| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 引言 | 第8-10页 |
| 1 基础理论 | 第10-21页 |
| ·分子力场 | 第10-13页 |
| ·分子力场概述 | 第10页 |
| ·分子力场作用项的一般形式 | 第10-12页 |
| ·ABEEMσπ模型及 ABEEM 融合进分子力场 | 第12-13页 |
| ·ABEEM-7P 水分子模型的建立 | 第13-16页 |
| ·ABEEM 模型向水分子体系推广 | 第13-14页 |
| ·应用 ABEEM/MM 方法建立 ABEEM-7P 水分子模型 | 第14-16页 |
| ·分子动力学模拟 | 第16-21页 |
| ·分子动力学模拟基本原理 | 第16页 |
| ·周期性边界条件 | 第16-17页 |
| ·截断半径与最近镜像 | 第17-18页 |
| ·Brendsen 温度与压力耦合方法 | 第18-21页 |
| 2 应用 ABEEM-7P 模型对液态水的分子动力学模拟 | 第21-30页 |
| ·模拟细节 | 第21页 |
| ·298 K,1 atm 应用 ABEEM-7P 模型模拟液态水体系的温度与压力 | 第21-25页 |
| ·NVT 系综下液态水的分子动力学模拟 | 第21-22页 |
| ·NPT 系综下液态水的分子动力学模拟 | 第22-25页 |
| ·不同温度下液态水体系各位点的电荷与温度的关系 | 第25-29页 |
| ·NVT 系综下液态水的电荷 | 第25-27页 |
| ·NPT 系综下液态水的电荷 | 第27-29页 |
| ·小结 | 第29-30页 |
| 3 应用 ABEEMσπ方法计算多肽及蛋白质的分子电负性 | 第30-43页 |
| ·肽的命名 | 第30-31页 |
| ·计算方法 | 第31页 |
| ·二肽分子及四肽分子的电负性 | 第31-41页 |
| ·蛋白质 1CRN 的分子电负性 | 第41-42页 |
| ·小结 | 第42-43页 |
| 结论 | 第43-44页 |
| 参考文献 | 第44-48页 |
| 致谢 | 第48页 |
