| 致谢 | 第1-9页 |
| 摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-42页 |
| 第一节 双生病毒研究进展 | 第13-21页 |
| 1 双生病毒的发生和危害 | 第13-14页 |
| 2 双生病毒的特征与分类 | 第14-19页 |
| ·玉米线条病毒属(Mastrevirus) | 第14-15页 |
| ·甜菜曲顶病毒属(Curtovirus) | 第15-16页 |
| ·番茄伪曲顶病毒属(Topocuvirus) | 第16-17页 |
| ·菜豆金色花叶病毒属(Begomovirus) | 第17-19页 |
| 3 双生病毒的遗传和变异 | 第19-21页 |
| 第二节 病毒密码子使用研究进展 | 第21-33页 |
| 1 病毒密码子使用研究的特殊性 | 第22-23页 |
| 2 影响病毒密码子使用的因素 | 第23-27页 |
| 3 病毒密码子使用的研究方法 | 第27-30页 |
| ·分析密码子使用的常用指标 | 第27-29页 |
| ·GC、GC3含量和A3、T3、G3、C3含量 | 第27页 |
| ·有效密码子数(Nc) | 第27-28页 |
| ·相对同义密码子使用频率(RSCU) | 第28页 |
| ·密码子适应指数(CAI) | 第28-29页 |
| ·常用多元统计分析方法 | 第29-30页 |
| ·对应分析(CA) | 第29页 |
| ·聚类分析(cluster analysis) | 第29-30页 |
| 4 植物病毒密码子使用的研究进展 | 第30-31页 |
| 5 植物病毒密码子使用研究的意义 | 第31-33页 |
| 参考文献 | 第33-42页 |
| 第二章 中国番茄黄化曲叶病毒基因组结构及群体遗传学分析 | 第42-60页 |
| 第一节 中国番茄黄化曲叶病毒分离物的基因组结构 | 第42-47页 |
| 1 材料与方法 | 第42-44页 |
| ·病毒材料 | 第42页 |
| ·植物总DNA提取 | 第42-43页 |
| ·PCR扩增、克隆和序列测定 | 第43页 |
| ·序列分析 | 第43-44页 |
| 2 结果与分析 | 第44-46页 |
| ·病毒基因组DNA-A结构分析 | 第44-45页 |
| ·Y11 DNA-A与其它双生病毒的比较分析 | 第45-46页 |
| 3 讨论 | 第46-47页 |
| 第二节 中国番茄黄化曲叶病毒群体遗传学分析 | 第47-57页 |
| 1 材料与方法 | 第47-50页 |
| ·试验材料 | 第47-49页 |
| ·DNA序列测定及基因组结构分析 | 第49页 |
| ·系统发育和分子多样性分析 | 第49-50页 |
| ·群体分化检验 | 第50页 |
| ·重组检测 | 第50页 |
| 2 结果与分析 | 第50-55页 |
| ·系统发育树 | 第50-51页 |
| ·群体遗传分化 | 第51-54页 |
| ·自然选择效应 | 第54-55页 |
| ·种间重组 | 第55页 |
| 3 讨论 | 第55-57页 |
| 参考文献 | 第57-60页 |
| 第三章 菜豆金色花叶属病毒密码子使用及进化分析 | 第60-74页 |
| 1 材料与方法 | 第61-63页 |
| ·序列数据 | 第61页 |
| ·统计分析 | 第61页 |
| ·分析密码子使用的主要指标 | 第61-62页 |
| ·GC、GC1、GC2、GC3含量和A3、T3、G3、C3含量 | 第61页 |
| ·有效密码子数 | 第61页 |
| ·相对同义密码子使用频率 | 第61-62页 |
| ·密码子适应指数 | 第62页 |
| ·对应分析 | 第62页 |
| ·主要偏爱密码子的确定 | 第62-63页 |
| 2 结果与分析 | 第63-70页 |
| ·菜豆金色花叶属病毒基因的碱基组成分析 | 第63-64页 |
| ·影响菜豆金色花叶属病毒密码子使用的因素 | 第64-66页 |
| ·主要偏爱密码子的确定 | 第66-68页 |
| ·密码子使用变异反映病毒与寄主侵染关系 | 第68-69页 |
| ·密码子使用变异反映病毒之间进化关系 | 第69-70页 |
| 3 讨论 | 第70-72页 |
| 参考文献 | 第72-74页 |
| 第四章 菜豆金色花叶属病毒和其它双生病毒密码子使用比较分析 | 第74-89页 |
| 1 材料与方法 | 第75-78页 |
| ·序列数据 | 第75页 |
| ·分析方法 | 第75-78页 |
| ·分析密码子使用的主要指标 | 第78页 |
| ·GC、GC3含量 | 第78页 |
| ·有效密码子数 | 第78页 |
| ·相对同义密码子使用频率 | 第78页 |
| ·密码子适应指数 | 第78页 |
| ·对应分析 | 第78页 |
| 2 结果与分析 | 第78-85页 |
| ·双生病毒中各属间的密码子使用变异 | 第78-79页 |
| ·影响各属双生病毒密码子使用变异的主要因素 | 第79-80页 |
| ·双生病毒各属中功能相同基因具有相似的密码子使用模式 | 第80-82页 |
| ·双生病毒密码子使用具有一定程度的寄主特异性 | 第82-83页 |
| ·基于密码子使用频率的聚类分析 | 第83-85页 |
| 3 讨论 | 第85-87页 |
| 参考文献 | 第87-89页 |
| 附录A 用于密码子使用分析的双生病毒品种 | 第89-103页 |
| 附录B 密码子用法分析常用软件 | 第103-105页 |
| 附录C 密码子用法分析常用网站 | 第105页 |
