| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-10页 |
| 引言 | 第10-13页 |
| 石磺科简介 | 第10页 |
| 线粒体全基因组分析 | 第10-11页 |
| 转录组测序 | 第11页 |
| 表达谱 | 第11-13页 |
| 第一章 里氏拟石磺线粒体全基因组分析 | 第13-18页 |
| 1 材料与方法 | 第13-15页 |
| ·实验材料 | 第13-15页 |
| ·实验方法 | 第15页 |
| 2 实验结果 | 第15-17页 |
| 3 讨论 | 第17-18页 |
| 第二章 石磺科四属种贝类的实验材料与转录组分析方法 | 第18-22页 |
| 1 实验材料 | 第18-19页 |
| 2 实验流程 | 第19-20页 |
| 3 实验数据分析 | 第20-22页 |
| 第三章 石磺科四属种贝类转录组分析 | 第22-52页 |
| 1 De novo RNA 转录组组装拼接与结果统计 | 第22-32页 |
| ·转录组样本测序数据产出量统计 | 第22-23页 |
| ·转录组测序数据的组装拼接 | 第23-24页 |
| ·转录组序列拼接优化与可变剪接分析 | 第24-25页 |
| ·拼接组装结果的数据统计 | 第25-32页 |
| 2 UniGene-UniProt/NR 同源比对 | 第32-37页 |
| 3 Unigene GO 注释分析 | 第37-40页 |
| 4 UniGene Pathway 生物通路注释 | 第40页 |
| 5 SSR 标记分析 | 第40-41页 |
| 6 小结 | 第41-52页 |
| ·转录组进化分析 | 第41-42页 |
| ·转录组表达量分析 | 第42页 |
| ·基因差异表达分析 | 第42-48页 |
| ·差异表达基因 GO 功能分析 | 第48-50页 |
| ·差异表达基因 Pathway 显著富集分析 | 第50-52页 |
| 参考文献 | 第52-56页 |
| 附录 | 第56-57页 |
| 致谢 | 第57页 |
