摘要 | 第6-7页 |
abstract | 第7页 |
英文缩略表 | 第11-12页 |
第一章 引言 | 第12-19页 |
1.1 棉属染色体情况 | 第12页 |
1.2 Denovo测序技术 | 第12页 |
1.3 棉花全基因组测序现状 | 第12-13页 |
1.4 基因组组装常用方法 | 第13-14页 |
1.4.1 基于物理图谱的组装方法 | 第13-14页 |
1.4.2 基于遗传图谱的组装方法 | 第14页 |
1.5 Hi-C技术研究进展 | 第14-15页 |
1.6 Hi-C技术应用领域 | 第15-16页 |
1.6.1 研究染色体互作 | 第15页 |
1.6.2 建立基因组3D折叠模型 | 第15页 |
1.6.3 基因组组装 | 第15-16页 |
1.6.4 解析调控元件与基因的作用模式 | 第16页 |
1.6.5 染色体相互作用差异比较分析 | 第16页 |
1.7 Hi-C辅助基因组组装 | 第16-17页 |
1.8 Hi-C辅助基因组组装研究现状 | 第17-18页 |
1.9 研究的目的与意义 | 第18-19页 |
第二章 材料与方法 | 第19-33页 |
2.1 实验材料 | 第19页 |
2.1.1 植物材料来源、种植与取样 | 第19页 |
2.1.2 主要试剂及耗材 | 第19页 |
2.1.3 主要实验仪器 | 第19页 |
2.2 实验方法 | 第19-23页 |
2.2.1 DNA交联 | 第21页 |
2.2.2 细胞裂解 | 第21页 |
2.2.3 染色质消化 | 第21页 |
2.2.4 平末端补齐及生物素标记 | 第21-22页 |
2.2.5 DNA连接与纯化 | 第22页 |
2.2.6 超声波打断及平末端补齐 | 第22-23页 |
2.2.7 生物素调取、加接头、文库扩增及测序 | 第23页 |
2.2.8 小数据上机 | 第23页 |
2.3 分析方法 | 第23-33页 |
2.3.1 原始下机数据 | 第24-25页 |
2.3.2 数据过滤 | 第25-26页 |
2.3.3 与参考基因组比对 | 第26-27页 |
2.3.4 scaffold纠错 | 第27-28页 |
2.3.5 通过层次聚类进行scaffold聚类 | 第28页 |
2.3.6 利用互作关系进行scaffold的定序 | 第28页 |
2.3.7 利用互作关系进行scaffold的定向 | 第28页 |
2.3.8 组装结果评估 | 第28-29页 |
2.3.9 HiC-Pro、Lachesis和Mummer4.0的使用方法 | 第29-33页 |
2.3.9.1 HiC-Pro的用法: | 第29-31页 |
2.3.9.2 Lachesis使用方法 | 第31-32页 |
2.3.9.3 mummer4.0的使用 | 第32-33页 |
第三章 结果与分析 | 第33-49页 |
3.1 实验结果 | 第33-34页 |
3.2 小数据上机结果 | 第34-37页 |
3.2.1 小数据上机测序质量评估结果 | 第34-35页 |
3.2.2 小数据上机测序得到的原始数据过滤 | 第35页 |
3.2.3 NT库比对 | 第35-36页 |
3.2.4 CleanPEreads与参考基因组的比对结果 | 第36-37页 |
3.3 测序结果统计 | 第37-49页 |
3.3.1 测序质量评估结果 | 第37-38页 |
3.3.2 原始数据过滤 | 第38-39页 |
3.3.3 CleanPEreads与参考基因组的比对结果 | 第39-40页 |
3.3.4 利用Hi-C数据纠正原scaffold内部拼接错误 | 第40-41页 |
3.3.5 通过层次聚类对scaffold进行聚类的结果 | 第41-42页 |
3.3.6 利用互作关系进行scaffold之间的定序结果 | 第42页 |
3.3.7 利用scaffold上交互位点的分布情况定序的结果 | 第42-43页 |
3.3.8 组装结果统计 | 第43-45页 |
3.3.9 组装结果验证 | 第45-49页 |
第四章 结论与展望 | 第49-51页 |
4.1 结论 | 第49页 |
4.2 展望 | 第49-51页 |
参考文献 | 第51-55页 |
致谢 | 第55-56页 |
作者简历 | 第56页 |