| 中文摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 目录 | 第9-12页 |
| 英文缩略词 | 第12-13页 |
| 第一部分 文献综述 | 第13-26页 |
| 1 前言 | 第13-14页 |
| 2 IMF的组成与分布 | 第14页 |
| 3 IMF的沉积 | 第14-16页 |
| ·IMF的合成 | 第15页 |
| ·IMF的分解 | 第15-16页 |
| ·IMF代谢的调节 | 第16页 |
| 4 IMF沉积的分子基础 | 第16-18页 |
| 5 IMF与牛肉品质的关系 | 第18-19页 |
| 6 影响IMF的候选基因研究 | 第19-22页 |
| 7 转录组测序(RNA-Seq)技术 | 第22-25页 |
| ·RNA-Seq原理 | 第22页 |
| ·RNA-Seq应用 | 第22-25页 |
| 8 研究意义 | 第25页 |
| 9 技术路线 | 第25-26页 |
| 第二部分 FLW牛不同大理石花纹等级肌肉转录组分析 | 第26-51页 |
| 第一章 FLW牛不同大理石花纹等级肌肉转录组测序分析 | 第26-45页 |
| 1 引言 | 第26页 |
| 2 材料与方法 | 第26-33页 |
| ·试验动物 | 第26-27页 |
| ·试验动物屠宰、分割及取样 | 第27页 |
| ·RNA—Seq测序设备 | 第27-28页 |
| ·主要试剂及溶液 | 第28页 |
| ·总RNA的提取及质检方法 | 第28页 |
| ·测序cDNA文库构建 | 第28-29页 |
| ·mRNA-Seq文库质检 | 第29页 |
| ·上机mRNA-Seq和原始数据预处理 | 第29页 |
| ·RNA-Seq数据分析流程 | 第29-30页 |
| ·差异基因荧光定量PCR验证 | 第30-33页 |
| 3 结果与分析 | 第33-43页 |
| ·总RNA提取与质量检测 | 第33页 |
| ·转录组原始数据碱基质量信息统计 | 第33-35页 |
| ·Reads统计及与基因组mapping结果统计 | 第35-37页 |
| ·牛肌肉表达基因分析 | 第37-38页 |
| ·差异基因筛选与聚类分析 | 第38-39页 |
| ·差异基因功能分析 | 第39-41页 |
| ·牛肌肉转录组SNV分析 | 第41-42页 |
| ·新基因预测统计 | 第42-43页 |
| ·差异基因实时荧光定量PCR | 第43页 |
| 4 讨论与结论 | 第43-45页 |
| 第二章 比较不同大理石花纹等级牛肉中成脂、成纤维、成肌因子的研究 | 第45-51页 |
| 1 引言 | 第45页 |
| 2 材料与方法 | 第45-46页 |
| ·试验动物和样品准备 | 第45页 |
| ·RNA提取和RNA-Seq | 第45-46页 |
| ·数据分析和生物信息学分析 | 第46页 |
| 3 结果 | 第46-48页 |
| ·成脂基因的表达 | 第46-47页 |
| ·成纤维基因的表达 | 第47页 |
| ·成肌基因的表达 | 第47-48页 |
| 4 讨论 | 第48-50页 |
| ·牛背最长肌中成脂分子的表达和脂肪代谢 | 第48-49页 |
| ·牛背最长肌中成纤维相关分子的调节 | 第49-50页 |
| ·牛背最长肌中成肌因子的调节 | 第50页 |
| 5 结论 | 第50-51页 |
| 第三部分 FLW牛大理石花纹相关基因基因型与表现型关联分析 | 第51-73页 |
| 第一章 UCP3基因第五内含子多态性与FLW牛肉质性状关联分析 | 第51-66页 |
| 1 引言 | 第51页 |
| 2 材料与方法 | 第51-53页 |
| ·试验动物信息及样本收集 | 第52页 |
| ·屠宰性状与相关肉质性状测定纪录 | 第52-53页 |
| 3 DNA测序分析UCP3基因型 | 第53-57页 |
| ·仪器设备 | 第53-54页 |
| ·溶液配制方法 | 第54页 |
| ·DNA的提取 | 第54页 |
| ·引物设计与合成 | 第54页 |
| ·PCR扩增UCP3基因部分片段 | 第54-55页 |
| ·测序UCP3基因部分片段 | 第55-56页 |
| ·主要分子生物学数据库及分析软件 | 第56-57页 |
| 4 统计与分析 | 第57-59页 |
| ·基因频率和基因型频率的计算 | 第57页 |
| ·多态信息含量(PIC) | 第57-58页 |
| ·有效等位基因数(Ne) | 第58页 |
| ·群体杂合度(He) | 第58页 |
| ·Hardy-Weinberg平衡检测 | 第58页 |
| ·统计分析模型 | 第58-59页 |
| 5 结果 | 第59-62页 |
| ·IMF含量结果 | 第59页 |
| ·基因组DNA提取结果 | 第59-60页 |
| ·UCP3基因DNA部分片段扩增结果鉴定 | 第60页 |
| ·UCP3基因SNPs位点的测序结果 | 第60-62页 |
| ·UCP3基因多态性位点的遗传分析 | 第62页 |
| ·UCP3基因多态性与FLW群体的胴体肉质性状的相关性分析 | 第62页 |
| 6 讨论 | 第62-66页 |
| 第二章 THRSP基因内含子多态性与FLW牛肉质性状关联分析 | 第66-73页 |
| 1 引言 | 第66页 |
| 2 材料与方法 | 第66页 |
| ·试验动物信息及样本收集 | 第66页 |
| ·屠宰性状与相关肉质性状测定纪录 | 第66页 |
| 3 DNA测序分析THRSP基因型 | 第66-67页 |
| ·仪器设备 | 第66页 |
| ·溶液配制方法 | 第66-67页 |
| ·DNA的提取 | 第67页 |
| ·引物设计与合成 | 第67页 |
| ·PCR扩增THRSP基因部分片段 | 第67页 |
| ·测序THRSP基因部分片段 | 第67页 |
| ·主要分子生物学数据库及分析软件 | 第67页 |
| 4 统计与分析 | 第67页 |
| 5 结果 | 第67-70页 |
| ·屠宰性状和相关肉质性状、基因组DNA提取结果 | 第67-68页 |
| ·THRSP基因DNA部分片段扩增结果鉴定 | 第68页 |
| ·THRSP基因SNPs位点的测序结果 | 第68页 |
| ·THRSP基因多态性位点的遗传分析 | 第68-69页 |
| ·THRSP基因多态性与FLW牛群体的胴体肉质性状的相关性分析 | 第69-70页 |
| 6 讨论 | 第70-73页 |
| 第四部分 结论 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-90页 |
| 致谢 | 第90-91页 |
| 附录 | 第91-104页 |
| 个人简介 | 第104页 |
