| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 第一部分 文献综述 | 第12-43页 |
| ·前言 | 第12-14页 |
| ·分子生物学在微生物群落结构分析的应用 | 第14-20页 |
| ·基于PCR的克隆文库方法 | 第17页 |
| ·变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE) | 第17-18页 |
| ·末端限制性长度多态性(Terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP) | 第18-19页 |
| ·实时荧光定量PCR(quantitative real time PCR,qPCR) | 第19-20页 |
| ·荧光原位杂交(fluorescent in situ hybridization,FISH) | 第20页 |
| ·组学时代的到来 | 第20-22页 |
| ·测序技术的发展 | 第22-26页 |
| ·微生物分子生态学相关的数据分析方法 | 第26-28页 |
| ·基于PCR扩增的各种方法及FISH等方法存在的问题以及开发新方法的必要性 | 第28-31页 |
| ·引物的偏向性 | 第28-29页 |
| ·PCR存在的其他系统偏差 | 第29-31页 |
| ·宏基因组的问题 | 第31页 |
| ·实验背景和意义 | 第31-32页 |
| 参考文献 | 第32-43页 |
| 第二部分 研究内容 | 第43-165页 |
| 第一章 基于rRNA的不依赖PCR的方法分析环境样品群落结构 | 第43-121页 |
| 摘要 | 第43页 |
| Abstract | 第43-44页 |
| ·前言 | 第44-46页 |
| ·材料与方法 | 第46-63页 |
| ·采样 | 第46页 |
| ·RNA和DNA提取 | 第46-52页 |
| ·分离SSU rRNA | 第52-53页 |
| ·反转录、合成双链DNA及反应产物纯化 | 第53-56页 |
| ·细菌和古生菌特异性的PCR扩增及扩增产物纯化 | 第56-57页 |
| ·焦磷酸测序 | 第57页 |
| ·数据库构建 | 第57页 |
| ·数据分析流程 | 第57-59页 |
| ·分析方法可靠性测定 | 第59-62页 |
| ·确定SSU和LSU rRNA的最低alignment score值 | 第62-63页 |
| ·多样性指数分析 | 第63页 |
| ·引物评估 | 第63页 |
| ·mRNA分析 | 第63页 |
| ·结果 | 第63-105页 |
| ·实验方法选择 | 第63-64页 |
| ·分析方法可靠性测定 | 第64-71页 |
| ·序列数目及16S rRNA序列位点分布 | 第71-73页 |
| ·环境样品分类信息可靠性分析 | 第73-76页 |
| ·基于rRNA的群落结构分析 | 第76-81页 |
| ·SROP方法得到的rRNA序列与PCR产物群落结构比较 | 第81-95页 |
| ·引物分析 | 第95-103页 |
| ·mRNA分析 | 第103-105页 |
| ·讨论 | 第105-114页 |
| ·分析方法可靠性分析 | 第106-107页 |
| ·样品群落结构分析 | 第107-109页 |
| ·SROP方法的优势 | 第109-110页 |
| ·该方法存在的问题及改进措施 | 第110-111页 |
| ·理论假设——基于rRNA的分析推断新的微生物类型的假设 | 第111-114页 |
| ·结论 | 第114页 |
| 参考文献 | 第114-121页 |
| 第二章 汾酒大曲制作和发酵过程中微生物群落多样性分析 | 第121-165页 |
| 摘要 | 第121页 |
| Abstract | 第121-122页 |
| ·前言 | 第122-125页 |
| ·材料与方法 | 第125-132页 |
| ·采样 | 第125页 |
| ·样品预处理 | 第125-126页 |
| ·样品总DNA提取方法选择 | 第126-127页 |
| ·细菌16S rRNA基因扩增,建立克隆文库,测序 | 第127-129页 |
| ·真菌ITS序列扩增,建立克隆文库,测序 | 第129页 |
| ·荧光实时定量PCR | 第129-131页 |
| ·测序结果分类鉴定 | 第131-132页 |
| ·系统发育分析 | 第132页 |
| ·多样性指数分析 | 第132页 |
| ·结果 | 第132-156页 |
| ·样品预处理方法的选择 | 第132页 |
| ·DNA提取方法的选择 | 第132-134页 |
| ·细菌群落多样性分析 | 第134-144页 |
| ·真菌群落多样性分析 | 第144-152页 |
| ·细菌和真菌在酒曲和酒醅样品中基因拷贝数的变化 | 第152-154页 |
| ·细菌和真菌在酒曲和酒醅样品中多样性指数的变化 | 第154-155页 |
| ·发酵过程中微生物变化与理化性质变化的联系 | 第155-156页 |
| ·讨论 | 第156-159页 |
| ·汾酒制曲和发酵过程中主要微生物群落结构及变化 | 第156-157页 |
| ·汾酒发酵过程中主要科的微生物类型及其作用推测 | 第157-159页 |
| ·结论 | 第159-160页 |
| 参考文献 | 第160-165页 |
| 已发表的学术文章、专利及参加的科研课题 | 第165-167页 |
| 致谢 | 第167-168页 |
