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Hi-C辅助棉花基因组组装

摘要第6-7页
abstract第7页
英文缩略表第11-12页
第一章 引言第12-19页
    1.1 棉属染色体情况第12页
    1.2 Denovo测序技术第12页
    1.3 棉花全基因组测序现状第12-13页
    1.4 基因组组装常用方法第13-14页
        1.4.1 基于物理图谱的组装方法第13-14页
        1.4.2 基于遗传图谱的组装方法第14页
    1.5 Hi-C技术研究进展第14-15页
    1.6 Hi-C技术应用领域第15-16页
        1.6.1 研究染色体互作第15页
        1.6.2 建立基因组3D折叠模型第15页
        1.6.3 基因组组装第15-16页
        1.6.4 解析调控元件与基因的作用模式第16页
        1.6.5 染色体相互作用差异比较分析第16页
    1.7 Hi-C辅助基因组组装第16-17页
    1.8 Hi-C辅助基因组组装研究现状第17-18页
    1.9 研究的目的与意义第18-19页
第二章 材料与方法第19-33页
    2.1 实验材料第19页
        2.1.1 植物材料来源、种植与取样第19页
        2.1.2 主要试剂及耗材第19页
        2.1.3 主要实验仪器第19页
    2.2 实验方法第19-23页
        2.2.1 DNA交联第21页
        2.2.2 细胞裂解第21页
        2.2.3 染色质消化第21页
        2.2.4 平末端补齐及生物素标记第21-22页
        2.2.5 DNA连接与纯化第22页
        2.2.6 超声波打断及平末端补齐第22-23页
        2.2.7 生物素调取、加接头、文库扩增及测序第23页
        2.2.8 小数据上机第23页
    2.3 分析方法第23-33页
        2.3.1 原始下机数据第24-25页
        2.3.2 数据过滤第25-26页
        2.3.3 与参考基因组比对第26-27页
        2.3.4 scaffold纠错第27-28页
        2.3.5 通过层次聚类进行scaffold聚类第28页
        2.3.6 利用互作关系进行scaffold的定序第28页
        2.3.7 利用互作关系进行scaffold的定向第28页
        2.3.8 组装结果评估第28-29页
        2.3.9 HiC-Pro、Lachesis和Mummer4.0的使用方法第29-33页
            2.3.9.1 HiC-Pro的用法:第29-31页
            2.3.9.2 Lachesis使用方法第31-32页
            2.3.9.3 mummer4.0的使用第32-33页
第三章 结果与分析第33-49页
    3.1 实验结果第33-34页
    3.2 小数据上机结果第34-37页
        3.2.1 小数据上机测序质量评估结果第34-35页
        3.2.2 小数据上机测序得到的原始数据过滤第35页
        3.2.3 NT库比对第35-36页
        3.2.4 CleanPEreads与参考基因组的比对结果第36-37页
    3.3 测序结果统计第37-49页
        3.3.1 测序质量评估结果第37-38页
        3.3.2 原始数据过滤第38-39页
        3.3.3 CleanPEreads与参考基因组的比对结果第39-40页
        3.3.4 利用Hi-C数据纠正原scaffold内部拼接错误第40-41页
        3.3.5 通过层次聚类对scaffold进行聚类的结果第41-42页
        3.3.6 利用互作关系进行scaffold之间的定序结果第42页
        3.3.7 利用scaffold上交互位点的分布情况定序的结果第42-43页
        3.3.8 组装结果统计第43-45页
        3.3.9 组装结果验证第45-49页
第四章 结论与展望第49-51页
    4.1 结论第49页
    4.2 展望第49-51页
参考文献第51-55页
致谢第55-56页
作者简历第56页

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