| 摘要 | 第2-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 符号说明(英文缩略词) | 第8-9页 |
| 第一部分 文献综述 | 第9-17页 |
| 1.1 叶绿体基因组研究 | 第9-11页 |
| 1.1.1 叶绿体基因组的结构、功能及特点 | 第9页 |
| 1.1.2 叶绿体基因组在系统发育学研究中的应用 | 第9-10页 |
| 1.1.3 禾本科牧草叶绿体基因组的研究进展 | 第10-11页 |
| 1.2 叶绿体基因组测序技术的发展 | 第11-12页 |
| 1.3 叶绿体分子标记的类型及应用 | 第12-15页 |
| 1.3.1 叶绿体分子标记的类型 | 第12-13页 |
| 1.3.2 叶绿体分子标记在植物叶绿体基因组中的开发与应用 | 第13-15页 |
| 1.3.2.1 叶绿体非编码区标记的开发与应用 | 第13-14页 |
| 1.3.3.2 cpSSR标记的开发与应用 | 第14页 |
| 1.3.3.3 其他叶绿体分子标记的开发与应用 | 第14-15页 |
| 1.4 羊草的研究概述 | 第15页 |
| 1.5 本研究目的及意义 | 第15-17页 |
| 第二部分 羊草叶绿体全基因组测序及分析 | 第17-37页 |
| 2.1 试验材料 | 第17页 |
| 2.2 试验方法 | 第17-18页 |
| 2.2.1 叶绿体测序 | 第17页 |
| 2.2.2 基因组序列拼接和注释 | 第17页 |
| 2.2.3 数据分析 | 第17-18页 |
| 2.3 试验结果与分析 | 第18-35页 |
| 2.3.1 叶绿体基因组基本特征 | 第18-20页 |
| 2.3.2 叶绿体基因特征分析 | 第20-23页 |
| 2.3.3 叶绿体基因组密码子偏好性分析 | 第23-25页 |
| 2.3.4 叶绿体基因组重复序列分析 | 第25-30页 |
| 2.3.5 羊草与近缘种叶绿体基因组的比较分析 | 第30-31页 |
| 2.3.6 羊草与近缘种叶绿体基因组IR区边界的比较分析 | 第31-32页 |
| 2.3.7 系统发育分析 | 第32-35页 |
| 2.4 讨论 | 第35-37页 |
| 第三部分 羊草叶绿体基因组非编码区分子标记开发 | 第37-49页 |
| 3.1 试验材料 | 第37-38页 |
| 3.2 试验方法 | 第38页 |
| 3.2.1 DNA提取与检测 | 第38页 |
| 3.2.2 PCR扩增与测序 | 第38页 |
| 3.2.3 序列比对与分析 | 第38页 |
| 3.3 试验结果与分析 | 第38-46页 |
| 3.3.1 羊草叶绿体非编码区序列分析及多态性筛选 | 第38-41页 |
| 3.3.2 基于4条叶绿体非编码区片段的羊草遗传多样性和单倍型多样性分析 | 第41页 |
| 3.3.3 基于合并序列的羊草遗传多样性和单倍型多样性分析 | 第41-42页 |
| 3.3.4 基于合并序列的不同羊草居群遗传变异分析 | 第42-44页 |
| 3.3.5 基于合并序列不同单倍型羊草的系统发育分析 | 第44-46页 |
| 3.3.6 基于合并序列羊草的单倍型网络图分析 | 第46页 |
| 3.4 讨论 | 第46-49页 |
| 第四部分 羊草叶绿体基因组SSR分子标记开发 | 第49-57页 |
| 4.1 试验材料 | 第49页 |
| 4.2 试验方法 | 第49页 |
| 4.2.1 SSR引物设计 | 第49页 |
| 4.2.2 DNA提取及PCR扩增 | 第49页 |
| 4.2.3 PCR扩增产物的检测 | 第49页 |
| 4.2.4 数据分析 | 第49页 |
| 4.3 试验结果与分析 | 第49-56页 |
| 4.3.1 羊草cpSSR位点的遗传多样性分析 | 第49-52页 |
| 4.3.2 不同羊草居群的遗传多样性分析 | 第52页 |
| 4.3.3 不同羊草居群的遗传相似性与遗传距离 | 第52-54页 |
| 4.3.4 不同羊草居群的聚类分析 | 第54页 |
| 4.3.5 羊草37个个体材料的遗传结构分析 | 第54-56页 |
| 4.4 讨论 | 第56-57页 |
| 第五部分 结论 | 第57-59页 |
| 5.1 羊草叶绿体基因组测序 | 第57页 |
| 5.2 羊草叶绿体基因组非编码区多态性标记筛选 | 第57-58页 |
| 5.3 羊草叶绿体基因组SSR分子标记开发 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-66页 |
| 致谢 | 第66-67页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第67-68页 |
