| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 引言 | 第16-29页 |
| 1.1 稻种资源概况 | 第16-17页 |
| 1.2 稻种资源的遗传结构 | 第17页 |
| 1.3 与本研究相关的水稻重要农艺性状研究进展 | 第17-20页 |
| 1.3.1 株型相关性状研究进展 | 第17-18页 |
| 1.3.2 种子颜色相关性状研究进展 | 第18页 |
| 1.3.3 直播出苗相关性状研究进展 | 第18-19页 |
| 1.3.4 稻瘟病抗性研究进展 | 第19-20页 |
| 1.4 全基因组关联分析 | 第20-27页 |
| 1.4.1 关联作图的原理和优势 | 第20-21页 |
| 1.4.2 连锁不平衡的估算方法 | 第21-22页 |
| 1.4.3 影响连锁不平衡的因素 | 第22-23页 |
| 1.4.4 全基因组关联分析的设计过程 | 第23页 |
| 1.4.5 全基因组关联分析的一般步骤 | 第23-25页 |
| 1.4.5.1 关联群体的选择 | 第23页 |
| 1.4.5.2 样本基因分型 | 第23-24页 |
| 1.4.5.3 群体结构和个体亲缘关系 | 第24页 |
| 1.4.5.4 表型考察 | 第24-25页 |
| 1.4.5.5 关联模型的选择 | 第25页 |
| 1.4.6 关联分析的应用 | 第25-27页 |
| 1.4.7 关联分析的展望 | 第27页 |
| 1.5 本研究的目的、意义和技术路线 | 第27-29页 |
| 第二章 水稻种质资源遗传结构分析 | 第29-37页 |
| 2.1 试验材料与方法 | 第29-31页 |
| 2.1.1 试验材料 | 第29-30页 |
| 2.1.2 基因分型 | 第30页 |
| 2.1.3 群体结构分析 | 第30-31页 |
| 2.1.4 个体间亲缘关系评估 | 第31页 |
| 2.2 结果与分析 | 第31-36页 |
| 2.2.1 材料分布 | 第31页 |
| 2.2.2 SNPs密度 | 第31-33页 |
| 2.2.3 总样本的群体结构分析 | 第33-34页 |
| 2.2.4 籼稻样本的群体结构分析 | 第34页 |
| 2.2.5 籼稻群体个体间亲缘关系估计 | 第34-36页 |
| 2.3 讨论 | 第36-37页 |
| 第三章 水稻重要要农艺性状的全基因组关联分析 | 第37-71页 |
| 3.1 试验材料与方法 | 第38-45页 |
| 3.1.1 试验材料种植 | 第38页 |
| 3.1.2 表型鉴定 | 第38-40页 |
| 3.1.3 数据分析 | 第40页 |
| 3.1.4 连锁不平衡衰退的评估 | 第40-41页 |
| 3.1.5 全基因组关联分析 | 第41页 |
| 3.1.6 优势等位基因聚合育种 | 第41页 |
| 3.1.7 候选基因预测和验证 | 第41-45页 |
| 3.1.7.1 候选基因RT-qPCR | 第42-43页 |
| 3.1.7.2 候选基因测序 | 第43-44页 |
| 3.1.7.3 苗期稻瘟病抗性的转录组测序 | 第44-45页 |
| 3.2 结果与分析 | 第45-64页 |
| 3.2.1 表型基本统计 | 第45-47页 |
| 3.2.2 株型性状的相关性分析 | 第47页 |
| 3.2.3 直播出苗动力源分析 | 第47-49页 |
| 3.2.4 LD衰退计算 | 第49-50页 |
| 3.2.5 不同关联模型比较 | 第50-52页 |
| 3.2.6 表型与SNP标记的全基因组关联分析 | 第52-55页 |
| 3.2.7 显著性位点的一因多效性 | 第55-58页 |
| 3.2.7.1 株型和种子颜色性状显著性关联位点的一因多效性 | 第55-57页 |
| 3.2.7.2 稻瘟病抗性显著性关联位点的一因多效性 | 第57-58页 |
| 3.2.7.3 抗性位点优异等位基因的聚合育种 | 第58页 |
| 3.2.8 候选基因验证 | 第58-64页 |
| 3.2.8.1 分蘖角度显著性关联位点候选基因分析 | 第58-60页 |
| 3.2.8.2 苗期稻瘟病抗性关联位点的候选基因分析 | 第60-63页 |
| 3.2.8.3 菌株S182的稻瘟病抗性转录组测序 | 第63-64页 |
| 3.3 讨论 | 第64-71页 |
| 3.3.1 水稻株型性状、直播出苗相关性状和稻瘟病抗性表型分析 | 第64-65页 |
| 3.3.2 群体结构对关联分析的影响 | 第65-66页 |
| 3.3.3 连锁不平衡衰退的评估 | 第66页 |
| 3.3.4 表型与标记间的全基因组关联分析 | 第66-68页 |
| 3.3.5 候选基因验证 | 第68-69页 |
| 3.3.6 全基因组关联分析存在的问题 | 第69页 |
| 3.3.7 展望 | 第69-71页 |
| 第四章 全文结论 | 第71-73页 |
| 参考文献 | 第73-90页 |
| 附录 | 第90-135页 |
| 致谢 | 第135-136页 |
| 作者简历 | 第136页 |
