 第30-31页 |
| 3.2.5 比对、注释和基因变异的检测 | 第31页 |
| 3.2.6 SNP准确性验证 | 第31-32页 |
| 3.2.7 关键基因的表达量检测 | 第32-33页 |
| 3.3 结果与分析 | 第33-43页 |
| 3.3.1 DNA质量检测 | 第33页 |
| 3.3.2 测序结果概述 | 第33-34页 |
| 3.3.3 变异检测与注释 | 第34-38页 |
| 3.3.4 测序结果准确性验证 | 第38页 |
| 3.3.5 候选基因功能注释 | 第38-41页 |
| 3.3.6 关键基因的表达量检测 | 第41-43页 |
| 3.4 讨论 | 第43-45页 |
| 3.5 小结 | 第45-46页 |
| 第四章 利用RNA-SEQ筛选影响鸡RFI的功能基因 | 第46-64页 |
| 4.1 前言 | 第46页 |
| 4.2 材料和方法 | 第46-51页 |
| 4.2.1 试验动物和样品 | 第46-47页 |
| 4.2.2 主要仪器与试剂 | 第47页 |
| 4.2.3 试验方法与流程 | 第47-50页 |
| 4.2.4 qPCR验证 | 第50页 |
| 4.2.5 数据统计与分析 | 第50-51页 |
| 4.3 结果与分析 | 第51-60页 |
| 4.3.1 RNA质量检测 | 第51页 |
| 4.3.2 测序结果概述 | 第51-53页 |
| 4.3.3 高、低RFI鸡十二指肠差异基因分析 | 第53-59页 |
| 4.3.4 qPCR验证结果 | 第59-60页 |
| 4.4 讨论 | 第60-63页 |
| 4.5 小结 | 第63-64页 |
| 第五章 全文结论 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-74页 |
| 附录 | 第74-84页 |
| 致谢 | 第84-85页 |
| 作者简历 | 第85页 |
