| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-23页 |
| ·计算机辅助药物设计简介 | 第15-17页 |
| ·生物体系与分子动力学 | 第17页 |
| ·抗菌肽 Pis-1 及其突变体研究进展 | 第17-19页 |
| ·抗菌肽研究进展 | 第17-18页 |
| ·抗菌肽 Piscidin 1 研究进展 | 第18-19页 |
| ·TTR 及其抑制剂研究进展 | 第19-21页 |
| ·论文的主要研究内容 | 第21-23页 |
| 第二章 计算理论及方法 | 第23-31页 |
| ·分子动力学模拟 | 第23-26页 |
| ·分子动力学简介 | 第23-24页 |
| ·分子力场简介 | 第24-25页 |
| ·主要计算方法 | 第25-26页 |
| ·定量构效关系 | 第26-27页 |
| ·定量构效关系简介 | 第26页 |
| ·常用的 3D-QSAR 分析方法 | 第26-27页 |
| ·药效团模型与数据库搜索 | 第27-28页 |
| ·分子对接 | 第28-31页 |
| ·分子对接简介 | 第28-29页 |
| ·分子对接软件简介 | 第29-31页 |
| 第三章 抗菌肽 Pis-1 及其突变体的动力学模拟 | 第31-49页 |
| ·本课题的研究意义 | 第31页 |
| ·研究涉及的主要软件 | 第31-32页 |
| ·AMBER 软件包简介 | 第31-32页 |
| ·Python 语言简介 | 第32页 |
| ·动力学模拟方案 | 第32-35页 |
| ·“抗菌肽-膜”模型的建立与模拟 | 第32-34页 |
| ·“抗菌肽-水”模型的建立与模拟 | 第34页 |
| ·模拟结果的分析方法 | 第34-35页 |
| ·MD 模拟的结果与讨论 | 第35-46页 |
| ·Pis-1 及其突变体的结构分析 | 第35-36页 |
| ·Piscidin1 及其突变体的 RMSD 分析 | 第36-40页 |
| ·自然接触分数分析 | 第40页 |
| ·模拟过程中二级结构的变化 | 第40-44页 |
| ·分子内氢键的分布 | 第44-46页 |
| ·与实验结果相比较 | 第46页 |
| ·本章小结 | 第46-49页 |
| 第四章 TTR 抑制剂的理论研究 | 第49-67页 |
| ·本课题的研究意义 | 第49页 |
| ·研究涉及的主要软件 | 第49-50页 |
| ·Gaussian 软件包简介 | 第49页 |
| ·SYBYL 软件包简介 | 第49-50页 |
| ·ABX 系列抑制剂的 3D-QSAR 研究 | 第50-56页 |
| ·3D-QSAR 研究方案 | 第50-51页 |
| ·结果与讨论 | 第51-56页 |
| ·ABX 系列抑制剂分子的药效团模研究 | 第56-59页 |
| ·药效团模型研究方案 | 第56-59页 |
| ·结果与讨论 | 第59页 |
| ·ABX 系列抑制剂分子的对接研究 | 第59-63页 |
| ·分子对接研究方案 | 第59-60页 |
| ·结果与讨论 | 第60-63页 |
| ·抑制剂分子连接区域的研究 | 第63-64页 |
| ·数据库搜索与筛选 | 第64-65页 |
| ·本章小结 | 第65-67页 |
| 第五章 结论 | 第67-69页 |
| ·取得的成果 | 第67页 |
| ·研究的创新之处 | 第67-68页 |
| ·今后研究的展望 | 第68-69页 |
| 参考文献 | 第69-77页 |
| 附录 | 第77-81页 |
| 致谢 | 第81-83页 |
| 研究成果及发表的学术论文 | 第83-85页 |
| 作者简介 | 第85页 |
| 导师简介 | 第85-86页 |
| 附件 | 第86-87页 |