| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 符号和缩略语说明 | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-19页 |
| 1 有机磷农药降解的研究进展 | 第11-15页 |
| 1.1 有机磷农药简介 | 第11页 |
| 1.2 微生物对有机磷农药污染的修复 | 第11-12页 |
| 1.3 毒死蜱降解菌的筛选 | 第12-13页 |
| 1.4 有机磷降解酶简介 | 第13页 |
| 1.5 有机磷降解酶基因 | 第13-15页 |
| 2 微生物基因组学研究 | 第15-17页 |
| 2.1 微生物基因组学的研究背景 | 第15页 |
| 2.2 高通量测序技术的发展 | 第15-16页 |
| 2.3 微生物基因组学的研究内容 | 第16-17页 |
| 3 基因敲除技术的发展 | 第17-19页 |
| 3.1 微生物中常用的基因敲除系统 | 第17-18页 |
| 3.2 CRISPR/Cas9基因编辑系统 | 第18-19页 |
| 第二章 引言 | 第19-21页 |
| 1 研究目的和意义 | 第19页 |
| 2 研究内容 | 第19-21页 |
| 第三章 毒死蜱高效降解菌Cupriavidus nantongensis X1的全基因组测序 | 第21-40页 |
| 1 材料和方法 | 第21-25页 |
| 1.1 材料 | 第21-22页 |
| 1.1.1 菌株 | 第21页 |
| 1.1.2 主要试剂 | 第21页 |
| 1.1.3 培养基和所用溶液的配置 | 第21页 |
| 1.1.4 使用仪器和设备 | 第21-22页 |
| 1.2 方法 | 第22-25页 |
| 1.2.1 X1菌的保存与复苏 | 第22页 |
| 1.2.2 X1菌的基因组DNA提取 | 第22页 |
| 1.2.3 X1菌基因组序列的测定和拼接 | 第22-23页 |
| 1.2.4 X1菌基因组分分析 | 第23-24页 |
| 1.2.4.1 编码基因预测 | 第23页 |
| 1.2.4.2 重复序列预测 | 第23页 |
| 1.2.4.3 非编码RNA预测 | 第23-24页 |
| 1.2.4.4 其他组分的预测 | 第24页 |
| 1.2.5 X1菌基因组基因功能分析 | 第24页 |
| 1.2.5.1 GO数据库注释 | 第24页 |
| 1.2.5.2 KEGG数据库注释 | 第24页 |
| 1.2.5.3 COG数据库注释 | 第24页 |
| 1.2.5.4 其他数据库注释 | 第24页 |
| 1.2.6 X1菌基因组圈图绘制 | 第24-25页 |
| 2 结果与分析 | 第25-34页 |
| 2.1 X1菌基因组DNA提取与质量测定 | 第25页 |
| 2.2 X1菌基因组的基本特征 | 第25-27页 |
| 2.2.1 X1菌基因组测序拼接结果统计 | 第25-27页 |
| 2.2.2 X1菌基因组基本结构和特征 | 第27页 |
| 2.3 X1菌基因组中基因注释 | 第27-31页 |
| 2.4 X1菌基因组中其他组分分析 | 第31-32页 |
| 2.4.1 前噬菌体预测结果 | 第31页 |
| 2.4.2 CRISPR预测结果 | 第31-32页 |
| 2.5 X1菌基因组圈图 | 第32-34页 |
| 3 讨论 | 第34-40页 |
| 3.1 X1菌基因组中有机磷水解酶编码基因分析 | 第34页 |
| 3.2 X1菌基因组中TCP降解基因簇分析 | 第34-36页 |
| 3.3 甲基对硫磷在X1菌中的降解路径预测 | 第36-37页 |
| 3.4 TCP降解基因簇中转录调节因子分析 | 第37-40页 |
| 第四章 毒死蜱高效降解菌Cupriavidus nantongensis sp. X1中TcpA基因的单交换插入失活 | 第40-53页 |
| 1 材料和方法 | 第40-46页 |
| 1.1 材料 | 第40-41页 |
| 1.1.1 菌株 | 第40页 |
| 1.1.2 主要试剂 | 第40页 |
| 1.1.3 培养基和所用溶液的配置 | 第40-41页 |
| 1.1.4 使用仪器和设备 | 第41页 |
| 1.2 方法 | 第41-46页 |
| 1.2.1 基础实验 | 第41-42页 |
| 1.2.1.1 X1菌基因组DNA提取 | 第41页 |
| 1.2.1.2 细菌质粒抽提 | 第41-42页 |
| 1.2.1.3 琼脂糖凝胶电泳产物的切胶回收 | 第42页 |
| 1.2.1.4 细菌感受态细胞制备 | 第42页 |
| 1.2.2 X1菌对七种常用抗生素抗性测定 | 第42-43页 |
| 1.2.3 Tcp A基因敲除实验 | 第43-46页 |
| 1.2.3.1 同源臂引物设计与同源臂设计 | 第43-44页 |
| 1.2.3.2 同源臂T/A克隆与蓝白斑筛选 | 第44页 |
| 1.2.3.3 同源重组载体构建 | 第44-46页 |
| 1.2.3.4 TcpA基因的同源重组单交换插入失活 | 第46页 |
| 2 结果与分析 | 第46-51页 |
| 2.1 X1菌对七种常用抗生素抗性 | 第46-48页 |
| 2.2 同源臂TY-tcpA的T/A克隆与蓝白斑筛选 | 第48-49页 |
| 2.3 同源重组载体PJQ-TY-tcpA的构建 | 第49-50页 |
| 2.4 三亲本接合转移 | 第50-51页 |
| 3 讨论 | 第51-53页 |
| 第五章 结论 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
| 个人简介 | 第63页 |
