| 中文摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 第一章 前言 | 第12-23页 |
| ·获得性免疫缺陷综合症病毒 | 第12-13页 |
| ·HIV-1 的生命周期 | 第13-17页 |
| ·HIV-1 蛋白酶的结构和催化机制 | 第17-19页 |
| ·HIV-1 蛋白酶的抑制剂 | 第19-23页 |
| 第二章 抑制剂与受体的相互作用 | 第23-32页 |
| ·分子识别与相互作用 | 第23-25页 |
| ·抑制剂与受体的键合类型 | 第25-27页 |
| ·抑制剂与受体的立体作用 | 第27-29页 |
| ·抑制剂-受体相互作用的锁-钥关系 | 第29-32页 |
| 第三章 研究理论和方法 | 第32-55页 |
| ·量子化学计算 | 第32-36页 |
| ·分子动力学模拟 | 第36-42页 |
| ·分子力学方法 | 第42-46页 |
| ·自由能计算 | 第46-53页 |
| ·抑制剂和残基的相互作用 | 第53-55页 |
| 第四章 HIV-1 蛋白酶质子化的功能作用之分子动力学模拟和自由能计算 | 第55-69页 |
| ·系统的初始化 | 第55-59页 |
| ·结果和讨论 | 第59-68页 |
| ·小结 | 第68-69页 |
| 第五章 HIV-1 蛋白酶氟取代抑制剂的动力学模拟和自由能计算研究 | 第69-84页 |
| ·模拟系统准备 | 第69-72页 |
| ·结果和讨论 | 第72-83页 |
| ·小结 | 第83-84页 |
| 第六章 变异D30N 和150V 对HIV 蛋白酶抑制剂TMC-114 的抗药性的研究-分子动力学模拟和自由能计算 | 第84-99页 |
| ·前言 | 第84-86页 |
| ·系统的设置 | 第86-87页 |
| ·结果和讨论 | 第87-97页 |
| ·小结 | 第97-99页 |
| 第七章 总结与展望 | 第99-101页 |
| ·本论文的结论和研究意义 | 第99-100页 |
| ·未来展望 | 第100-101页 |
| 参考文献 | 第101-116页 |
| 攻读博士期间发表的论文 | 第116-118页 |
| 致谢 | 第118-119页 |
