| 摘要 | 第5-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 缩略语对照表 | 第13-18页 |
| 第一章 绪论 | 第18-34页 |
| 1.1 研究背景与意义 | 第18-21页 |
| 1.1.1 研究背景 | 第18-20页 |
| 1.1.2 研究意义 | 第20-21页 |
| 1.2 piRNA | 第21-25页 |
| 1.2.1 piRNA概述 | 第21-23页 |
| 1.2.2 piRNA的功能 | 第23页 |
| 1.2.3 piRNA相关数据库简介 | 第23-25页 |
| 1.3 研究现状和挑战 | 第25-30页 |
| 1.3.1 国外研究现状 | 第27-28页 |
| 1.3.2 国内研究现状 | 第28-29页 |
| 1.3.3 挑战 | 第29-30页 |
| 1.4 主要内容及章节安排 | 第30-34页 |
| 1.4.1 主要内容 | 第30-31页 |
| 1.4.2 章节安排 | 第31-34页 |
| 第二章 带病例标记的piRNA表达数据的仿真研究 | 第34-50页 |
| 2.1 引言 | 第34-36页 |
| 2.2 方法 | 第36-41页 |
| 2.2.1 基线表达数据模拟模型 | 第37-38页 |
| 2.2.2 生物和测量噪声模型 | 第38-39页 |
| 2.2.3 致病模型 | 第39-40页 |
| 2.2.4 疾病发展模型 | 第40-41页 |
| 2.3 实验结果与分析 | 第41-47页 |
| 2.3.1 致病模型分析 | 第42-43页 |
| 2.3.2 患病率估计 | 第43页 |
| 2.3.3 疾病发展模型分析 | 第43-44页 |
| 2.3.4 致病模型的仿真检验 | 第44-47页 |
| 2.4 小结 | 第47-50页 |
| 第三章 基于序列特征的piRNA鉴定方法 | 第50-66页 |
| 3.1 引言 | 第50-51页 |
| 3.2 实验数据和方法 | 第51-57页 |
| 3.2.1 数据集 | 第52-53页 |
| 3.2.2 方法 | 第53-57页 |
| 3.3 实验结果与分析 | 第57-65页 |
| 3.3.1 特征提取结果 | 第57-61页 |
| 3.3.2 特征选择结果 | 第61-62页 |
| 3.3.3 交叉验证结果 | 第62-63页 |
| 3.3.4 与同类型工具的比较结果 | 第63-65页 |
| 3.4 小结 | 第65-66页 |
| 第四章 癌症相关piRNA与其它RNA交互关系的识别 | 第66-82页 |
| 4.1 引言 | 第66-68页 |
| 4.2 实验数据和方法 | 第68-71页 |
| 4.2.1 数据集 | 第68-69页 |
| 4.2.2 交互作用预测方法 | 第69-71页 |
| 4.3 实验结果与分析 | 第71-81页 |
| 4.3.1 差异表达分析 | 第71-72页 |
| 4.3.2 piRNA共表达分析 | 第72-75页 |
| 4.3.3 相关性分析 | 第75-76页 |
| 4.3.4 序列分析 | 第76-77页 |
| 4.3.5 piRNA与其他RNA相互作用 | 第77-81页 |
| 4.4 小结 | 第81-82页 |
| 第五章 癌症相关piRNA模块的识别 | 第82-96页 |
| 5.1 引言 | 第82-83页 |
| 5.2 实验数据和方法 | 第83-88页 |
| 5.2.1 数据集 | 第83-84页 |
| 5.2.2 数据预处理 | 第84-85页 |
| 5.2.3 网络分析方法 | 第85-88页 |
| 5.3 实验结果与分析 | 第88-93页 |
| 5.3.1 piRNA在泛癌中的表达特点 | 第88页 |
| 5.3.2 网络分析结果 | 第88-90页 |
| 5.3.3 核心piRNA识别 | 第90-91页 |
| 5.3.4 核心piRNA潜在靶标功能富集分析 | 第91-93页 |
| 5.4 小结 | 第93-96页 |
| 第六章 总结与展望 | 第96-100页 |
| 6.1 总结 | 第96-97页 |
| 6.2 后续工作与展望 | 第97-100页 |
| 参考文献 | 第100-110页 |
| 致谢 | 第110-112页 |
| 作者简介 | 第112页 |
| 攻读博士学位期间的研究成果 | 第112-114页 |